發病的機理，在于正氣與邪氣的相互作用。正氣是決定發病的主導因素，邪氣是發病的重要條件。
（一）正氣不足是疾病發生的內在因素
1.正氣的基本概念
正氣，是一身之氣相對邪氣時的稱謂，是指人體內具有抗病、祛邪、調節、修復等作用的一類細微物質。一身之氣又稱人氣，是構成人體和維持人體生命活動的細微物質，其在體內的運行分布，既有推動和調節人體生長發育和臟腑機能的作用，又有抗邪、驅邪、調節、修復等能力。氣由精化，并與吸入的自然界清氣相融合而成，故正氣的充盛取決于精、血、津液等精華物質的充沛以及呼吸機能的完好；而精血津液的化生和氣體的正常交換，又依賴臟腑生理機能的正常發揮和相互協調以維持新陳代謝的有序進行。各臟腑經絡之氣及營衛之氣，都是一身之氣的分化，也是正氣的分化，而各臟腑經絡之氣和營衛之氣的防御、調節、修復等作用，雖因其構成成分的不同而有所區別，也都是正氣功能的體現。
正氣的概念，源于《內經》。《內經》中多處論及正氣，如《素問·離合真邪論》說：“奪人正氣。”《素問·評熱病論》說：“邪之所湊，其氣必虛。”《素問·刺法論（遺篇）》說：“正氣存內，邪不可干。”但有時以“精氣”代之，如《素問·玉機真藏論》說：“故邪氣勝者，精氣衰也。”有時以真氣代之，如《素問·上古天真論》說：“虛邪賊風，避之有時，恬惔虛無，真氣從之，精神內守，病安從來。”元·李杲又將“谷氣”作為正氣。但真氣、谷氣都只是一身之氣的重要組成部分，以之代正氣，是強調它們在疾病發生發展中的重要作用，也是重視先、后天之本思想的反映。
為了說明正氣對邪氣的防御作用，依據“氣分陰陽”的觀點，正氣可分為陰氣和陽氣兩部分：陰氣有涼潤、寧靜、抑制、沉降等作用，陽氣有溫煦、推動、興奮、升發等功能。陰氣抵抗陽邪（如暑邪、火邪、溫邪等）的侵襲，并能抑制陽邪，阻止陽熱病證的發展和祛除陽邪以使病情向愈；陽氣抵抗陰邪（如寒邪與濕邪等）的入侵，并能制約陰邪，阻止陰寒病證的傳變和祛除陰邪以使之康復。正氣與邪氣的相互作用實際上就是人體的陰氣與陽邪或人體的陽氣與陰邪之間的相互斗爭。
2.正氣的防御作用
正氣具有抗御病邪侵襲，及時驅除病邪而防止發病的作用。正氣的防御作用具體表現在以下幾個方面：
（1）抵御外邪的入侵：邪氣侵入機體，正氣必然會與之抗爭。若正氣強盛，抗邪有力，則病邪難以入侵，故不發病。或雖邪氣已經進入，但正氣盛，能及時抑制或消除邪氣的致病力，亦不發病。
（2）驅邪外出：邪氣侵入后，若正氣強盛，可在抗爭中驅邪外出。或雖發病，但邪氣難以深入，病較輕淺，預后良好。
（3）修復調節能力：對邪氣侵人而導致的機體陰陽失調、臟腑組織損傷、精血津液虧耗及生理機能失常，正氣有自行調節、修復、補充的作用，可使疾病向愈。
（4）維持臟腑經絡功能的協調：正氣分布到臟腑經絡，則為臟腑經絡之氣。臟腑經絡之氣的運行不息，推動和調節各臟腑經絡的機能，使之正常發揮，并推動和調節全身精血津液的代謝及運行輸布，使之暢達而無郁滯，從而防止痰飲、瘀血、結石等病理產物以及內風、內寒、內濕、內燥、內火等內生五“邪”的產生。
3.正氣在發病中的作用
中醫發病學說很重視人體的正氣，認為正氣的強弱對于疾病的發生、發展及其轉歸起著主導作用。正氣是決定發病的關鍵因素。邪氣之所以能夠侵襲人體而致病，必然是因正氣虛弱，故說“邪之所湊，其氣必虛。”正氣在發病中的主導作用主要體現在以下幾個方面：
（1）正虛感邪而發病：正氣不足，抗邪無力，外在邪氣乘虛而入，疾病因之發生。如《靈樞·百病始生》說：“風雨寒熱，不得虛，邪不能獨傷人。卒然逢疾風暴雨而不病者，蓋無虛，故不能獨傷人。此必因虛邪之風，與其身形，兩虛相得，乃客其形。”正氣不足，適應和調節功能低下，也易對外界的情志刺激產生較為強烈的反應而發為情志病。
（2）正虛生“邪”而發病：正氣不足，對臟腑經絡功能活動的推動和調節能力下降，臟腑經絡功能失常，精血津液的代謝運行失常，可產生內風、內寒、內濕、內燥、內火等內生五“邪”而發病，或導致痰飲、瘀血、結石等病理產物的產生而引起新的病變。如《靈樞·口問》說：“故邪之所在，皆為不足。”元·朱震亨《丹溪心法》說：“氣血沖和，百病不生。一有怫郁，諸病生焉。”
（3）正氣的強弱可決定發病的證候性質：邪氣侵人，若正氣充盛，奮起抗邪，邪正相搏劇烈，多表現為實證；若正氣虛衰，不能敵邪，邪氣深入內臟，多發為重證和危證。正氣不足，臟腑功能減退，精血津液代謝輸布失常而發病，多表現為虛證或虛實夾雜證。綜上，說明正氣不足是疾病發生的內在因素，正氣的盛衰決定著發病與不發病以及發病的深淺和病證的性質。
