東晉末年，北府武將劉裕，迫使司馬皇族禪讓，建立劉宋，將司馬懿后代滅族，原因有三：
其一，中古時代首次弒君奪權，劉裕上位依靠武將屠夫手段，接連殺了楚國桓玄、南燕慕容超、蜀國譙縱、后秦姚泓、東晉司馬德宗、司馬德文6位皇帝，是明目張膽的弒君奪權，沒有任何掩飾，也不需要掩飾，劉裕對司馬宗室的誅戮，是其弒君奪權的延續；
其二，門閥豪族與寒門將士的殊死搏斗，劉裕將司馬懿后代趕盡殺絕，是門閥豪族與寒門底層斗爭白熱化，雙方都欲置對方于死地，劉裕想在輕視戲弄中爭回一口氣。
其三：劉裕滅族司馬懿后代，不是單純的王朝更替，意味著門閥豪族輪替統治時代的結束，劉裕要對司馬懿后代這些門閥豪族嚴加誅戮和壓制才能保全自己。
1.劉裕滅族司馬懿后代是弒君奪權的延續
司馬懿的后代以晉代魏，取代的是曹操的后人，天道有輪回，到了東晉末年，皇室司馬家族的統治也遭受了門閥豪族的把持，如謝家、王家和桓家。但這些門閥豪族和皇族之間你死我活的爭斗并沒有把國家利益放在首位，而是家族利益，因此底層民眾就處于水深火熱之中。
劉裕出身寒門，為北府軍底層武將，如果這些豪族相安無事，劉裕永遠沒有出頭之日。但幾大世家驕奢淫逸，逐漸沉淪，已經沒有了像司馬懿、謝安、王導這樣的優秀人物，所以一旦兵戈相向就給了劉裕這樣底層寒門的機會。劉裕在斗爭中逐漸嶄露頭角，即便有如此戰功，卻經常受到門閥豪族的戲弄和歧視，這便給了他取而代之的動力。
于是，劉裕先解決以桓溫為代表的門閥豪族，然后對門閥世家極力打壓，又接連殺了司馬宗、司馬德文2皇帝，算是弒君奪權，威懾了門閥豪族中心懷異心者。但當過皇帝的家族就是不一樣，如同《天龍八部》里天天嚷著復國的慕容復，司馬懿的后代也是這樣，眼看大廈將傾，就投奔后秦，依靠北魏，結果惹惱了劉裕，滅了后秦，攻打北魏，在剿滅司馬皇室宗族過程中，劉裕連殺6個皇帝，比秦始皇還手段毒辣，力圖要將司馬懿后代滅族。
2.門閥豪族和寒門將士的殊死搏斗，雙方必將你死我活
無論是春秋戰國，還是兩漢魏晉，除了中間有一段是劉邦從底層打拼到皇帝，其他的大部分時間，國政朝政其實都壟斷在門閥氏族手中，底層人沒有任何上升機會。即便是漢高祖劉邦，帶領一幫寒門打拼成貴族，幾代后竟也發展成豪門。到了東漢，可以說比春秋戰國更嚴重，十分重視門第觀念，形成了極端自負又封閉的門閥貴族。
堡壘的攻破都是從內部開始，門閥貴族斗起來，便給了寒門將士機會，以劉裕為代表的北府軍，壓抑了幾個世紀的憋屈，一股腦傾瀉出來，打豪門貴族公子哥如摧古拉朽，很快就站穩了腳跟。
但劉裕上位后，即便當了皇帝，也有不少門閥貴族瞧不起他，利用各種機會戲弄或者暗諷，這勾起了劉裕的殺心，所以對待門閥毫不手軟，接連滅了恒溫家族，太原王氏家族、陳郡殷氏家族、京口刁氏家族，謝家想另辟蹊徑投靠劉裕的軍中對手，也被捎帶滅族，幾個豪族都滅族了，劉裕對司馬懿的后代，東晉的宗室皇族更不會放過，所以在這場門閥豪族和寒門將士的殊死搏斗中，都是你死我活的戰斗，劉裕得到機會便要滅族司馬氏。
3.劉裕滅族司馬氏，標志一個時代的結束
曹魏讓劉漢禪讓，司馬晉讓曹魏禪讓，表面功夫都做得很好，沒落皇族表示自己無德，效仿堯舜禪讓，在這種情況下當政者就不會對其趕盡殺絕，反而將其皇帝的封號降為諸侯，以示恩寵。但劉宋讓司馬晉禪讓就沒有那么多花招，就是直接下狠手，先剪滅東晉立國的國家柱石，比如王家、謝家、桓家、刁家、殷家，一口氣全部打亂，沒有給司馬懿后代翻身的機會。
接著又殺了司馬宗、司馬德文兩個皇帝，搞得司馬后人都不敢再待皇位上。所以，劉裕對司馬懿后代滅族，是打爛一個舊時代，迎來一個新時代，幾大豪門均不敢以豪門自居，真正實現了“舊時王謝堂前燕，飛入尋常百姓家”。
概而言之，劉裕對司馬皇室的趕盡殺絕，是基于階級對抗、武將治國、王朝輪替、豪門沒落的多重原因。劉裕在崛起過程中受到門閥豪族的戲弄和輕視，綜合以上，劉裕就在豪族林立的東晉末年以宋代晉，神擋殺神，佛擋殺佛，區區司馬懿的后代，落地鳳凰不如雞，劉裕當然要殺之而后快。
