東晉（317年－420年），是由西晉宗室司馬睿南遷后建立起來的政權，史稱東晉。東晉是門閥士族政治，與北方的五胡十六國并存，這一歷史時期又稱東晉十六國。東晉時代，也曾經內部四分五裂。東晉與之前的孫吳以及其后的宋、齊、梁、陳，合稱為六朝。
東晉曾多次試圖北伐，但由于內部不團結，除了最后篡晉的劉裕取得一定成果外，其余都無建樹。祖逖本有希望恢復舊土，但他被司馬睿挾制，郁郁而終。桓溫的北伐則被慕容垂擊敗。太元八年（383年），前秦苻堅率兵南侵，東晉宰相謝安力主抗擊，派謝石謝玄率軍，在淝水之戰大獲全勝，苻堅只身逃回北方，南北分立之勢從此而成。后有桓玄叛亂，廢安帝，自立為天子，為大將劉裕所平，擁恭帝，然大權落入劉裕之手。元熙二年（420年），宋公劉裕廢除晉安帝，建立劉宋，東晉滅亡，中國歷史進入南北朝時期。
1、司馬睿（276年—323年），字景文，東晉開國皇帝（318年—323年在位）。晉宣帝司馬懿的曾孫，瑯邪武王司馬伷之孫，瑯邪恭王司馬覲之子，晉武帝司馬炎從子。太熙元年（290年），司馬睿襲封瑯邪王，曾經參與討伐成都王司馬穎的戰役；但是由于作戰失利，司馬睿便離開洛陽，回到封國。晉懷帝即位后，司馬睿被封為安東將軍、都督揚州諸軍事。后來在王導的建議之下前往建康，并且極力結交江東大族。永嘉七年（313年）晉愍帝封司馬睿為丞相、大都督中外軍事。晉愍帝被俘后，司馬睿在晉朝貴族與江東大族的支持下于建興五年（317年）稱晉王，建元建武，太興元年（318年）即帝位，為晉元帝。司馬睿即位后，因為在皇族中聲望不夠，勢力單薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不穩。但是，他重用了王導。王導運用策略，使南方士族支持司馬睿，使北方南遷的士族也決意擁護司馬睿，穩定了東晉政權，維持了偏安局面。司馬睿十分感激王導，任他為宰相，執掌朝政。時人謂之“王與馬，共天下”。司馬睿見無法動搖王導勢力，自己名為天子，號令卻不出宮門，漸漸憂憤成病，臥床不起。323年，晉元帝憂憤病逝，時年四十七歲，葬于建平陵，謚號元皇帝，廟號中宗。
2、司馬紹（299年－325年），即晉明帝（323年－325年在位），字道畿，晉元帝司馬睿長子，晉簡文帝司馬昱異母兄，母宮人荀氏，東晉第二位皇帝。司馬紹于永昌元年（323年）即皇帝位。在位期間，憑借弱勢之中央，成功做到對權臣的制衡，使社會呈現向安定的趨勢發展。太寧二年（324年）平定王敦的叛亂，停止對于王敦黨羽的追究，為安定皇帝的權威全力重用王導，并且與江東大族保持和諧的態度，成功對“王敦之亂”作出善后，穩定東晉王朝的局勢，對安定國家大局的影響非常深遠。太寧三年（325年），司馬紹病逝，終年二十七歲，謚號明皇帝，廟號肅祖，葬于武平陵（今南京市玄武區雞籠山北）。
3、司馬衍（321年―342年），即晉成帝（325年—342年在位），東晉第三位皇帝，字世根。晉明帝司馬紹長子，晉康帝司馬岳同母兄，母明穆皇后庾文君。太寧三年（325年）司馬衍即位，因年幼由其母皇太后庾文君臨朝聽政。庾太后死后由王導與庾亮輔政。司馬衍在位期間，任用外戚庾亮執政，試圖排斥王導勢力，振作東晉王室。但庾亮疑忌大臣，任意殺逐重要官員，引起統治集團內部沖突。咸和二年（327年），歷陽鎮將蘇峻、壽春鎮將祖約以殺庾亮為名，起兵叛亂，攻入建康。