1054年，東西方教會發生一次大分裂。
1504年羅馬大主教利奧九世派了樞機主教宏伯特至東羅馬協調羅馬教會與君士坦丁堡教會的分歧，但雙方談判失敗。宏伯特大怒，頒布敕書，宣布把君士坦丁堡主教賽魯拉留斯破門（逐出教會）。
賽魯拉留斯也不示弱，當眾把羅馬送來的敕書點火燒了，也宣布把羅馬大主教破門。此事在基督教歷史上史稱“東西教會大分裂”。標志著統一的普世基督教正式分裂為羅馬公教（天主教）和希臘正教（東正教，東方教會）兩大流派。
東正教在宗教思想上較多地保存了古代猶太教的傳統，在生活方面則受亞細亞—希臘文化的影響較多。
西方教會，其宗教思想和宗教生活則更多地接受拉丁民族和日耳曼民族的影響。
此后，經過長期的發展過程，東西方教會的分歧愈來愈明顯尖銳。
東方教會使用希臘文傳教，其宗教理論具有神秘主義的特點；西方教會使用拉丁文，宗教理論則具有世俗化和法律化的特點。
在宗教和國家關系方面，東方教會受國家的控制，君士坦丁堡皇帝被神化，成為教會的最高首腦。
西方教會則形成了獨立的教皇國，最高宗教首腦為教皇。
教皇的權力不僅限于教皇國，他還利用分布在西歐各國的教會勢力，代表上帝冊封各國封建主，干涉各諸侯國內政，與各國君主爭奪或分享統治權。
東西方教會最大的分歧是對教義認識的不同。
西方教會的基本信條是“三位一體”，即圣父、圣子、圣靈三者是一體的，圣父生圣子，圣父和圣子共發圣靈。“三位”之間有嚴格的區別，不可混淆；但又是同性、同體的，彼此無大小尊卑之別，同等重要。即所謂一個上帝，三個“位格”。并認為這是神圣的奧秘，只有通過上帝的啟示來信仰，而不是人的理性所能理解的。
東方教會則認為，圣子（耶穌基督）是人，不是神，系由上帝所“造”，其品級低于上帝。
東西方教會關于耶穌基督屬性之爭長期不能解決，導致雙方分歧的擴大，預示著東西方教會分裂的不可避免性。
4、5世紀以后，東西方教會由于教義信仰而引發的各種宗教斗爭層出不窮。
8世紀至9世紀中葉，東西方教會因圣像崇拜問題展開了曠日持久的斗爭，雙方互相攻伐，嚴重對峙。
11世紀，西方教會經過改革，克服了內部危機，加強了力量，在東西方教會斗爭中逐漸占據上風。
1053年，教皇利奧九世和君士坦丁大教長米海爾·凱魯拉里的斗爭達到白熱化。凱魯拉里寫信譴責利奧九世為異端，利奧怒不可遏，立即復信，對凱魯拉里進行反擊，并宣稱使徒“彼得建立的宗座（羅馬主教）高于君士坦丁堡及其他一切宗座（主教），高于一切教會。因此關于禮拜儀式和信仰問題，羅馬主教（教皇）的裁決，高于所有人。”
1054年，利奧和凱魯拉里互相宣布開除對方教籍。
從此以后，東西方教會正式分裂了。
分裂后的東方教會自稱為“正教”，亦被稱“東正教”或希臘正教；西方教會自稱“公教”、“羅馬公教”，亦音譯為加特力教。
天主教教會分裂后，東西方教會逐漸形成各自的教會體制（即教階制）。
西方教會形成獨立的封建神權教皇國，教皇為最高首腦，從教皇直到地方。一般神職人員形成了一整套教階體系：主體由主教、神父、助祭三個品位組成。主教以其職級復分為教皇、樞機主教（又稱紅衣主教，由教皇任命組成教皇國中央機構——羅馬教廷，分掌教廷各部和一些國家重要教區的領導權）、首主教（即首席主教，為一國教會之首）、都主都（首都所在地的主教）、總主教（又稱大主教，掌一省的教權）、主教（掌管教區）。
神父（神甫），正式品位稱司鐸（司祭），協助主教管理教務，通常為一個教堂的負責人。
東正教的牧首雖有較高的地位，被東方各國教會尊為“全世界的圣者”，但各國教會自成體系，對君士坦丁堡沒有隸屬關系，它們都是獨立的平行的教會。
但東正教會與其所在國家的關系則不是獨立的，它們奉國家君主為教會首領，教會從屬于政府，這和西方的天主教會有很大的不同。
