鄧禹部眾皆勸入關，直接進攻長安。但鄧禹卻取持重態度，不欲速進，他對眾將說：“不然，現在我部眾雖多，但能打仗的卻少，前面沒有可依賴的積蓄，后面也沒有可供轉運的資財。赤眉軍剛剛攻取長安，財富充實，士氣銳不可擋。然而盜賊群居，無整天的打算，財谷雖多，變故萬端，哪能堅守下去呢？上郡、北地、安定三郡，地廣人稀，谷米牲畜多，我們暫時整軍北道，就糧養士，以觀察赤眉軍的弱點，才可以設法進攻他們哩！”
于是，鄧禹引軍北至縌邑縣。所到之處，赤眉軍別將諸營堡皆被擊破，郡縣都開門歸附。西河太守宗育遣兒子手奉鄧禹文書，曉諭各地歸降。
劉秀因關中未定，而鄧禹又久不進兵，遂下詔催促鄧禹進兵長安，詔令說：“鎮撫西京，司徒，是堯；亡賊，是桀。長安的官吏民眾，惶惶無所依歸。應掌握時機進討，安定撫慰西京，以維系百姓的心?！?/span>
鄧禹仍堅持前意，派軍攻取上郡（今陜西榆林）諸縣，留將軍馮愔、宗歆守枸邑。自統主力平定北地（今甘肅慶陽、寧夏吳忠）。但馮愔、宗歆二人爭權相攻，馮愔遂殺宗歆，因而反擊鄧禹。
鄧禹遣使問計于劉秀，劉秀問使者馮愔最要好的人是誰，使者說是護軍黃防。劉秀猜馮愔、黃防不能久和，回報鄧禹說：“逮捕馮愔的人，一定是黃防?！庇谑?，派遣尚書宗廣，拿著符節招降黃防。
一個月后，黃防果然抓住馮愔。率領部眾歸罪。更始諸將王匡、胡殷等都到宗廣處投降，與宗廣一起東歸。到了安邑，王匡等想中途逃跑，宗廣把他們都殺了。馮愔到洛陽，赦免不殺。
建武二年（公元26年）春，劉秀遣使者改封鄧禹為梁侯，食邑四縣。這時赤眉軍西走扶風，鄧禹才往南至長安，駐軍昆明池，用酒食大宴士卒。率領諸將軍沐浴更衣齋戒，選擇吉日，演習禮儀祭祀高祖廟，收了十一帝的神主，派使者捧到洛陽，因而巡視園陵，特安置官吏士卒奉祀守陵。
鄧禹率兵與延岑戰于藍田，不勝，再就食云陽。漢中王劉嘉到鄧禹處投降。劉嘉相李寶傲慢無禮，鄧禹把他殺了。
李寶的弟弟收集李寶部眾擊鄧禹，并殺了將軍耿欣。自從馮愔反叛后，鄧禹的威望受到損害。這時，赤眉軍再次還入長安，鄧禹與之戰，敗走。到了高陵，軍士饑餓，都吃棗菜度日。
于是，劉秀詔令鄧禹回來，詔令說：“赤眉缺糧，自然會向東而來，我只要折斷策馬的杖去鞭打他，就可把他打敗。不是諸將值得憂慮的，不要再妄動進兵?！编囉硪允苋味Σ怀蔀閼M愧，幾次驅饑餓之兵去征戰，常不利。
建武三年（公元27年）春，鄧禹率部至湖縣（今陜西潼關），邀馮異共同迎戰赤眉軍。馮異認為赤眉軍尚強，應放其過去，東西夾擊才能獲勝。
鄧禹及其部將車騎將軍鄧弘邀功心切，急于迎戰。鄧弘率部與赤眉軍大戰整日，赤眉軍佯敗棄輜重退走，車上盡裝泥土，僅用豆子覆蓋在表面，士卒爭相取食。赤眉乘機還軍猛攻，鄧弘大敗。鄧禹、馮異合兵救之，赤眉軍退。鄧禹復戰，大敗，死傷三千余人，只帶二十四騎逃歸宜陽。馮異亦被擊敗，棄戰馬徒步逃出，退至回豁阪（位于湖縣西），堅壁自守。
鄧禹因此戰失利，引咎交上大司徒﹑梁侯印綬。數月后，拜右將軍。
建武四年（公元28年）春，鄧禹與復漢將軍鄧曄，輔漢將軍于匡，在鄧擊敗延岑，鄧禹追至武當，再破其軍，延岑逃往漢中，其眾皆降。
建武十三年（公元37年），天下平定，劉秀加封功臣，封鄧禹為高密侯，食邑高密、昌安、夷安、淳于四縣。光武帝因鄧禹功高，又封其弟鄧寬為明親侯。后來，左右將軍的職銜撤銷了，按特進朝見皇帝。
鄧禹內尚文明，行為忠厚淳樸而且周密，服侍母親非常孝順。天下已經平定，常常想疏遠名勢。有子女十三人，讓他們各掌握一門技藝。整飭家規，教養子孫，都可以成為后世的楷模。
一切用度都取之于封地賦稅，不修私產，不謀私利。因此，劉秀更加尊重他。
中元元年（公元56年），再代理司徒職務。跟從光武帝劉秀巡視山東，到泰山筑壇祭天。
劉莊即位后，因鄧禹是先帝元勛，拜為太傅，朝見時令他東向站立，尊如賓客，甚見尊寵。居歲余，臥病，漢明帝劉莊幾次親臨問候。
永平元年（公元58年），鄧禹去世，享年五十七歲。謚曰元侯。
（本篇完）
