簡單地說，目前很多常見益生菌是乳酸菌，乳酸菌只有少數菌株可以被稱為益生菌。有點繞，直接上圖吧
益生菌是指經過一類對宿主有益的活性微生物，能產生確切健康功效從而改善宿主微生態平衡、發揮有益作用的活性有益微生物的總稱。乳酸菌是指會生產乳酸的細菌，也就是說只要能產生乳酸，無論對人體是否有益都可以被稱為乳酸菌，二者大大不同。但是為什么兩個名詞經常被混用呢？因為早期我們接觸是益生菌中大多數是乳酸菌，很多商家在產品宣傳時特別是一些酸奶廣告，都喜歡用乳酸菌這個詞。久而久之，一提到益生菌大家就會自然地聯想到乳酸菌。但其實除了乳桿菌、凝結芽孢桿菌、雙歧桿菌等乳酸菌之外，益生菌還包括酪酸梭菌、布拉氏酵母菌。而乳酸菌菌種成千上萬，但真正稱作益生菌的不過是其中一小部分。
讓我們開看看益生菌必備的條件1、對人體健康有益; 2、活的。當我們分離培養獲得成千上萬株菌時，益生菌的探索才剛剛開始，我們必須通過大量實驗才能從中篩選獲得少數的益生菌。以東海酪酸梭菌為例，是通過耐胃酸、耐膽鹽，以及各種功效驗證實驗才篩選獲得的，涉及的大大小小的實驗上千個。我們很容易分離獲得細菌，但是篩選獲得一株像東海酪酸菌這樣既能調節腸道菌群平衡，又能營養修復腸粘膜，增強腸道免疫力的菌株卻極其困難，少之又少。
結論只有極少數經過精挑細選，對健康真的有益的特殊菌株，才能稱為"益生菌"。益生菌不全都是乳酸菌，而乳酸菌也只有少數是益生菌。另外，聯合國世界糧農組織(FAO)和世界衛生組織(WHO)提出要從菌株層次看益生菌。即使相同的菌種，菌株號不同也作用也可能天差地別。就像我們都是人，但人與人之間的差別懸殊。
