大學士張居正被萬歷皇帝稱為張先生，在少年萬歷心中有舉足輕重的地位。“張先生似乎永遠是智慧的象征，他不開口則已，一開口就能揭出事情的要害，言辭簡短準確，使人無可置疑。”
繼位之初，小皇帝的生活重心放在學習上。十幾歲的萬歷皇帝每日天不亮就起床，早飯后即赴文華殿聽日講。張居正的教導不僅嚴厲，且毫不留情。一次萬歷皇帝讀《論語》“色勃如也”，將“勃”字誤讀為“背”音，張居正立刻當面予以糾正。這一舉動，使“皇上悚（sǒng）然而驚，同列皆失色”。而張居正偶感腹疼，皇帝也會親手調制椒湯面給先生食用。
正字課上，萬歷需工工整整寫字若干幅由正字官指點。萬歷酷愛書法，寫得一手好字。少年氣盛，他經常借著興致，揮灑盈尺大字賞賜給輔臣們。一次他賜首輔張居正“宅撰保衡”四字，第二天，張居正先是稱贊小皇帝的書法，“遒勁飛動，有鶯翔鳳翁之形”，轉而勸說其不要沉迷書法小技，而要學習治國平天下的大經大法。
日講還有一項重要內容——講解《資治通鑒》。為了讓小皇帝能更快從歷史經驗中學習治國方法，隆慶六年（1572年），張居正進呈一本叫《帝鑒圖說》的書。該書由張居正命講官馬自強等人考究歷代帝王事跡，選取“善可為法者”八十一事，“惡可為戒者”三十六事。由大太監馮保配圖，一事一圖，后面附以傳記本文，圖文并茂，取唐太宗“以史為鑒”之意，題名為《帝鑒圖說》。
課間休息時，萬歷還要在司禮監太監的協助下，邊處理奏章邊鍛煉應對國事。上朝不日講的日子，萬歷仍需要溫習經書或習字。一年四季，除了過年和大寒大暑等天氣外，并沒有假期。母親慈圣皇太后對他管束很嚴，每逢經筵日講之后，還要他復述一遍，如果沒有背下，就將他訓斥一番，甚至罰跪。萬歷皇帝的童年生活，比現在學習重壓之下的孩子，一點也不輕松。。
萬歷繼位后的第一個10年，是明代百事轉蘇、欣欣向榮的10年。北方的“虜患”不再發生，東南的倭患也已絕跡，國庫日見充實。小皇帝在張居正的教導下，勤奮好學，文治武功都十分出色。萬歷十年（1582年），一代名臣張居正病逝。已經大婚4年的萬歷皇帝，開始親政。但專權朝野的張居正去世僅僅半年，就遭到清算，罪狀有欺君毒民、接受賄賂、賣官鬻爵、任用私人、放縱奴仆凌辱縉紳等。
萬歷皇帝突然發現一向倡導勤儉治國的張先生私生活卻奢糜得令人吃驚。數年前，小皇帝萬歷曾下令，由內庫撥發白銀1000兩以資助老師修建閣樓。因為在小皇帝的心目中，他的老師官俸并不豐厚。但是張居正去世后，萬歷皇帝才聽說，北京張宅的增修費用為白銀一萬兩。
張先生言行不一，滿口節儉卻私藏許多珠玉玩好和書畫名跡，還養了許多絕色佳人。這10年來，萬歷本人身為皇帝有時卻沒錢賞賜宮女，以致不得不記錄在冊，等有錢后再兌現，萬歷心中的憤怒無法言表。
張居正的家被查抄，兒子張敬修自縊身亡。抄家前先封門，家里很多人沒來得及出來就被封在里面，竟餓死了10多個。在當時首輔申時行的請求下，萬歷才批準賞賜空宅一所和田地1000畝，贍養張居正80多歲的老母。
張居正這位一代名臣，生前大刀闊斧地改革文官制度，為萬歷朝的穩定和富庶立下了汗馬功勞，也著實得罪了不少人。他怎么也不會想到，自己死后竟是這般境遇。
萬歷有名分的妃嬪一共有18個，而死后有幸入主萬歷定陵的只有兩位，一位是孝端皇后，另一位是母憑子貴、后來遷入這里的孝靖皇后。
孝端皇后王氏未生皇子，卻十分愛護皇長子朱常洛。王氏性情溫和，但不受萬歷喜愛。她不得寵，也不爭寵，居正位中宮長達42年。死后隨葬定陵。
孝靖皇后是后來皇位的繼承者，短命的明光宗朱常洛的母親。她生前也不得皇帝寵愛，被打入幽宮20年，死時37歲。
