1941年6月22日，在得知德國入侵的消息后，博物館工作人員用創紀錄的10天時間打包并運走了最貴重的文物。
亞歷山大·伊萬諾夫的巨幅油畫《基督現身人間》由于尺寸過大（5.5*7.5m），無法收納到封閉的火車車廂中，館長亞歷山大·扎莫什金親自測量了車廂體積，與鐵道工人商議后決定將油畫卷起，用防水油布包裹后放在打通的兩個車廂中。畫廊的工作人員索菲亞回憶說，紅軍士兵和年輕學生們都來幫忙把一箱箱珍品從畫廊搬到火車站。
7月中旬的一個夜晚，一列17節車廂的火車秘密將莫斯科各大博物館的藝術珍品運送到新西伯利亞，安置在未完工的歌劇院中保存，普希金造型藝術博物館的部分藏品則送往了彼爾姆。
一年時間內，大量文物陸續撤離首都。1942年，特列季亞科夫畫廊的主樓遭遇空襲，風雪飄進空蕩蕩的展廳和走廊。博物館的工作人員大多都被撤離或前往了前線，但還有人在看管著畫框，等待著文物的安然歸來。
普希金造型藝術博物館也未能幸免于難，1941年10月，炸彈摧毀了巨大的玻璃屋頂，數個展廳和部分未能撤出的雕塑品均遭到了破壞。
直到德軍投降，特列季亞科夫畫廊和普希金造型藝術博物館才再次對游客開放。
克里姆林宮博物館 歷史博物館
由于臨近首都中心的克里姆林宮，紅場上的歷史博物館也成為了轟炸對象。大量的珍品，從伊凡·蘇沃洛夫的劍到詩人亞歷山大·普希金的金色書寫工具，從伊凡雷帝的長袍到葉卡婕琳娜二世的禮服，所有的珍品都需要迅速撤離。
轉運工作由考古學家亞歷山大·布呂索夫負責。1941年7月底，900多個箱子被裝載在一艘艘敞開的駁船上，沿伏爾加河送往了赫瓦倫斯克小鎮（薩拉托夫州）。然而，戰火迅速蔓延到斯大林格勒，箱子被迫立即撤離，用火車送往了庫斯塔奈（哈薩克斯坦城市）。
有趣的是，二戰期間的歷史博物館依舊對外開放。工作人員們機靈地仿造了一些文物供來者參觀，同時也避免了暴露文物的行蹤。
1944年，幾經周折后，歷史博物館的珍品終于物歸原位。從保留下來的照片可見，這批逃過劫難的珍品讓工作人員們都倍感欣慰。
而克里姆林宮博物館的文物原本是計劃藏在大教堂塔樓和地下室，但由于德軍迅速接近，司令尼古拉·斯皮里多諾夫決定立即撤走。75%軍械庫的展品被運送到了斯維爾德洛夫斯克，只留下了大型的皇家馬車，各大教堂也留下了大部分的圣像畫。為了躲避德軍的空襲，克宮披上了一層隱蔽色 – 教堂金頂涂成了深色，塔樓頂部的紅星被包裹起來，鐘王和炮王則用木板蓋住。
還沒等到戰爭結束，克宮博物館就重新開放了，迎來的第一批參觀者是駐守在克宮的士兵 – 他們撤離了文物，也迎來了它們的回歸
