福州崇福寺位于福州北郊新店鎮(zhèn)象峰南麓，原為“祝圣道場(chǎng)”，舊稱(chēng)崇福院，為福州五大禪林之一。是日本長(zhǎng)崎崇福寺的祖寺。明崇禎二年(1629年)，該寺超然和尚東渡日本長(zhǎng)崎圣壽山建“圣壽山崇福寺”，并為該寺第一代住持。現(xiàn)今,在日本長(zhǎng)崎圣壽山亦有崇福寺，號(hào)稱(chēng)西日本第一寺院,創(chuàng)建于明崇禎八年(1635年)。他們尊福州崇福寺為祖庭，曾來(lái)尋根認(rèn)祖。 崇福寺院始建于宋太平興國(guó)二年(977年)，后廢。
明萬(wàn)歷四十七年(1619年)僧跬存至，愛(ài)山水奇勝，遂與師弟諦詳商洽，擬創(chuàng)建養(yǎng)母堂。清理地基時(shí)發(fā)現(xiàn)“崇福禪院”寺額，遂發(fā)愿重興。跬存在其師鼓山涌泉寺永覺(jué)禪師支持下，派人四出募化，但最初僅建成小佛堂三間。
至崇禎五年(1632年)，大殿與法堂才相繼落成，并請(qǐng)江西名匠雕造一尊高3米多的阿彌陀佛像，法相莊嚴(yán)，冠于閩中諸寺(現(xiàn)此佛像無(wú)存)，于是朝山瞻禮的信徒漸多。
永覺(jué)禪師贈(zèng)詩(shī)與跬存道：“北嶺云邊翠色濃，松窗竹幾寂寥中。焚香默坐惟觀(guān)息，一任山花白與紅。”鼓山道霈禪師亦為作記(制成匾，今存寺中)。后跬存及諦詳先后圓寂，又因明末各地兵亂，交通阻隔，外出募緣的僧徒亦無(wú)法返回，寺中的修建工作只得中輟。
清順治間(1644～1661年)跬存的弟子清安來(lái)主持寺務(wù)，稍見(jiàn)起色。清安寂后，康熙三十三年(1694年)其徒叔禪復(fù)蒞寺興建，經(jīng)過(guò)5年的努力，才重修大殿及重建東西兩廡，初具叢林規(guī)模。其后繼起無(wú)人，又趨衰落。
道光二十三年(1843年)，寺原有田70畝，“因住持?jǐn)∈帲滟u(mài)幾空，止存寺前田根八畝，以致寺荒僧散。”(《侯官縣正堂示為捐贖寺產(chǎn)等事碑》)。
光緒二十一年(1895年)，鼓山涌泉寺古月禪師來(lái)此兼領(lǐng)寺務(wù)，重建大雄寶殿、鐘鼓樓、法堂、天王殿、方丈室、齋堂、客堂等，一切規(guī)制皆仿效鼓山涌泉寺。古月禪師于民國(guó)8年圓寂，崇福寺僧眾在寺內(nèi)特辟一堂建塔紀(jì)念，稱(chēng)中興崇福古月禪師塔。后由其嗣法門(mén)人必定禪師繼任住持，時(shí)有關(guān)當(dāng)局默許農(nóng)林學(xué)校強(qiáng)占寺產(chǎn)，必定護(hù)持甚力。
1957年，福州市佛教協(xié)會(huì)創(chuàng)辦佛教安養(yǎng)院于寺內(nèi)，作為市區(qū)各寺院老弱、生活無(wú)依無(wú)靠的教徒歸依之處。“文化大革命”動(dòng)亂期間，佛像全毀，佛事中斷。
1976年寺院獲得新生，1979年被列為開(kāi)放寺院，著手整修殿堂，重塑佛像，恢復(fù)正常佛事活動(dòng)。
1983年，福建佛學(xué)院女眾班設(shè)在寺內(nèi)，作為培養(yǎng)愛(ài)國(guó)愛(ài)教的接班人基地。至今，畢業(yè)的尼眾遍布海內(nèi)外。
1989年11月，寺中隆重舉行傳常法師榮膺方丈的升座典禮。之后十多年里，寺廟不僅重新修葺了原有殿堂，重塑了菩薩金身，并增建了福建佛學(xué)院女眾部教學(xué)樓和師生宿舍、骨灰寄存室等，使古老的崇福寺煥然一新。
1992年寺廟被列為市級(jí)文物保護(hù)單位。
2003年3月,八十三歲的傳常法師因年高退隱，由中國(guó)佛教協(xié)會(huì)理事、福建省佛教協(xié)會(huì)副會(huì)長(zhǎng)如妙法師榮膺升座為尼方丈。
