1.檢查：血鉀和血鈣正常。
1.1.神經影像學檢查 CT或MRI示小腦萎縮。MRI顯示殼核部位的異常信號在多系統萎縮中具有重要診斷價值。
1.2.正電子發射斷層掃描 研究腦血流量和代謝狀況發現有低代謝狀況。
2.鑒別：
2.1.其他原因所致自主神經功能衰竭 表現為慢性全自主神經功能衰竭的其他疾病有慢性多發性周圍神經病(多種原因所致)、高頸段脊髓病、家族性Riley-Day型自主神經功能障礙及嚴重的破傷風等。
2.2.心源性暈厥 心臟因素所致的心功能失調或心排出量減少所導致的暈厥或體位性低血壓需與本病進行鑒別。
2.3.藥物性體位性低血壓 老年人服用某些藥物易導致體位性低血壓，常用的藥物包括受體阻滯劑、鈣通道阻滯劑和氯丙嗪等。部分患者的體位性低血壓由失水所致。
2.4.帕金森病 鑒別要點為Shy-Drager綜合征的運動障礙往往缺乏靜止性震顫、有小腦受累的表現及對抗帕金森病的癥狀性治療效果不佳等。
