從1492年哥倫布踏上新大陸開始，西班牙就陸續在加勒比海和美洲沿岸設立據點并向內陸推進。1519年西班牙人建立了哈瓦那并控制了加勒比海最大的島嶼古巴島，同年登陸墨西哥并建立韋拉克魯斯，此后西班牙殖民者科爾蒂斯（Hernán Cortés）帶兵深入內陸并于1521年征服了阿茲特克帝國。
同是在1519年，西班牙人在巴拿馬地峽南岸建立巴拿馬城，并開始侵入了南美太平洋沿岸地區。1533年印加帝國被皮薩羅（Francisco Pizarro）征服，兩年后西班牙人在秘魯建立利馬城并以此作為逐步控制南美其他地區的基地。1534至1535年，西班牙北上探索了北美西岸地區并將之命名為加利福尼亞并開始逐步深入北美內陸。
1535年起，西班牙為了統治西屬美洲，先后建立四個總督區：
1535年設立新西班牙總督區，首府墨西哥城，管轄新西班牙（今墨西哥）、中美洲及加勒比海諸島、菲律賓等地。
1542年設立秘魯總督轄區，首府利馬，管轄整個西屬南美。1718年從秘魯總督轄區中劃出新格拉納達總督轄區，首府波哥大，管轄今哥倫比亞、委內瑞拉和厄瓜多爾地區。1776年又劃出拉普拉塔總督轄區，首府布宜諾斯艾利斯，管轄今阿根廷、烏拉圭、巴拉圭和玻利維亞等地。
新西班牙總督轄區： 
新西班牙是管理北美洲和菲律賓的一個殖民地總督轄地，首府位于墨西哥城。新西班牙副王的管轄范圍包含今墨西哥、中美洲（除巴拿馬）、美國加利福尼亞州、內華達州、猶他州、科羅拉多州、亞利桑那州、新墨西哥州、得克薩斯州以及亞洲的菲律賓，是西班牙帝國最主要的組成部分。
1821年獨立成立墨西哥第一帝國，該帝國解體后成為今日的墨西哥和中美洲。
秘魯總督轄區：
1544年西班牙在今秘魯首都利馬設置總督府，轄區包括巴拿馬地峽及南美除委內瑞拉外的全部殖民地。1718年和1776年分設新格蘭納達和拉普拉塔兩個總督轄區后，只包括秘魯、智利和基多（厄瓜多爾）。 1816年，拉普拉塔聯合省（今阿根廷）宣告獨立。1820年，聯合省軍隊在其領袖圣馬丁率領下，出征秘魯，解放沿海地區。次年，在秘魯人民配合下，攻入利馬，秘魯共和國成立。1824年，最后擊敗西班牙殖民者，玻利維亞共和國獨立。1826年1月西班牙在美洲大陸最后一個據點卡亞俄港（在秘魯）守軍投降，西班牙在拉美殖民體系全部瓦解。
新格林納達總督轄區
新格拉納達是西班牙在南美洲北部殖民地從1717年開始的名稱，它的領域相當于今天的巴拿馬、哥倫比亞、厄瓜多爾和委內瑞拉。19世紀南美洲的獨立運動結束了這個殖民地政府。除南美洲大陸地區外這個殖民地政府還對厄瓜多爾、圭亞那、巴拿馬、千里達及托巴哥和委內瑞拉的地方政府有管理權。除此之外今天的巴西和秘魯的部分地區屬于新格拉納達的管理。繼承自新格拉納達王國繼承國大哥倫比亞共和國。
拉普拉塔總督轄區
1776年從原秘魯總督轄區中分出建立，領土覆蓋拉普拉塔平原大部分地區，包括今天的阿根廷、玻利維亞、巴拉圭和烏拉圭等國。1806－1807年期間，英國兩次試圖吞并拉普拉塔，但沒有成功。1810年，布宜諾斯艾利斯爆發了五月革命，拉普拉塔總督被廢黜。次年，西班牙最高中央軍政府任命拉普拉塔河東岸區（即今烏拉圭）的省長弗朗西斯科·哈維爾·德·埃利奧為新拉普拉塔總督。5月18日，革命軍在拉斯彼德拉斯戰役中戰勝西班牙殖民軍。1812年1月，新總督逃回西班牙。1814年，蒙得維的亞陷落，拉普拉塔總督轄區不復存在。
