“永嘉之亂”以后，大批士族與百姓逃亡到江南。西晉滅亡后，晉瑯邪王司馬睿在建康（今江蘇南京）建立東晉（317-420年），統治著東南半壁江山。從本期開始，我們接著十六國時期的情況，來介紹東晉時的情況。
西晉末年的江南情況
自孫吳滅亡后，江南士族失去舊有的政治特權，地位下降，因此多有不滿，常有反晉的活動。太安二年（303年），義陽蠻張昌起義，部將石冰轉戰揚州，次年被江南豪強與廣陵度支陳敏等人擊敗。到永興二年（305年），陳敏野心膨脹，割據江東反晉。永嘉元年（307年），由于陳敏不為江南豪強所接受，最終被晉軍消滅。同年七月，瑯邪王司馬睿（276-323年）被任命為安東將軍、都督揚州江南諸軍事，鎮守建業（今江蘇南京），九月到達建業。司馬睿以安東司馬王導（276-339年）為謀主，安撫江南士族，用官職籠絡這些豪族，使得在北方大亂的情況下，江南局勢較為安定。
“王與馬，共天下”
公元317年，瑯邪王司馬睿在建康（原為建業，后改建鄴，又避晉愍帝諱改建康）稱晉王，次年稱帝，建立了東晉王朝。王導輔佐有力，被任命為侍中、司空、領中書監、錄尚書事，其堂兄王敦（266-324年）任大將軍，二人一內一外。后人評價當時為“王與馬，共天下”。由此也拉開了東晉一百多年由幾大門閥家族操控局面的帷幕。
晉元帝司馬睿對這種情況極為不安，他任用劉隗、刁協等人，試圖壓制瑯邪王氏的勢力，招致王敦的不滿。永昌元年（322年），王敦在堂弟王導的縱容與江南大族沈充幫助下，攻入建康，元帝憂懼而死。到太寧二年（324年）王敦死后，這場叛亂才被鎮壓下去。
王敦之亂平定后不久，蘇峻、祖約又發動叛亂。蘇峻本是江淮等地流民豪強，王敦之亂以前，江淮流民被控制不得過江，王敦反叛后形勢危急，蘇峻等人被元帝召集入衛建康。蘇峻在抗擊王敦的戰爭中有功，授歷陽內史。后來庾亮當政，認為蘇峻割據江北，遲早為患，建議討伐蘇峻，王導等人都不贊成。因此矛盾激化，咸和二年（327年），蘇峻勾結祖約反叛，次年入建康，挾持明帝，不久也很快歸于失敗。
這一時期，盡管發生了兩次較大的叛亂活動，但東晉都因多數士族的支持而勉強維持。在此期間，南北之間的局勢也較為平衡。
王導像，來自網絡。王導（276-339），瑯邪臨沂（今山東臨沂）人，東晉著名政治家。
劉琨兵敗 祖逖北伐
劉琨（271-318年）是晉代著名將領，光熙元年（306年）任并州刺史，聯合北方拓跋部鮮卑、段氏鮮卑等與匈奴劉淵對抗。劉琨的斗爭最后失敗，大興元年（318年）被段部鮮卑段匹磾所殺。到這時為止，晉在北方的勢力基本都喪失了。
當初年青時，劉琨與祖逖有“聞雞起舞”的習慣，為的是有朝一日能夠建功立業，報效國家。劉琨雖死，但在東晉的祖逖（266-321年）仍希望北伐。他招納軍士，在豫州東部與后趙相抗，收復了河南之地，迫使石勒不敢過河。但是，晉元帝害怕祖逖功高震主，派戴淵前往節制祖逖軍。這時，王敦的野心也日漸暴露，祖逖得知江東將有內亂，北伐之業不終，憂憤多度，在雍丘（今河南杞縣）去世。豫州百姓為之哀痛，并修祠紀念祖逖。
聞雞起舞，圖片來自網絡。祖逖少年時與劉琨結交，聽到公雞打鳴就把劉琨踢醒，說：“此非惡聲也！”于是二人一起舞劍練武。后來此事成為激勵年輕人鍛煉身體，以報效國家的美談。
北方人口的南遷 “土斷”措施
自“八王之亂”以后，北方由于戰亂造成的流民以及南逃的士族已經為數不少。除了南渡之外，還有逃往涼州、遼東等較為安定地區的，但總體上以南遷者為多。“永嘉之亂”以后，這種趨勢更為明顯。但是，這種人口遷移是有層次性的，并不是一下子就從北方直接遷移到東南地區，而是波浪式的推進。揚州的南來人口最多，除此之外，最遠還有一些百姓深入到閩廣等地的，也有只是南遷到淮北地區和今山東一帶的。
