1954年4月，最高人民檢察院開始對他們進行審訊，要他們老實交代自己的問題，向中國人民低頭認罪，接受中國人民的懲處。這項工作一開始，戰犯壓力很大，思想斗爭十分激烈，有的不吃飯，有的睡不著覺，夜間躺在床上偷偷哭泣。為了防止他們自殺，管理所和戰士們把防止戰犯逃跑為主的執勤方案，修改成防止戰犯自殺為主的執勤方案，取消了墻外的巡邏小組，撤掉了院內的一些固定哨，增加了監舍流動哨，并要求哨兵加強責任心，認真觀察每一個戰犯的思想變化，一發現反常現象馬上向管理所值班人員報告。由于執勤方案修改及
時和哨兵盡職盡責，多次制止了戰犯的自殺企圖。
戰犯經過一番坦白交代和認罪悔過之后，恢復了人的良知，他們真正認識到在中國犯下了滔天大罪，也真正看到了中國人民的寬大胸懷。他們把中國撫順戰犯管理所看成再生之地，把中國人民看成恩人。
1956年春天，管理所為了使戰犯思想進一步得到改造，遵照周總理的指示，組織他們分三批到社會上參觀學習。先后組織這些戰犯到沈陽、鞍山、長春、哈爾濱、天津、北京、武漢、杭州、上海等11個大城市，參觀了工廠、農村、科學文化部門、社會福利機構等99個單位，足跡遍布大江南北。每到一處，戰犯都感慨萬端，流下了悔恨的眼淚。特別是參觀遭受過他們血洗的地方時，他們懺悔地跪在群眾面前，痛哭流涕地要求處以極刑。
1956年6月，最高人民法院特別軍事法庭對在押的日本戰犯進行宣判。每當法庭上宣布對他們判刑或免予起訴之后，個個泣不成聲，一再表示向中國人民謝罪，感謝中國政府對他們的改造。有一名出身日本農民家庭的少將戰犯，聲淚俱下地說：“我也是一個農民的兒子，可我成了日本軍國主義的幫兇，到中國來屠殺中國農民兄弟，我對中國人民犯下了不可饒恕的罪行，我向中國人民謝罪。”戰犯們不住地向在場的人們鞠躬，不住地向執勤哨兵鞠躬。這時，大家才真正認識到黨中央對戰犯改造政策的偉大，認識到周總理“不跑一個、不死一個”指示的英明。