直到咸和四年（329年）陶侃、溫嶠平定蘇峻之亂后才遷回建康。王導再次出山執政，東晉王朝又一次轉危為安。晉成帝在位期間曾經命令庾亮北伐，但是敗于石虎。咸康二年（336年），禁止豪族將領將山川大澤私有化；咸康七年（341年），以土斷方式將自江北遷來的世族編入戶籍。咸康八年（342年）六月初五，司馬衍身體不適。當時，成帝的兩個兒子司馬丕和司馬奕年幼，尚在襁褓之中。于是庾冰（庾亮弟）請求讓成帝的同母兄弟、瑯邪王司馬岳為皇位繼承人，晉成帝同意了。晉成帝下詔讓他的弟弟瑯琊王司馬岳繼承帝位；六月初七，在西堂駕崩，享年二十二歲，謚號成皇帝，廟號顯宗，葬于興平陵（今江蘇省江寧縣雞籠山）。
4、司馬岳（322年―344年），即晉康帝（342年―344年在位），東晉第四位皇帝，字世同，晉明帝司馬紹次子，晉成帝司馬衍同母弟，母明穆皇后庾文君。司馬岳在其兄晉成帝繼位后，受封吳王。后改封瑯邪王，歷任散騎常侍、驃騎將軍、侍中、司徒。咸康八年（342年），晉成帝病重，在掌權的庾冰等人建議下，舍棄二子，立弟司馬岳為皇位繼承人。同年，晉成帝去世，司馬岳繼位。當時晉康帝正處居喪期間不能多言，委托庾冰、何充處理政務。建元二年（344年），司馬岳去世，終年二十三歲，謚號康皇帝，葬于崇平陵（今江蘇省江寧縣蔣山）。司馬岳也是一位書法家，其代表作品《陸女帖》，被收錄進宋代的《淳化閣帖》。
5、司馬聃（343年―361年），即晉穆帝（344年—361年在位），字彭子，東晉第五位皇帝，晉康帝司馬岳之子，母褚蒜子。東晉建元二年（344年）司馬岳死，司馬聃即位；由于年幼而由母太后褚蒜子掌政，并由何充輔政。何充過世后改由蔡謨與司馬昱輔政。司馬聃在位期間東晉雖然北伐失敗，但是由于桓溫消滅了在四川立國的成漢，并且于永和十二年（356年）奪回洛陽，雖然不久就因為糧運不繼而撤退，但東晉的版圖仍然有所擴大。升平五年（361年）司馬聃死去，終年十九歲，安葬于永平陵，謚號穆皇帝，廟號孝宗。
6、司馬丕（341年—365年），即晉哀帝（361年—365年在位），字千齡，晉成帝司馬衍長子，晉康帝司馬岳之侄，晉穆帝司馬聃的堂兄弟、母周貴人。東晉的第六位皇帝。咸康八年（342年），司馬丕受封瑯邪王。升平五年（361年），晉穆帝去世，皇太后令司馬丕登基，改元隆和。興寧二年（364年），司馬丕斷谷、餌藥以求長生，結果中毒，崇德太后臨朝攝政。 興寧三年（365年），晉哀帝在太極殿西堂去世，時年二十五歲，謚號哀皇帝，葬于安平陵。司馬丕在位時期，軍閥斗爭激烈，桓溫當國，幾次北伐，國家戰亂不斷，東晉已走向衰敗，慕容部猖獗和東晉發生多次戰爭均以東晉敗退而終。司馬丕還是一位書法家，代表作品有《中書帖》等。
7、司馬奕（342年—386年），即晉廢帝（365年—371年在位），字延齡，晉成帝司馬衍次子，晉哀帝司馬丕同母弟，母周貴人，東晉第七位皇帝，也是東晉唯一一位在位期間被廢黜的皇帝。興寧三年（公元365年）二月，司馬丕死后。同年二月丁酉（2月23日），司馬奕即帝位。司馬奕即位之時，桓溫掌握朝政，桓溫有意廢掉司馬奕自立為皇帝，但司馬奕本身并無過失可言。太和六年（371年）十一月，桓溫便指司馬奕陽痿而不能生育子嗣，其男寵相龍、計好、朱靈寶等在宮廷參侍，后宮所生三子可能并非皇帝親子，于是逼崇德太后褚蒜子下詔廢司馬奕為東海王。咸安二年（372年），又降封為海西公。太元十一年（386年）過世，終年四十五歲，葬于吳陵。史稱廢帝，又稱海西公。