萬歷生前曾經一次迎娶“九嬪”，還有10個面容姣好的小太監，稱十美，后宮宮女有數千人之多，太監數萬人。但誰也不能否認，這位“濫情”皇帝對皇妃鄭氏的綿綿情意。萬歷皇帝喜歡鄭氏的最重要原因，是性格契合，據宦官們私下談論，皇上和娘娘曾經儷影雙雙，在西內的寺院拜謁神佛，有時還一起作佛前的祈禱。她對萬歷優柔寡斷的性格感到不快，甚至敢于用一種撒嬌譏諷的態度對他說：“陛下，您真是一位老太太！”
冊立愛妃鄭氏之子朱常洵（后封為福王）為太子，是萬歷一直希望的事情，但這件事有點棘手，因為孝靖皇后之子朱常洛才是皇長子，在絕大部分文臣看來，這是以幼凌長，不合于倫常之道。
萬歷只能找出種種借口來拖延。第一個借口是常洛年紀太小，經不起各種典禮的折磨，第二個借口就是立儲大計屬于皇帝職權，不容許任何人加以干擾逼迫，他采取曲線救國的策略，同日冊封3個兒子為王而不冊封太子。臣僚們不接受，他又找出了第三個借口，即皇后年紀尚輕，仍有生育的可能。如果皇后生下兒子，那就是當然的太子而用不著爭議了。萬歷一生有8子10女，立儲的明爭暗斗持續了20年，朱常洛年近20歲才被立為皇太子，孝靖皇后王氏積憂成疾，最后雙目失明，37歲就死了。
萬歷皇帝怠政28年，有所謂的六不做：“不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講”。黃仁宇在其名作《萬歷十五年》中說，其動機是出于一種報復的意念，因為他的文官不容許他廢長立幼。這一愿望不能實現，遂使他心愛的女人鄭貴妃為之郁悒寡歡。鄭貴妃在萬歷死后10年才在冷宮中去世，她被視為妖孽，無資格入葬定陵。
自萬歷十五年（1587年）起，萬歷就不怎么上朝了。史學家認為，深層次的原因應該是躲避朝臣們結黨營私的矛盾，但是萬歷皇帝自己的理由卻是——身體不好。
他一生體弱多病，經常服藥，體格很胖。有說法是他走路時要太監給他抬著肚子緩緩前行。史書記載，他給太后請安，要“膝行前進”。但是皇帝雖然有病，卻也沒有病到完全喪失工作能力的地步，他不見眾臣還有一個原因是——煩。
萬歷十七年（1589年）年底，有位叫雒于仁的七品小官，上了一道《酒色財氣四箴疏》，指責萬歷帝有嗜酒、戀色、貪財、尚氣之失。
萬歷帝愛醉酒，已經不是什么秘密，還曾有案例被記錄下來。在一次夜宴上，他興高采烈地傳旨要兩個宮女歌唱新曲。宮女奏稱不會，皇帝龍顏大怒，截去了這兩名宮女的長發以象征斬首。勸諫的人也被拖出去責打一頓。全部經過如一場鬧劇。萬歷年少輕狂，酒后失態，被母親慈圣皇太后嚴厲批評，甚至被罰長跪。這件事被當朝的官品和后世的學者們抓住不放，成為萬歷荒淫無度的重要佐證。
御史馮從吾在萬歷二十年（1592年）正月奏疏里說，萬歷每晚必喝酒，每喝酒必喝醉，每喝醉必發怒，而且曾有酒后打死人的記錄。有官員上書直言斥責，“帝大怒，欲廷杖之”。不過當時正趕上太后壽辰，這位官員才免遭杖責，后來皇帝還是將他罷官攆出京城。
其實，有些奏章他還是照常批閱。福王朱常洵從洛陽派人到北京皇宮要錢，請賞等，早上來，當晚就批復。萬歷皇帝怠政是有所選擇的。
萬歷雖免去了參加典禮的麻煩，卻在用一些更為無聊的方法消磨時光。每當天氣晴和，他一高興，就和宦官們擲銀為戲。今天我們可以看到萬歷朝的銀錢，十分珍貴，首都博物館館藏僅有4枚。
萬歷并不是一個懶惰的人，他時常精力充沛，卻無處釋放。一些輕巧精美的金制日用品，顯示皇家日常生活的奢華，萬歷皇帝就是躲在一座金子做成的宮殿里，消磨了28年的怠政時光。