在這一過程中，士族帶領其宗族、蔭客、部曲一同南下，企圖保存實力。百姓則也是拖家帶口。東晉為了控制這些南遷后失去戶口的“浮浪人”，設置僑置郡縣，立僑籍以管理這些人口。僑置郡縣情況復雜，又無實土，而僑人所占比例也并不大。僑籍的設立對北來人口有優復條件，有助于招徠北來的流散人口，同時防止其落入豪族的控制中。
但到后來，僑置郡縣越來越多，僑人所處時間既久，與土人差別也并不大，因此東晉開始剝奪僑人原有的特殊待遇，強迫僑人服兵役，并用“土斷”來加強對僑人的控制。“土斷”分為幾種情況，一種是令散居僑人斷入本地籍貫；一種是將無實土、人口少的僑置郡縣省并；一種是將僑人立為白籍，土人為黃籍，以相區別。興寧二年三月庚戌日（公元364年4月18日），桓溫主持土斷，大閱戶口，令僑人斷入所在籍貫，并對隱匿戶口的豪強地主嚴加懲處，史稱“庚戌土斷”。這一次土斷效果較為顯著，國家控制了大量戶口，稅賦增加。由于土斷將僑人的特權剝奪，因此受到南方土著百姓的支持。后來，劉裕也曾進行過土斷，裁并了一些僑置郡縣。
庾亮、桓溫北伐
咸康五年（339年），征西將軍庾亮請求北伐，遭到朝中大臣們的反對，其中最力的是蔡謨、郗鑒二人。次年庾亮去世，其弟庾翼為安西將軍，鎮武昌。到建元元年（343年），庾翼抗命出鎮襄陽，打算北伐，也遭到阻撓。后來庾翼退回夏口（今湖北武漢漢口區），仍然修繕武器、積存糧食，以圖日后北伐。
庾翼死后，桓溫（312-373年）任安西將軍。永和二年（346年），桓溫率兵西進，次年滅賨人李氏的漢國，奪取蜀地，聲望大增。這時，桓溫開始多次要求北伐，但東晉官僚害怕其勢力過大，于是于永和五年（349年）派外戚褚裒北伐。褚裒一戰即敗，河北二十余萬百姓渡河來投奔，聽說褚裒南退，無處容身，被后趙掠殺的不知其數。次年，又派殷浩北伐。王羲之勸阻殷浩不要北伐，不被采納。殷浩終于永和九年（353年）兵敗。
于是桓溫于永和十年（354年）出兵關中，進攻前秦，關中百姓用牛酒相迎，晉軍卻不渡灞水，只是觀望，前秦趁機堅壁清野，晉軍糧食缺乏，被迫撤退。
兩年后，桓溫再次北伐，收復洛陽，將降民三千余家徙至江漢之間。
到太和四年（369年），桓溫第三次北伐，自揚州到達前燕的枋頭（今河南浚縣西南），距前燕國都鄴城（鄴北城，在今河北臨漳縣南）不遠。前燕向前秦求援，桓溫兵敗退回。
究其失敗的原因，一是他的北伐是為了增加個人聲望，以達到其篡晉野心的目的，所以東晉官僚多反對其北伐；二是東晉士族多已經在江南擁有田宅產業，無意北伐。因此桓溫在北伐的過程中并不用心，朝中支持者不多，因此多次北伐都只是遷徙百姓南下而已。
淝水之戰
桓溫死后，軍權由其弟桓沖掌握。此時前秦統一北方，奪取蜀地，大敵當前，東晉統治者內部矛盾相較緩和。桓沖專鎮上游，當政的謝安（320-385年）專鎮揚州。謝安侄謝玄（343-388年）在京口（今江蘇鎮江）組建北府兵。
謝安為人沉穩，處變不驚，當前秦苻堅傾國出征的消息傳到東晉朝廷后，士族無不驚慌失措，謝安則處之泰然。桓沖欲派三千精銳入衛建康，謝安說，“西面還要用兵，朝廷已經部署完畢，建康不缺兵甲。”見謝安如此，桓沖泄氣地對佐吏說道：“謝安不懂軍事，現在居然還在閑談，派些不經事的少年（指謝玄及北府兵）抗拒前秦，兵又少而弱，看來我們這些人要披發左衽（古人認為這是淪為所謂夷狄的表現）了”。
晉太元八年（383年），北府兵在淝水大勝，前秦數十萬大軍崩潰。這一戰役使得東晉的統治得以延續，中原漢族的文化得以傳承，東南地區也免遭生靈涂炭。
1978年劉凌倉作《淝水之戰》局部
