建炎二年（公元1127年）八月，做了皇帝的趙構也頗有一番興復中原的大志，他派遣孟太后率領后妃到達后方杭州,而自己率軍準備同金軍作戰。一路上，孟忠厚照顧孟太后的日常生活，護送孟皇后到達杭州。
孟太后到達杭州后不久，趙構軍隊被金軍戰敗，宋高宗趙構一路南逃，建炎三年（公元1129年）正月，趙構到達了杭州。同年三月，宋宮發生了一場軍事政變。政變頭目苗傅、劉正彥把皇帝趙構囚禁了，冊立趙構的兒子趙敷為皇帝，并由孟太后垂簾聽政。苗傅為了拉攏孟太后，特意給孟忠厚家里很多的賜賞，但遭到孟忠厚的拒絕。孟忠厚還向朝廷要求，減少朝廷對他家的封賞，以此表示與政變軍隊有強烈的對抗情緒。
建炎三年（公元1129年）三月,苗傅發動的軍事政變平息后，朝廷對有功人員進行獎賞。大臣們認為，孟太后功勞巨大,應該得到獎賞。副宰相趙鼎對宰相張浚說：“太后平息政變，其功很大，應該獎賞太后的家族。”于是，張浚向趙構上奏，朝廷提升孟忠厚為寧遠軍節度使.以此作為對孟忠厚的獎勵。
建炎三年四月,孟忠厚陪同孟太后到建康(今南京),接著到南昌,建炎四年(公元1130年)八月,孟忠厚到達越州(今浙江省紹興市),不久孟忠厚的母親病逝,孟忠厚離職守孝。
建炎四年九月，孟忠厚的衛士、宣教郎范燾，受到孟忠厚的派遣，到附近城鄉采購一些家庭必須日用品。可是，范燾以孟忠厚的名義騷擾州縣，損害老百姓的利益。
范燾回來后，被孟忠厚訓斥了一頓。孟忠厚還對范燾進行了處罰，說：“范燾擔任衛士不稱職，不能對他進行獎賞。”范燾心中不愉快，由此產生了對孟忠厚的不滿，他要報復。
范燾回到朝中，立即向趙構上奏，誣陷孟忠厚與孟太后共同私養宋欽宗的兒子，并把他貯藏在暗室中。
宋高宗趙構說：“朕同孟太后，是母子之間的關系。母子之間，還是沒有什么可以懷疑的。范燾誣陷太后，豈有此理？立即送御史臺治他的罪。”
宰相范宗尹說：“陛下如果坦然不疑，那么還不如不送御史臺算了。”
趙構說：“之所以要送御史臺，是因為要讓天下人民知道，他是誣謗孟太后而犯罪的。”
趙構又說：“宋英宗和他的母親慈圣太后、宋哲宗和他的祖母宣仁太后，都是被他人挑撥離間，導致他們母子之間互相疑謗，牽連了二個朝代。所以朕不得不懲治。”
紹興元年（公元1131年）二月，宣教郎范燾除名，降為潮州編管，罪名是誣陷孟忠厚和孟太后。
紹興元年（公元1131年）三月，孟忠厚的母親病死，宋高宗趙構下詔：“由于孟忠厚的母親李氏病死后，大家都十分悲傷。朝廷決定給孟忠厚的母親、福國夫人李氏特贈為二國夫人。”
幾天后，孟忠厚的姑媽、一代賢后孟太后也病死了，孟忠厚十分傷心，向朝廷上奏，要求穿上雙重的喪服，為母親和姑媽孟太后同時守孝三年，朝廷同意了。
紹興元年六月,寧遠軍節度使孟忠厚,給母親和孟太后守孝時,穿著雙重的喪服.由于孟忠厚對孟太后附祭于祖廟立下功勞，朝廷恩賜孟忠厚為鎮潼軍節度使，開府儀同三司。
紹興二年（公元1132年）三月，在北宋徽宗時期的奸臣朱勔留下的平江南園,在南宋時已經沒收為官方的財產。宋高宗趙構下詔，把平江南園賜給孟忠厚家居住。
