中醫學的理論體系大約在春秋戰國時期已逐漸形成，反映這一時期的醫學并成為基礎的經典著作是《內經》。中醫學把人體看成是一個以臟腑經絡為核心的有機整體，把人和自然一切事物都看成是陰陽對立統一的兩個方面，認為疾病的發展是陰陽失調，邪正斗爭的過程。重視肌體的內因，有“邪之所湊，其氣必虛”、“正氣存內，邪不相干”的觀點，所以治病就是調整陰陽，扶正祛邪，在診斷基礎上形成了以“四診”為診察方法，以“八綱”為辯證綱領，以“臟腑辯證”為基礎進行臨床辯證的理論。在疾病的防治上，重視預防，主張“未病而治”。在具體治療上，強調“辯證求因”，“審因論治”，“治病求本”，并提出“標本緩急”，“虛實補瀉”，因人、因地、因時施治等一系列治療原則。
西方醫學是在現代自然科學的基礎上發展起來的?，F代自然科學不僅為西方醫學提供理論基礎，也提供先進的技術和設備。西方醫學的成就和優勢是有目共睹的。從發現血液循環到心臟手術與器官移植，它取得了神話般的進展;從合成抗生素到大量化學藥物的出現，它挽救了無數人的生命;從克隆技術到藥效、藥理，它不僅知其然，還知其所以然;從最初使用的顯微鏡到目前的CT、核磁共振，西醫診斷手段更是讓中醫望塵莫及。
然而，“道高一尺，魔高一丈”，隨著近數十年來科學技術以前所未有的速度向前發展的同時，生活在地球上的人們卻正面臨著日趨嚴重的報復:一方面，和人類息息相關的森林、土壤、水域、空氣等不斷受到污染和破壞，使人類賴以生存的外環境產生了超出人體生存適應允許值的變化;另一方面現代生活中高度緊張的工作節奏、廣泛而頻繁的人際交往，以及飲食結構的不合理改變，導致人們生理和心理的嚴重失調，于是，還未來得及喘口氣，一道道新的難題又擺在醫學工作者面前:首先是疾病譜不斷翻新，一批批為西方醫學所棘手的難治性疾病紛至沓來，正在成為籠罩在人類頭上的巨大陰影，其中有些已排在死因前列，如心腦血管疾病、癌癥等;有些則在迅速蔓延，如愛滋病等，引起全球性恐慌。其次是隨著物質生活水平的整體提高，人類對生命質量的要求和對健康長壽的向往變得更為強烈，保健養生日益成為醫學科學主題之一。
以生物醫學模式為主導的西醫學，面對現代難病往往顯得力不從心，這是因為現代難病多屬于整體性疾病，病因復雜隱匿，疾病的發生和變化受到多種因素的影響和牽制，病變涉及臟器廣泛，因此，用包括手術、藥物在內的、固定的規范的生物醫學模式的已知診治方法，常難以奏效。同時這種方法本身又往往忽視人體自身的防衛抗病能力和自身修復的主動性，其次，必須著眼于生理、心理、全方位多層次的調節才能達到目的的康復保健，對長期致力于“對抗”為主的西醫學來說也辦法不多。
西方醫學之短，恰恰為中醫學所長。中醫學立足于自然過程和生命過程，并在此基礎上所形成的理論和多種藥物與非藥物防治之法，無論是現代難治病，還是康復保健都有著明顯的優勢，就現代難治病而言，中醫頗適于對它的診療，如中醫學的整體動態觀察的基本特點，有助于深入認識現代難病的本質，而依據中醫學逆向思維的方式，審證求因，則可從疾病所顯現的征候去探求現代難病的病因病機;尤其是中醫學的辯證論治，不僅根據其出現的證候進行細致的整體分析，而且可在不同階段作動態處理，這對于具有個體醫學特征的現代難病有著重要意義。值得一提的是，中草藥及其西方，它們經過了最長時間和最大人群的人體實驗，對其潛在力進一步挖掘，對其向調節作用的進一步發揮，將為現代難治病的攻克提供重要的物質基礎。其次，由于受道家文化延年益壽思想的直接滲透，保健養生一直是中醫學的核心內容之一，幾乎和這門學科同時誕生。它由整體觀出發，重視身心交互影響，注意生活調理和體質鍛煉，強調對時令地域的順應，已經總結出一系列保健養生之法，包括精神養護、環境攝生、飲食調節、藥物調養、氣功按摩、醫療體育，和剛剛開始對這方面進行嘗試和實踐的西方醫學相比，中醫學有著無可爭議的優勢。
中醫學之所以具有這些優勢，與它獨特的方法論是分不開的。西方現代醫學主體模式是:把人體視為一個孤立的封閉系統與其生存環境中的致病因子相抗衡，對外采取化學殺菌、抑菌方法，對內用手術刀剝離清除病灶，簡稱對抗醫學。這一簡單醫學模式往往行之有效，它曾給人類帶來光輝的一頁，使諸多危害人類的瘟疫瀕臨滅絕，平均壽命大大延長。但是，直至二十世紀末，人們才開始意識到:僅僅用醫用化學“武器”和手術刀并不能使人類徹底擺脫疾病的困擾，也不可能大幅度地提高生命存活質量。
