差不多在南疆爆發起義的同時，天京失陷，太平天國運動走向終結，大清帝國的首次近代化的努力——洋務運動也開始興起。當時的史家不無溢美地將這段時期稱為“同治中興”。龐大的帝國在付出駭人的代價：中國人口從1851年的4.36億，減少到1867年的大約2.8億。之后，終于開始緩慢地恢復秩序和元氣，“收復阿古柏竊據的新疆地區”隨即擺上了清廷的議事日程。1873年11月，時任陜甘總督的“中興名臣”左宗棠調兵遣將，準備發兵新疆。
位于湖南省長沙市瀟湘大道的雕塑《湘江夜話》，反映的是林則徐（右）和左宗棠1849 年在長沙湘江邊會面，并徹夜長談抵御西方列強入侵、保衛新疆的歷史故事
就在這個關鍵時刻，1874年發生了日本侵臺事件。此事雖然最后和平了結，但圍繞著“海防”與“塞防”孰輕孰重，清政府內部發生了激烈辯論。鴉片戰爭以來，大清帝國突然意識到自己面臨著“三千年未有之變局”——“三千年未有之強敵”竟然是“從海上來”！而大清的水師既不能殲敵于海上，炮臺亦不能御敵于海岸，加強海防順理成章地成為朝野的共識。可是建設海軍費用不菲，購買一艘大兵艦動輒就是幾十萬兩白銀。因此，以“海防”為重，停止出兵新疆，把經費用于海防，就成為朝廷上不小的呼聲。所謂“新疆不復，于肢體之元氣無傷；海疆不防，則腹心之大患愈棘”，持此論調的便是另一位清廷重臣——直隸總督兼北洋通商大臣、文華殿大學士李鴻章。
李鴻章像
守舊派官員大多反對放棄新疆，比如大理寺少卿王家璧就斥責洋務派在改變了“祖宗之法”的同時，也丟棄了“祖宗之地”。保守的思想和愛國的精神，在這時顯出了不那么協調的一致。
以當時的形勢論，欲壑難填的沙俄侵略者在征服中亞細亞的同時，以“代為收復”的名義武力強占了我國伊犁地區，進而要求阿古柏政權臣服。可以想見，如果清廷放任阿古柏政權的存在而不去剿滅，所謂“哲德沙爾汗國”盤踞的大片中國新疆的土地，也會像希瓦、布哈達、浩罕這幾個中亞汗國一樣變成俄國的下一份盤中餐，而十九世紀的沙俄在東方的侵略擴張行動，從來是沒有盡頭和界限的。左宗棠在奏折中一針見血地指出，正因為海疆多事，所以才要一勞永逸地解決新疆的阿古柏政權，以便集中全力經營“海防”。不然，就會“我師退一步，則俄人進一步；我師遲一日，則俄人進一日”。放棄新疆就是自撤藩籬，沙俄必將得寸進尺，不但甘肅和陜西堪憂，就是北路的科布多、烏里雅蘇臺也失去保障，這樣北京城也會喪失門戶，后果不堪設想。清政府考慮到攸關北半個中國的存亡，最終決定采納左宗棠的意見。一場“海防”和“塞防”的爭論才告結束