8、司馬昱（320年―372年9月12日），字道萬。東晉第八位皇帝（371年—372年在位），晉元帝司馬睿幼子，晉明帝司馬紹的異母弟，母為簡文宣太后鄭阿春。司馬昱歷經元、明、成、康、穆、哀、廢帝七朝，先后封瑯玡王、會稽王，累官撫軍將軍。晉穆帝時，升任撫軍大將軍、錄尚書六條事，與何充共同輔政。何充逝世后，司馬昱總統朝政。他引名士殷浩等輔政，企圖對抗威權日重的桓溫，殷浩反為桓溫所廢。廢帝即位后，再次徙封瑯玡王，又進位丞相、錄尚書事。太和六年十一月（371年），桓溫廢司馬奕，改立司馬昱為帝。司馬昱名為皇帝，實同傀儡。在位僅八個月后，便因憂憤而崩，年五十三。謚號簡文皇帝，廟號太宗，葬于高平陵。司馬昱善于清談，史稱“清虛寡欲，尤善玄言”，可謂名副其實的清談皇帝，在他提倡下，東晉中期前玄學呈現豐饒的發展。有文集五卷，今已佚。《淳化閣帖》收錄有其書法作品《慶賜帖》。
9、司馬曜（362年—396年），即晉孝武帝（372年—396年在位），字昌明，中國東晉第九任皇帝。他是晉簡文帝司馬昱第六子，母為李陵容。司馬曜四歲時被封為會稽王，咸安二年（372年）晉簡文帝駕崩前夕被立為皇太子并繼承皇位，時年十一歲。最初由大司馬桓溫輔政，寧康元年（373年）桓溫死，又由從嫂崇德太后褚蒜子臨朝聽政。太元元年（376年）太后歸政，實權由謝安為代表的陳郡謝氏掌握。太元八年（383年）在謝安等的輔佐下，擊敗前秦大軍，贏得淝水之戰的勝利，保全了東晉王朝的國運。司馬曜利用士族門閥人才斷層的空檔期，致力于沖破門閥政治的格局，恢復司馬氏皇權，遂以其弟司馬道子代替謝安執政，并成為東晉開國江左以來最有權力的君主。但他耽于享樂，沉湎酒色，又與司馬道子爭權，形成“主相相持”的局面，造成朝政日趨昏暗。后因司馬曜與寵姬張貴人酒后戲言，導致張貴人一怒之下叫來心腹宮人將熟睡中的司馬曜用被子捂死，司馬曜被殺時年僅三十五歲。死后廟號烈宗，謚號孝武皇帝，葬于隆平陵。司馬曜擅長書法和文學，有集二卷，已亡佚；《淳化閣帖》收錄其書法作品《譙王帖》。
10、晉安帝司馬德宗（382年―419年1月28日），字安德，晉孝武帝司馬曜長子，晉恭帝司馬德文同母兄。東晉的第十位皇帝，397年―419年在位。司馬德宗即位后，內亂頻發，國勢日衰。從412年開始，劉裕在朝中獨掌大權，排擠和迫害與他不和的大臣，矯安帝詔以令外地刺史。415年，荊州刺史司馬休之和雍州刺史魯宗之以逃犯劉裕為名舉兵，但被劉裕戰敗。417年，劉裕再次北伐，攻入長安。418年劉裕被封為相國、宋公。419年，晉安帝駕崩于東堂，時年三十七歲。
11、司馬德文（386年—421年），字德文， 即晉恭帝，東晉最后一位皇帝。晉孝武帝司馬曜次子，晉安帝司馬德宗之弟，母為淑媛陳歸女。司馬德文初封瑯邪王，之后歷任中軍將軍、散騎常侍、衛將軍、開府儀同三司、侍中、司徒、錄尚書六條事等官職。晉安帝被桓玄所廢時，司馬德文與晉安帝都居于潯陽；桓玄敗死后被遷至江陵。元熙元年（419年）劉裕殺晉安帝，立司馬德文為帝，年號元熙。元熙二年（420年）六月，司馬德文禪位于劉裕，東晉自此滅亡。司馬德文被廢為零陵王，同年九月，劉裕派人以棉被悶死司馬德文，時年36歲，死后葬于沖平陵。