（二）邪氣是發病的重要條件
1.邪氣的基本概念
邪氣，泛指各種致病因素，簡稱為“邪”。包括存在于外界或由人體內產生的種種具有致病作用的因素。如六淫、癘氣、外傷、蟲獸傷、寄生蟲、七情內傷、飲食失宜、痰飲、瘀血、結石等。
邪氣的概念也源于《內經》。《素問·調經論》說：“夫邪之生也，或生于陰，或生于陽。其生于陽者，得之風雨寒暑；其生于陰者，得之飲食居處，陰陽喜怒。”明確指出了邪氣分外感和內傷兩類。《素問·八正神明論》將邪氣分為“虛邪”與“正邪”，《靈樞·刺節真邪》又分稱之為“虛風”和“正風”，指出四時不正之氣（如六淫、癘氣）乘虛侵人，致病較重者，為虛邪或虛風；四時之正氣（六氣）因人體一時之虛而侵人，致病輕淺者，稱為正邪或正風。
2.邪氣的侵害作用
邪氣侵犯人體，則對機體的形質和機能產生損害和障礙。邪氣對機體的損害作用主要體現為：
（1）導致生理機能失常：邪氣侵人發病，可導致機體的陰陽失調，精氣血津液的代謝及功能障礙，以及臟腑經絡的功能失調等，可表現為心肺的呼吸行血功能失調而見心悸、呼吸困難，脾胃的運化功能失常而食少、嘔吐、泄瀉或便秘，腎的主水功能無權而見水腫、尿少，肝的疏泄功能失調而見情志抑郁或亢奮，以及心腦的藏神功能失常而見神志失常等。
（2）造成臟腑組織的形質損害：邪氣作用于人體，可對機體的皮肉筋骨、臟腑器官造成不同程度的損傷，或致精氣血津液等物質的虧耗。
（3）改變體質類型：邪氣侵人，還能改變個體的體質特征，進而影響其對疾病的易罹傾向。如陰邪致病，損傷陽氣，久之可使機體由原型體質轉變為陽虛體質，又易感受陰寒之邪。
3.邪氣在發病中的作用
中醫發病學中，雖強調正氣的強弱在發病中的主導地位，但并不排除邪氣的重要作用。邪氣作為發病的重要因素，與發病關系至為密切，主要體現于：
（1）邪氣是導致發病的原因：疾病是邪氣作用于人體而引起邪正相搏的結果，沒有邪氣的侵襲，機體一般不會發病。
（2）影響發病的性質、類型和特點：不同的邪氣作用于人體，表現出不同的發病特點、證候類型。如六淫邪氣致病，發病急，病程較短，初起多有衛表證候，證屬風、寒、暑、濕、燥、火證。七情內傷，發病多緩慢，病程較長，發病途徑是直接傷內臟，首先作用于心，然后波及相應的臟，使臟腑氣機紊亂、氣血失調產生病變。飲食所傷，常損傷脾胃，或致五臟的功能失調，或致氣血不足，或致食物中毒等。外傷，都是從皮膚侵入，損傷皮膚肌肉、筋骨、臟腑。毒蛇咬傷還可致全身中毒，甚至死亡。
（3）影響病情和病位：邪氣的性質與感邪的輕重，與發病時病情的輕重有關。一般說來，虛邪傷人，病情較重；正邪傷人，病情輕淺。感邪輕者，臨床癥狀表現較輕；感邪重者，癥狀表現也重。受邪表淺者多形成表證；受邪部位深者多形成里證；表里兩部同時受邪，稱為“兩感”，表現出癥狀、傳變、轉歸都較重。邪氣的性質與病位有關。如風邪輕揚，易襲陽位，多在肺衛；濕邪易阻遏氣機，多傷及于脾；癘氣發病急驟，傳變快，病位停留于肌表非常短暫，易傳入于里，損傷人體的重要臟器。
（4）某些情況下在發病中起主導作用：在邪氣的毒力和致病力特別強，而正氣雖盛但也難以抗御的情況下，邪氣對疾病的發生起著決定性的作用。如癘氣、高溫、高壓、電流、槍彈傷、蟲獸傷等，即使正氣強盛，也難免被損傷而產生病變。故歷代醫家都十分強調應避其侵害，如《素問·上古天真論》說：“虛邪賊風，避之有時。”
（三）邪正相搏的勝負，決定發病與不發病
邪正相搏是指正氣與邪氣的交爭。邪正相搏的勝負，不僅關系著疾病的發生，而且也影響著疾病發生的證候特點。
1.決定發病與否
（1）正勝邪卻則不發病：病邪入侵，正氣抗邪，正氣充足，驅邪外出，正勝邪卻，機體不受邪氣的侵害，不出現臨床癥狀和體征，即不發病。
（2）邪勝正負則發病：正虛抗邪無力，邪氣得以入侵或致病邪深入，造成陰陽氣血失調，機能異常，形質損害，出現臨床癥狀和體征，機體便發生了疾病。
2.決定證候類型
發病后，其證候類型、病變性質、病情輕重與正邪都有關。如正盛邪實，多形成實證；正虛邪衰，多形成虛證；正虛邪盛，多形成較為復雜的虛實夾雜證。感受陽邪，易形成實熱證，感受陰邪易形成實寒證或寒濕證。感邪輕或正氣強，病位多表淺，病變多輕；感邪重或正氣弱，病位常較深，病變多重。另外，疾病與病邪所中的部位有關。無論外感之邪，或是內生之邪，有阻于筋骨經脈者，有在臟腑者，病位不同，病證各異。
