昆曲是傳統戲曲中最古老的劇種之一，但很少有人知道，“昆曲”這個名字是清朝才出現的。這個劇種原來的名字叫“昆山腔”，屬于南戲的范疇之內。如果想要了解昆曲的歷史，那就必須從南戲講起。
南戲出現在北宋年間，大部分學者認為，南戲最早出現在浙江溫州一帶。到了南宋時期，臨安成了都城，南戲分成了兩個流派，分別是“溫州雜劇”和“永嘉雜劇”。這兩種雜劇都是昆山腔的源頭。由于南宋的歷代皇帝沉湎于享樂，某種程度上促進了民間戲曲的發展，出現《琵琶記》等一系列相對成熟的作品。
南宋滅亡后，南戲沒有隨之消亡，反而繼續發展壯大，甚至南戲班子北上元大都進行演出。在這個階段，南戲的主要競爭對手是北方雜劇。兩個劇種最大的區別在于音樂體制。由于南戲來源于民間，沒有像北方雜劇那樣以“正聲雅樂”故步自封，從而使得南戲的生命力極其旺盛。到了元朝末年，南戲引起了文人階層的重視，有一批文人參與到戲曲的創作中來。
當時有個高則誠的文人，他和江蘇昆山的楊維楨合作，結合昆山當地的語音、小調對南戲進行改造，形成了“昆山腔”。他們的創新行為，標志著昆山腔正式形成。高則誠重新修改南戲經典劇目《琵琶記》，使得這出戲成為昆山腔中的代表劇目。據說朱元璋在南京登基的時候，聽過這出《琵琶記》，他稱贊道，“山珍海錯，貴富家不可無。”有了皇帝的褒獎，一時之間昆山腔名揚天下。
到了明代中期，昆山腔已經成為南戲中的四大聲腔之一，其影響力遍布南北。嘉靖年間，有一個叫魏良輔的官員，再次對昆山腔進行了改革。他身邊匯聚了一批懂音樂的人才，從曲式曲調上對昆山腔做了很多調整，讓昆山腔更加貼近文人士大夫階層的審美標準。改革之后的昆山腔聲腔悠遠，繞梁三日。
隨著昆山腔的發展，需要有更多完整的劇目進行演出。有一個梁辰魚的昆山人，創作出《浣紗記》，全部用“新腔”演唱，受到了三教九流的好評。自此之后，越來越多的文人學者參與到劇目的創作中。湯顯祖的“臨川四夢”就是在這一背景下誕生的，其中的《還魂記》更是成為久演不衰的經典劇目。為了貼合故事情節，《還魂記》后來被改名為《牡丹亭》。
明末清初的時候，昆山腔已經成為最大的劇種，再也沒有人把它當成南戲中的分支流派。有些文人為了說明昆山腔的來歷，將其稱為“南曲”，并且有了南曲天下第一的說法。清代乾隆年間，昆山腔正式改名為昆曲，這一名稱一直沿用到現代。
