根據顏色
通常將其分為紅瑪瑙、藍瑪瑙、紫瑪瑙、綠瑪瑙、黃瑪瑙、白瑪瑙等品種
其中天然藍瑪瑙、紫瑪瑙、綠瑪瑙很少見，市場上所見基本上屬于人工染色品。
根據天然圖案
瑪瑙又可分為縞瑪瑙、纏絲瑪瑙等
縞瑪瑙: 縞瑪瑙亦稱條紋瑪瑙，是一種顏色相對簡單、條帶相對清晰的瑪瑙，常見的縞瑪瑙可有黑、白相間的條帶或紅、白相間的條帶。當縞瑪瑙的條帶變得十分細窄時，又可稱為纏絲瑪瑙。
纏絲瑪瑙: 是一種各種顏色以絲帶形式相間纏繞的瑪瑙，因相間色帶細如游絲，所以稱為纏絲瑪瑙；較名貴的是一種由纏絲狀的紅、白相間的條帶組成的纏絲瑪瑙。
按其雜質或包體
可分為苔蘚瑪瑙、火瑪瑙、水膽瑪瑙等。
苔蘚瑪瑙: 是指透明或半透明、內有樹枝或苔蘚花紋的瑪瑙，苔蘚瑪瑙在工藝上有較高的價值，是瑪瑙中的名貴品種，主要產于美國，澳大利亞，印度等地。
火瑪瑙: 這種瑪瑙其結構呈層狀，層與層之間有薄層包裹物質，如氧化鐵的薄片狀礦物晶體，當光照射時，產生薄膜干涉現象，會閃出火紅色的暈彩，故稱其為火瑪瑙。其著名的產地是墨西哥，因此又稱“墨西哥火瑪瑙”。
水膽瑪瑙: 這種瑪瑙中有封閉的空腔，其中含有水或水溶液，搖晃時汩汩有聲，稱為水膽瑪瑙。其中以“膽大水多”者為佳，透明度高且無裂紋和瑕疵的水膽瑪瑙，則可以雕刻出如“李白醉酒”等傳世佳作，創造出不菲的價值。
除上述分類外，還有一些其他的瑪瑙品種，如產于南京地區的雨花石等。
