病原治療同另兩種衣原體感染，對四環素類、紅霉素及氟喹諾酮類藥物均極敏感，對磺胺耐藥，故常用四環素或紅霉素，2g/d，分4次口服。亦可用多西環素(doxycyc1ine)0.1g/次，2次/d，療程＞3周。孕婦、哺乳期婦女及兒童禁用四環素和喹諾酮類藥物。兒童(包括嬰幼兒)可用克拉霉素(克拉紅霉素)，有較好的療效。部分病例停藥后可復發，尤其是用紅霉素治療者，再用四環素或多西環素治療仍有效。近年來發現新型大環內酯類抗生素的阿奇霉素(azithromycin)，在體外藥敏試驗對肺炎衣原體呈高敏反應，易進入細胞內，細胞內濃度是血濃度的200%，半衰期長，成人1g/次，1次/d，頓服，具高效和低胃腸道反應的優點。有報告認為阿奇霉素聯合利福平是本病最佳治療方法。另經多中心臨床試驗證實，對3～12歲兒童用克林霉素15mg/(kg·d)、紅霉素50mg/(kg·d)或阿奇霉素10mg/(kg·d)均有效。
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