紹興三年（公元1133年）四月，孟太后出土安葬的日子到了。朝廷下詔，孟太后同姓親屬遷秩二級，不同姓親屬遷秩一級。提升鎮潼軍節度使、開府儀同三司、醴泉觀使孟忠厚為信安郡王。詔書上講：“載考濟陽之始，王雖由元舅。顧如隆佑之盛烈，特鮮近親蔽自朕心，用作爾祉。”大意是：從濟陽王開始，封王的爵位只能選擇皇帝的嫡親舅舅。但考慮到孟太后的功勞巨大，所以選擇近親孟忠厚封為王爵，表達我內心深處對孟太后的孝心，祝愿孟太后的家屬幸福。
同月，信安郡王孟忠厚為禮儀使，受令到溫州制造孟太后的神像。宋高宗趙構親自送他到皇宮南門外，宰相率領朝廷百官送孟忠厚到城門外。制造神像的規模巨大，朝廷給錢萬枚，參加的官員有二百四十多人，銀元二千四百余兩。
紹興三年七月，信安郡王孟忠厚上奏：“近期孟太后的謚號從‘昭慈獻烈皇后’，改為‘昭慈圣獻皇后’，體現了朝廷對她的尊崇。但是她二次皇后被廢，又二次恢復為皇后，這其中的原因至今沒有辨明，曾經有人懷疑是皇帝的意思。昨天，我聽到了學者黃策上書給我，專門對這件事進行評論。黃策在平江，替朝廷拆買奸臣蔡京的財產時，發現了蔡京的日記。里面記載有太上皇帝（指宋徽宗）為孟太后平反的事跡。其中詳細敘述了孟太后廢黜的全過程，有太上皇帝吩咐蔡京為孟太后平反的全部記錄。從《日記》中可以看到，孟太后被廢不是宋徽宗的真實意思。昨天我已經拿到了《蔡京日記》的真本，希望把它保存在史館，以此安慰孟太后的在天之靈。”朝廷批準了他的請示。
紹興三年九月，信安郡王孟忠厚，奉旨到溫州大廟，把孟太后的謚冊從“昭慈獻烈”改為“昭慈圣獻”，但不改神主牌位。
紹興四年（公元1134年）十月，朝廷下詔：信安郡王孟忠厚到泰寧寺，迎奉孟太后的神像，移居到局勢平穩、又方便于祭祀的州郡安置。這時，孟忠厚按照宋朝的制度，乞求他的門客曹云為登仕郎。宋高宗趙構說：“昭慈圣獻孟皇后，過去在瑤華宮三十多年，應該得到恩澤封官的親人有八十多人，但昭慈圣獻孟皇后沒有提出這個要求。現在孟忠厚受到昭慈孟皇后的訓導，從來不以私事干涉朝廷。但他想到的是他的部下門客，第一次向朝廷提出要求。既然有制度規定，那么就應該給孟忠厚的門客為登仕郎。”
趙構又說：“我曾經看到漢朝、唐朝的歷史，外戚亂政很嚴重。我們宋朝母后的賢惠，漢朝、唐朝簡直是不可比較。”
宰相沈與求說：“皇上目光深遠，昭慈圣獻孟皇后神靈得到再安，對社稷來說其功巨大。”
趙構說：“前期孟忠厚應該得到恩澤，但由于戰爭的原因沒有給予。等到空閑下來的時候，賜給孟忠厚一部份的農田，以此安慰昭慈圣獻孟皇后的在天之靈。”
紹興五年二月，南宋朝廷賜給孟忠厚兩浙的農田三十頃。
紹興六年（公元1136年）八月，宋高宗趙構下詔。孟忠厚為德慶軍節度使。
紹興九年（公元1139年）八月，孟忠厚擔任鎮潼軍節度使、開府儀同三司、鎮江知府。
孟忠厚擔任鎮江知府，是孟忠厚本人提出要求，朝廷同意了他的請求。按照宋代制度，在外戚中，官至節度使和擔任宰相虛職的人，沒有資格擔任一個州的州長，而孟忠厚是首例。
孟忠厚與秦檜是親戚。孟忠厚妻子是宋神宗宰相王珪四子王仲嶷的孫女，王珪的第三子王仲山的女兒，嫁給了秦檜為妻子。憑借這層關系，秦檜與孟忠厚是親戚。但秦檜與孟忠厚不和，此時秦檜當上了宰相，對孟忠厚進行了誣害。
