最初，成吉思汗的幾個大兒子們，各自領有土地，稱為四大汗國。中國部分，和蒙古草原東半邊的老基地，所謂“腹里”，按照蒙古習慣，則由看家的小兒子拖雷管理。除了五個領地外，還有一些分封的小汗國，而且原來的四大汗國，經過兩、三代，分分合合，也有許多變化。蒙古大汗國的各個部分，都逐漸和分封地的原有居民逐漸融合，接受了他們的文化，也容納了地方的精英。在這一個多元、共存大集團中，中國雖然已經全部被蒙古征服，然而，只不過是蒙古大汗國中的五分之一，甚至只是較小的部分。
在拖雷系統里有中國和“腹里”，其實并沒有獲得當家家長的地位。屢次選舉大汗，常常是其他系統的汗，得到大汗的地位。忽必烈曾經和西方諸汗國爭奪汗位，他并沒有經過合法的推舉，就自稱為大汗;因此，西方諸汗國，共同抵制忽必烈，忽必烈的號令，不能行于自己領土之外。他與西部海都大王之間的爭執，十分激烈;海都據有今日新疆一帶的領土，恰好擋住了蒙古大帝國東方領土與西方領土的交通。
元代統治中國，有相當部分，承襲了遼、金統治北方的方式。雖然，最初他們曾經打算將整個中國轉變為廣大的牧地;后來知道，中國的大部分地區的自然環境，并不適于放牧，他們才擱下這個政策。元代的政府，終于逐漸傾向于兩元的統治，一方面有不同來源的“簽軍(探馬策軍)”駐防在中國，以維持征服者的控制;另一方面，延續中國人傳統的州縣體制，相當程度地接受漢法，統治中國。這種二元制度，在遼、金也都執行過，只是元代中國，在南宋滅亡后，整個的中國疆域，都處于這一“二元”體制之下。
族群同化，也是改變人口結構的情況之一。遼、金時代，就有許多漢人的地方武力，不屬于中國管轄，自成勢力;遼、金收編這些武裝力量，給予“公”“元帥”等封號。元代承繼這一傳統，單單以河北、山東，真定至東平之間，就有十余家漢軍“元帥”，他們長期與征服者合作;只要征服者不進入他們的地區，他們也愿意跟隨征服者參加南征的任務。這些胡化的漢人，處于胡、漢之間，乃是人口中歸屬模糊的另一類。
除了因為政治因素移動的人口，還有蒙古與中亞、中東之間，因為貿易，波斯人、阿拉伯人、猶太人，(中國通稱為“胡商”)大量地移入中國。許多漢人也因為貿易，進入東南亞，甚至于越過馬六甲，進入印度洋。明初鄭和下西洋，所經各地，幾乎都有中國人小區;他們不是在明代才開始遷移;那些早期的移民，可能是在元代就紛紛移入廣大的海洋地區。
經過遼、金、元三個時代，至少有三次，中國北方不斷的戰亂，逼迫許多中原和北方的人口，逐步移向南方。以變化最激烈的靖康年代，以及后來的南宋，一百多年來，南方人口增加數字，不只二三倍;淮河以北的人口，即使加上征服者遷移進來的族群，總人口和南方相比，大概只有南方的三分之一左右。
人口中心的轉移，在遼、金、元時代，造成了南方一面倒的情勢，南方人口密度遠高于北方。這些內部遷移的漢人，也使人口結構，呈現完全不同的形態。如前所述，北宋極盛時，人口大概已經超過一億，在忽必烈征服南宋時，南宋人口可能只有七八千萬，北方則不過二三千萬而已，南北比差，從此不再逆轉。中國南北人口成分經過這一次混合，再加上新人口的進入，造成了與過去完全不一樣的人口結構。
如果調查人類基因，重建中國人口南北差別，必須理解，凡此差異，乃是這次人口大規模移徙的基礎上，造成基因分布狀況的劇烈變化。