與西醫的主體模式不同，中醫把人體看作是一個與外在世界變化對立統一的開放系統，在這個系統中，內在各個部分之間的不平衡被認為是人體疾病產生的根本原因，因為這種不平衡造成了人體與外在世界變化之間矛盾的激化。與中醫這種病因病機的認識相對應，中醫的治療原則就是調節人體各部分之間的平衡，從而避免人與自然變化之間矛盾的激化。如:“削有余補不足”。“削有余”是指當生病時，五臟不平衡，必有一臟臟氣亢進，一臟臟氣虛弱，需要把亢進的臟氣削弱，“補不足”是指把虛弱的臟氣補足。削與補的依據是五臟達到平衡，中醫師通過切脈來把握人體臟氣的平衡與否，根據臟氣的虛實進行削補、用藥。此外，在施治過程中，中醫中藥是可以掌握知變應變原則的，則不會出現削過了頭、補過了量的新的不平衡現象出現。中西醫的區別就在于此，即中醫用藥是全面地調整人體五臟功能的，西醫用藥則是以殺菌、鎮靜為主的，不可混為一談。
哲學是一切理論產生的源泉，中醫產生于有著深厚哲學基礎的古中國，自然在醫學理論方面有著得天獨厚之處。事實上正是這樣，中醫理論與中國古代哲學思想是相通的，“醫易同源”就是對這種相通性的一種客觀認識。我們只要從宏觀深入微觀，從醫易有關系入手于中醫理論循序漸進地研究，就可以發現中醫理論中的各個學說，均是以易為本源的，并且全部具體應用到人體生理、中藥藥性、辯證施治以及病因病機等方向。中醫理論中的陰陽五行學說、氣化學說、經絡學說、臟象學說、藥物歸經、藥的升降沉浮、四氣五味，五運六氣學說、子午流注學說等等，都與《易經》有著淵源。特別是陰陽五行學說，它直接來源于《易經》，并在中醫理論中得到了祥盡的發揮，如天人相應原理，五行相生相克、相乘相侮的平衡原理等等均得到中醫理論的補充和完善。這一學說直接指導了中醫學理論的創立，這是不容否定的一個重大原則。
對現代的國人看來，一提到《易經》，人們就相當然地想到封建迷信，似乎它是封建迷信的總源頭。而在過去的幾千年來，國人一直把它作為中國傳統文化的源頭活水。自從西方科學傳入中國，它就以明晰、易懂、可證偽性強等優點得到絕大多數中國人的信任，而中國傳統哲學則由于僅僅描述的是一種深藏在自然表象背后的“理”遭到懷疑甚至否定。沒有了基礎理論的支撐，中醫的不可理解是必然的。
至今還有不少人把中國傳統哲學看作是古人臆想及主觀的產物，這顯然是受了西方科學的影響所至，因為西方科學一直不承認不可觀察的基礎物質存在，而傳統哲學所描述的正是這種基礎物質最基本的運動規則。中國傳統文化的基礎學說是“氣一元論”，它所揭示的就是連續在宇宙空間的一種最基礎的物質，是這種物質不對稱的周期組織與離散形成了豐富多樣的物質世界。由于這種在不斷轉化中的物質是不可觀察的，因此中國的哲學家一直潛心于研究萬物運動最基本的原理，陰陽五行學說就是對這種統一在萬物之中的自然之“理”的一種客觀描述。盡管它抽象了自然界中的幾種實際物質，但它所揭示的卻是普遍存在于自然之中的“規則”。
明白了中國傳統哲學的內涵我們就知道，中醫學原理并不是僅僅是“直觀的、自然的、樸素的”哲學系統，而是有著堅實的自然科學基礎，這種基礎就是內在于自然的統一性，中國的先哲們早已認識到這一點，并具體應用到實踐之中了。與中國傳統哲學不同，西方科學由于“原子論”實踐的成功，就走向了一條還原論的道路，它的特點就是只承認自然本質上的泛統一性，而拒絕承認一切現象內在本質上統一性，這樣的特點決定了它只相信可觀察的物質現象，而對那些支配這些現象的內在原理的“熟視無睹”。
由于歐洲科學技術的迅猛發展，為醫學的發展提供了現代化的科學手段，從此西醫走上了一條實驗醫學的道路，結構、靜態、分析，其理論的證偽性較強，在科研方法上主要是還原論方法，即是將較復雜的、高層次的分解為較簡單的層次，因此，西醫強調在醫學中就是把有機體分解為物理化學機械的過程，并以這些方面對機體及其疾病作出解釋。這種還原論方法對機體各層次規律的揭示顯然具有不可替代的重要性，通過分析還原方法使我們對人體的認識從器官、組織、細胞、亞細胞的層次，達到目前的分子甚至更高的層次。
不可否認，面對分子生物學的發展、基因工程的開拓，西方生物醫學的前景還會有一番精彩紛呈的表現，繼續為人類作更大的貢獻。但是，由于它的理論框架的局限性是不可逾越的，如它不承認顯微鏡下看不到的連續物質，結果使人體與外在世界之間及整體各個部分之間的普遍聯系成為虛妄。應該說，西方醫學只是一個建立在形而下空間的理論，只能在“器”這個層面上認識生命體，遇到一系列形而上空間的問題時，那將出現十分尷尬的局面。
第一個向經典生物學挑戰的還是別人，正是西醫本身，那就是精神病學的挑戰，面對腦解剖學的局限，精神、心身病學失去了它的解剖學的支撐，接著便是免疫學的興起，對解剖學提出了再次挑戰。20世紀中葉以后，西方生物醫學，開始了對自身還原論的批判，他們開始意識到生命整體大于部分之和，但是，無法擺脫機械還原論的羈絆，而沒能及時找到新的理論基石。盡管20世紀初，現代物理學的相對論與量子力學的崛起，從根本上沖垮了牛頓力學的機械還原論。但在20世紀40年代后，系統科學、信息科學的崛起，以及70年代前后，非線性科學、混沌、分形理論等一系列跨學科的興起，都是對西方經典生物學理論基石的重大挑戰。
