高血壓、高血脂、糖尿病及心臟病等是目前已知腦血栓的危險因素，同時也是復發性腦血栓的危險因素。而且后者存在這些危險因素的程度更嚴重。因此，針對這些危險因素除了進行非藥物性調整外，需積極針對危險因素進行防治性藥物治療。
匯總資料分析結果顯示，合理調控血壓治療可使腦血栓復發的風險降低29％。理想血壓應在120/80mmHg以下。當血壓波動在120～139/80～89mmHg時，屬于正常高值。當血壓3天之內重復測量三次≧140/90mmHg時，高血壓病有可能確診了。由于近70％的腦血栓為高血壓所致，所以高血壓被認為是腦血栓最危險因素之一。從新近一期《美國醫學雜志》資料獲悉，對于高血壓和心血管疾病高危患者，收縮壓每降低1～3mmHg，腦血栓的相對危險性即可下降20～30％，從這個數據就可以看出治療高血壓的重要性。因為動脈血壓的增高，實際上是形成對血管壁的損傷性擠壓，日久必導致血管內皮損傷，隨之血管內壁變成凹凸不平，使血管腔變窄，對血栓再次形成提供方便。同時被過高血壓長期擠壓的血管日久即會產生硬化，硬化了的血管顯然也是導致血栓形成的一個條件。首發腦血栓后血壓水平高于160／100mmHg，可加快加重動脈硬化發展的速度和程度，血壓越高發生腦血栓或復發腦血栓的機會越大。
對于綜合性防治高血壓專家建議：改變生活方式，限鹽/低脂飲食，多吃新鮮蔬菜水果，控制體重，增加活動，戒煙限酒等；在腦血栓恢復期有高血壓病而未有效控制者，必須在醫生指導下堅持合理有效地服用降壓藥物。同時應注意：腦血栓后過高的血壓宜逐漸平緩降壓，過低過快降壓會導致腦血流低灌注，勢必會促使血管內血流停滯不前而形成血栓，這也是腦血栓后癡呆的發生基礎。而且要堅持定期測量血壓，調節用藥劑量，切不可自己隨便加大劑量。
高血壓治療目標：應降至140/90mmHg；老年人收縮壓降至150mmHg以下；糖尿病、腎臟病患者宜130/80mmHg以下。目前還不能確定急性腦血栓發生后開始降壓治療的最佳時間，但至少在1-3周再開始降壓治療可能比較合適。這為評估大的腦動脈的狀態留出了充分的時間，因為降低動脈高度狹窄的病人的血壓可能對病人不利。
有效降壓的藥物：復方降壓片：一次1-2片，一日2次；珍菊降壓片：一次2片，一日3次；
有效防治腦血栓的中西藥合理并用：抗血小板聚集-拜阿司匹林：每晚75毫克；活血化瘀，芳香開竅降脂抗凝中藥-天欣泰血栓心脈寧片：一次2片，一日3次。
營養，保護腦細胞：復方腦蛋白水解物片：一次4片，一日3次（癲癇患者禁用）。
