健康人的胃腸道內寄居著種類繁多的微生物，這些微生物稱為腸道菌群。在人類胃腸道內的細菌可構成一個巨大而復雜的生態系統，一個人結腸內就有400個以上的菌種。從口腔進入胃的細菌絕大多數被胃酸殺滅，剩下的主要是革蘭氏陽性需氧菌，胃內細菌濃度＜10 3 CFU/ML（CFU即colony forming unit菌落形成單位）。小腸菌全的構成介于胃和結腸之間。近端小腸的菌叢與胃內相近，但常能分離出大腸桿菌和厭氧菌。在遠段回腸，厭氧之間。近端小腸的菌叢與胃內相近，但常能分離出大腸桿菌和厭氧菌。在遠段回腸，厭氧菌的數量開始超過需氧菌，其中大腸桿菌恒定存在，厭氧菌如類桿菌屬、雙歧桿菌屬、梭狀芽胞桿菌屬，都有相當數量。在回盲瓣的遠側，細菌濃度急劇上升，結腸細菌濃度高達1011 ～1012 CFU/ml，細菌總量幾乎占糞便干重的1/3。其中厭氧菌達需氧菌的103 ～104 倍。主要菌種為糞桿菌屬、雙岐桿菌屬和真桿菌屬。
腸道菌群按Dubos法分為3大類：
①為經長時間進化適應，與宿主呈共生狀態的原住菌（autochlhonous microbiota）；
②是普遍存在于某種環境的普通菌（normal microbiota）；
③是偶然進入宿主的病原菌（pathogens）。
腸道菌群的生理學機能有：合成維生素、協助營養素的消化與吸收、產生糖皮質激素作用增強因子、產生過氧化氫、硫化氫、各種酸、抗生素等物質，并結合其對宿主免疫機能的影響能力、在機體感染防御中起作用。腸道菌群按一定的比例組合，各菌間互相制約，互相依存，在質和量上形成一種生態平衡，一旦機體內外環境發生變化，特點是長期應用廣譜抗生素，敏感腸菌被抑制，未被抑制的細菌而乘機繁殖，從而引起菌群失調，其正常生理組合被破壞，而產生病理性組合，引起臨床癥狀就稱為腸道菌群失調癥（alteration of intestina flora）。本癥的發生率約為2%～3%。