宋高宗趙構出于對昭慈圣獻孟皇后的思念，對孟忠厚特別照顧，所以對孟忠厚破例提升。
孟忠厚擔任鎮江知府二個月后，給事中劉一止出來講話了，他說：“在宋代皇后的家族里面，孟忠厚這樣學識淵博的人，確實不可多得，應當說孟忠厚擔任鎮江知府完全稱職。但是，宋朝從建國到目前為止，還沒有外戚擔任地方知府的先例，孟忠厚做知府，開了先例，后來比孟忠厚水平低下的人，也要當地方官，怎么辦？”于是朝廷下詔：“孟忠厚是昭慈圣獻孟皇后的近親，本人水平也很高，所以才允許他擔任地方長官，后來的人不能拿孟忠厚作比較，向朝廷要官。”
紹興十年（公元1140年）四月，鎮江府知府孟忠厚，調任到明州（今浙江寧波）擔任知府。
紹興十年六月，明州知府孟忠厚，又改任為醴泉觀使。
紹興十一年（公元1141年）四月，鎮潼軍節度使、開府儀同三司孟忠厚，改任為婺州知府。不久，又改任為紹興知府，并兼管昭慈圣獻孟皇后的陵墓。
紹興十一年（公元1141年）七月，紹興知府、信安郡王孟忠厚封為少保。
紹興十二年（公元1142年）四月，南宋與金國達成協議，南宋割地賠款，金國把宋高宗的父親、宋徽宗趙佶的尸體運回南宋。過去，存放皇帝尸體的棺材稱為梓宮。少保、紹興知府、信安郡王孟忠厚被派遣為迎送梓宮禮儀使，保慶軍承宣使、知大宗正事。
孟忠厚向朝廷要求，派遣一位懂得禮儀的學者陪同他辦事，朝廷派遣太常丞吳棫一同前往。
幾天后，太常丞吳棫被罷官。
吳棫是孟忠厚的妹夫，貧窮無依，投靠孟忠厚。朝廷中有人造謠，吳棫與孟忠厚在一起的時候，有非常自私的行為，聽信了奸人的言論，有損害南宋中興的行為。朝廷免了吳棫的官，撤消了做禮儀的公職。
為了顯示迎接梓宮儀式的隆重，南宋朝廷提升孟忠厚為樞密使。樞密使是當時管理軍事的最高行政長官，在正常的情況下，孟忠厚是外戚，無論如何也不能擔任這個職務的。但是，迎接梓宮是把宋微宗的尸體運回到南宋。宋徽宗是皇帝趙構的父親，接送他的尸體必須具備最高級別的官員，宰相以上的職務才有資格運送，但是當朝宰相秦檜害怕到金國可能被扣押，因此朝廷破例提升孟忠厚為宰相一級的官職，派他到金國。
紹興十二年（公元1142年）七月二十，孟忠厚到達金國首都，金國中書侍郎劉筈、金國禮部侍郎完顏宗表負責接見了他，隨之用隆重的宴會招待了孟忠厚。
紹興十二年（公元1142年）十月，孟忠厚迎回了宋徽宗的梓宮，參知政事王次翁接到了宋高宗趙構的生母，他們分別到達杭州。
宋高宗趙構對出使金國的有功人員分別進行了獎賞，其中孟忠厚提升為直秘閣（直秘閣是皇家圖書館的館長）。
孟忠厚回到朝廷后，原任樞密使張俊被卸職，降為鎮洮、寧武、奉寧軍節度使，又封為清河郡王。
當初張俊開始和秦檜商量，削弱軍人的軍權，同時還殺了掌握軍中實權的岳飛。
岳飛死后，張俊依然掌握軍隊，朝廷對他不放心，怕他擁兵自重。這次孟忠厚從金國回來后，南宋朝廷有了張俊和孟忠厚二個樞密使，秦檜以此為借口，暗示張俊辭職，朝中又有人提出了張俊的缺點。張俊知道后，明白他在朝中站不下去了，提出了辭職，立即得到朝廷批準。
