雖然感染性心內膜炎的“經典”臨床表現已不十分常見，且有些癥狀和體征在病程晚期才出現，加之患者多曾接受抗生素治療和細菌學檢查技術上的受限，給早期診斷帶來困難，但原則上仍然主張對患有心瓣膜病、先天性心血管畸形或人造瓣膜置換術的患者，有不明原因發熱達1周以上，應懷疑本病的可能，并立即作血培養，如兼有貧血、周圍栓塞現象和雜音出現，應考慮本病的診斷。臨床上反復短期使用抗生素，發熱時常反復，尤在瓣膜雜音的患者，應警惕本病的可能，及時進行超聲心動圖檢查，對診斷本病很有幫助。陽性血培養具有決定性診斷價值，并為抗生素的選擇提供依據。
對不能解釋的貧血、頑固性心力衰竭、卒中、癱瘓、周圍動脈栓塞、人造瓣膜口的進行性阻塞和瓣膜的移位、撕脫等均應注意有否本病存在。在肺炎反復發作，繼之以肝大，輕度黃疸最后出現進行性腎功能衰竭的患者，即使無心臟雜音，亦應考慮有右側心臟感染性心內膜炎的可能。
