庚子戰敗，清廷開始了新一輪的軍事改革。1903年11月，練兵處成立，慶親王奕劻任總理，直隸總督袁世凱任會辦，兵部侍郎鐵良為襄辦。練兵處成立以后，奕劻以自己老邁多病，所有練兵處各項公務請袁世凱和鐵良悉心經營，實際掌控者則是袁世凱，練兵處的官員也都是袁世凱的心腹部屬。
1905年，北洋六鎮新軍正式成立，其中第一鎮為京旗常備軍，第二、三、四、五、六鎮由原來的北洋常備軍改編而來。在這六鎮里，第一鎮為旗兵營，第五鎮在山東，所以只有第二、三、四、六鎮與袁世凱關系緊密，這四鎮都是由袁世凱的武衛右軍改編而來。但是這六鎮的營官大多來自小站集團，所以袁世凱對六鎮的影響力。
新軍練成之后，鐵良就開始與袁世凱爭奪軍權。1906年清廷進行新政改革，成立陸軍部，在慈禧的支持下鐵良擔任陸軍部尚書，兵權轉入鐵良手中。但是袁世凱的親信仍舊在北洋新軍中擔任著重要職務，仍以袁世凱馬首是瞻。所以當辛亥革命起，清廷無人難以調動北洋新軍，唯有重新起用袁世凱。
