光緒二十六年（1900年），八國聯軍給慈禧和大清朝帶來了毀滅性的災難，庚子之變導致的直接后果就是清王朝的威信急劇下降，甚至有人認為國家將瀕臨滅亡。為了保住自己的統治地位，轉移人民斗爭的視線，慈禧不得不實行新政，采取自救措施。
對于這次新政，大多數疆臣鑒于戊戌變法的教訓，很多持觀望態度或是表現的不夠積極。然而，袁世凱卻認為這是他人生中絕好的一次機會，只要能抓住這次機會，必將攫取更大的政治利益。
編練新軍是新政的重要內容，也是以袁世凱為首的北洋集團最熱衷的改革。1901年11月，袁世凱被任命為直隸總督兼北洋大臣，利用新政的機會他竭盡全力擴充軍隊，到了1905年時，袁世凱完成了北洋新軍六鎮的編練，北洋軍閥的基礎完全形成。
當時的北洋新軍在全國各省新軍中人數最多，達7萬多人，同時它還還擁有最先進的武器裝備，訓練也很正規，連各國列強都認為這是一支很有戰斗力的部隊，北洋六鎮可以說是當時中國最強的一直現代化陸軍。更為重要的是，袁世凱在編練新軍中，還建立了一個比較完整的北洋派系。
本來是朝廷花巨資練兵，可最后這支軍隊卻成了袁世凱的私產，這種局面的形成和袁世凱本人善于抓練兵有著極大的關系。況且，袁世凱深知，要想牢牢地掌握住權力，就必須得擁有一支屬于自己的軍隊，他的前輩曾國藩、李鴻章就是很好的例證。
當然了，朝廷也不可能將軍隊的控制權拱手讓人，早在1903年12月的時候，朝廷成立了練兵處。慈禧任命奕劻為總理練兵大臣，袁世凱為會辦大臣，鐵良為襄辦大臣。表面上看，練兵處是由朝廷掌握的，可實際上大權卻掌握在袁世凱的手里。因為，練兵處成立不久，一把手奕劻便以年老多病，奏請慈禧將具體的練兵事務交給袁、鐵辦理。
鐵良雖滿族貴族，但畢竟資歷尚淺又缺乏練兵經驗，而袁世凱卻有著多年的練兵經驗，所以他成了練兵處的最高領導。此外，練兵處下屬的各個機構中，也都是袁世凱一手提拔的親信。如徐世昌、劉永慶、王士珍、段祺瑞等人。練兵處的重要職位幾乎被袁世凱的北洋集團包攬。
不僅如此，袁世凱還通過練兵處，制定了各種章法，包括新軍的編制、官制、訓練、裝備、軍餉等各項法令。他還以練兵處的名義，控制了各省練兵的用人權，經費權，掌握了全國練兵權為他迅速編練北洋六鎮提供了有利的條件。通過練兵處，袁世凱將經費的大部分用于北洋六鎮，如1905年，各省實際交給練兵處的軍餉大約900多萬兩，而光是花在北洋六鎮上的就多達600多萬兩。
也就是說，全國練兵的大部分費用都被北洋六鎮給占了，因此全國其他各省，除了張之洞的新軍有點樣子外，其他省份根本沒有經費辦出一支像樣的新軍。北洋六鎮名義上是朝廷的軍隊，可各鎮重要將領無不是袁世凱親自選定，這些人大部分都是小站練兵時的心腹。可以這么說，除了第一鎮是滿人鳳山統領外，其他五鎮全是袁世凱的嫡系部隊，朝廷根本指揮不動。
袁世凱的野心不僅僅是要編練北洋六鎮，他還在直隸的淮軍各營中，經過整頓改編又擴充了39營，分為前、后、中、左、右五路，分別讓親信統帶。這支軍隊駐扎在直隸境內，作為北洋常備軍的后備力量。
其后，宋慶的武衛軍共20余營后來也被袁世凱接管，就這樣，袁世凱以北洋大臣的身份統領著10萬北洋新軍，形成了以他為中心的一個龐大軍事團體。至此，袁世凱羽翼豐滿，其地位已經無人可以撼動，這也為他后來操縱政壇打下了堅實基礎。
