魏伯陽、葛洪等人從事的煉丹活動，雖然其主要目的是為了煉制長生不老藥，但卻從客觀上促成了制藥化學的開端。他們在無數試驗中，得到了一些新的發現，也擴大了化學藥物的應用范圍。在魏晉南北朝時期，隨著煉丹術的日益盛行，各種汞制劑得到了廣泛應用。葛洪在《肘后備急方》中就記載了以豬油為潤滑劑的水銀軟膏。而《肘后備急方》記載的“胡恰水銀萬丸”，則是一種作為利尿藥的汞制劑。而且當時對于汞的毒性也有了相當的認識，采用逐漸增量的循環進藥方式，以預防汞毒蓄積，“服如大豆丸，日三服，日增一丸，至十丸，更從一起?！敝饕醒趸募t升丹與主要含有氯化汞的白降丹，則是中醫有名的外用藥，可以消腫潰膿、祛腐拔毒、生肌長肉，有著良好的療效。
此外，后世醫家也曾從煉丹術中得到了啟發，如出自《道藏》的中藥名方“紫雪丹”，其配方中有火硝、玄明粉、朱砂、生磁石、生石膏、滑石等多種礦物藥，此與《抱樸子·內篇·金丹》所載“金液方”頗為相似。因而，很多研究者認為，“金液方”很可能就是“紫雪丹”的歷史根源。
古代煉丹家所煉制的丹藥，其主要成分是有毒的汞、鉛、砷、硫的化合物，因此，歷代因服食丹藥而中毒的事故屢有發生，隋唐以后，人們逐漸喪失了對煉丹術的信仰，至宋代，以氣功導引為基礎的“內丹”學說開始盛行，而被稱為“外丹”的煉丹術則逐步走向衰落。然而，煉丹家們取得的化學成就，卻作為中國科技史上輝煌的一頁而永載史冊。而煉丹術在醫學上的貢獻同樣是巨大的，尤其是以外用丹藥治療外科疾患，其療效與安全性都得到了越來越充分的肯定。后世一些外科著作中，大量記載有丹藥的制備方法與臨床運用。從而古代盛極一時的煉丹術，在內服丹藥沒落之后，其外用丹藥的支流作為中醫外科的一個重要組成部分一直流傳至今。
