中藥專家鄭虎占教授認為，防己有兩個常用品種，一種為防己科的粉防己，又稱漢防己；一種為馬兜鈴科的廣防己，又稱木防己。廣防己易致腎毒性，粉防己則相對安全。因此，臨床上應盡量使用粉防己，避免使用廣防己。現今《中國藥典》已經將“廣防己”單列一藥，不與防己混論。《中國藥典》所言防己，特指粉防己，所以臨床處方只寫“防己”者，藥房當配給粉防己。
吳儀洛的《本草從新》，是清代流傳較廣的臨床實用本草，其中記載防己為“太陽經藥，能行十二經。”李時珍的《本草綱目·第十八卷》指出防己：“十二經有濕熱壅塞不通，及下注腳氣，除膀胱積熱而庇其基本，非此藥不可，真行經之仙藥，無可代之者。”陳修園的《金匱方歌括》認為：“用防己之走而不守者，領諸藥環轉于周身，使上行下出，外通內達，迅掃而無余矣”。由此可見，防己善于通經走竄，主入足太陽膀胱經，同時也能宣通十二經絡，有除濕清熱，通徹上下之功。張仲景是使用防已的高手，善用防已以治頑疾，主要表現在如下幾方面：
1、宣散胸膈水飲
水飲結聚胸膈，見病“面色黧黑，其人喘滿，心下痞堅，脈沉緊”等，用防己辛入胸膈，暢利氣機，利水散飲，可配伍生石膏、人參、桂枝、甘草等，如《金匱要略》木防己湯。木防己湯由防已、石膏、人參、桂枝、甘草五味藥組成，功能行水散飲，補虛清熱。清·傷寒名家尤在涇在《金匱要略心典》中指出：“木防己、桂枝，一苦一辛，并能行水氣而散結氣，而痞堅之處，必有伏陽，吐下之余，定無完氣，書不盡言，而意可會也。故又以石膏治熱，人參益虛，于法可謂密矣。其虛者外雖痞堅而中無結聚，即水去氣行而愈；其實者中實有物，氣暫行而復聚，故三日復發也。”
2、清宣心經濕熱
邪熱擾心，心神不安，見病“如狂狀，妄行，獨語不休，無寒熱，脈浮”等，用防己清透心經郁熱，配伍地黃、桂枝、防風、甘草等，如《金匱要略》防己地黃湯。方中重用生地滋養陰血，清熱涼血為君；防己善搜經絡風濕，兼可清熱為臣；防風、桂枝調和營衛，解肌疏風為佐；甘草調補脾胃，和協諸藥為使。全方共奏滋陰涼血，祛風通絡之功。防己地黃湯中用防已專入心經清熱祛濕，正如《本草從新·卷五》所言，防己“大辛苦寒……瀉血中濕熱……”。
3、宣泄腸間水飲
水聚腹中，氣機不利，二便不暢，用防己辛以行之，苦以降之，通利二便，導腹中水飲由二便排出，治療痰飲水濕留聚腹中的腹滿而口舌干燥等癥，配伍葶藶子、大黃、椒目等，如《金匱要略》己椒藶黃丸。《金匱要略·痰飲咳嗽病脈證并治第十二》：“腹滿，口舌干燥，此腸間有水氣，己椒藶黃丸主之。”己椒藶黃丸由防已、椒目、葶藶子和大黃四味藥組成，主治腸間水氣。水停腹中，壅滯氣機，故而腹脹滿；水飲在中，津不上承，而見口渴。治以己椒藶黃丸分消水飲，引水下行。方中防己導水于前，大黃排水于后，共成前后分消之劑。其證雖亦可見四肢浮腫，但以腹水脹滿為主。
4、宣利四肢濕氣
防己味辛橫行，大苦下泄，宣行四肢氣機，逐四肢水氣由小便排出體外，治療水停四肢的浮腫證，配伍黃芪、茯苓、桂枝等，如《金匱要略》防己茯苓湯。本方是治療脾虛所致皮水證的常用方，主要以四肢浮腫、手足不溫、困倦乏力、舌淡苔白、脈沉為辨證要點。在防己茯苓湯中，作為君藥的茯苓利水健脾，寧心安神，防己利水消腫，祛風止痛；黃芪益氣固表，利水退腫；桂枝發汗解肌，溫經通脈，助陽化氣。全方共奏益氣健脾、溫陽利水之功。
5、宣利關節濕邪
防己開通腠理，祛風除濕，性寒清熱，能入關節，清利關節濕熱邪氣，治療暑濕痹證，以清熱利濕，宣通經絡為主要治法，配伍通草、薏苡仁、桂枝、杏仁、生石膏、滑石等，如加減木防己湯。吳鞠通《溫病條辨》云“暑濕痹者，加減木防己湯主之”，加減木防己湯是由《金匱要略》的木防己湯去人參加通草、杏仁、滑石、薏苡仁而組成。本方的組方特點是重用石膏，以清熱為主，配以滑石、杏仁、薏苡仁清利三焦之濕熱；用防己、桂枝宣通經脈之氣；通草能通利關節之氣血。全方共奏清熱利濕，宣氣通絡之功，吳鞠通稱加減木防己湯為“治痹之祖方”。現今臨床多用其治療濕熱痹證，見肌肉關節熱痛、身困沉重、小便不利、舌苔黃厚膩、脈沉數等。
防己與獨活、木瓜均擅治下肢痹痛，但防己性寒，下肢痹痛偏熱者適宜；獨活性溫，下肢痹痛偏寒者適合；木瓜兼補益，下肢痹痛兼虛者合拍。
防己與防風均可治風濕痹痛，但防風辛甘溫，性升浮，擅治上肢痹痛寒濕偏重者；防己辛苦寒，性下泄，擅治下肢痹痛濕熱偏重者。兩藥也可相配，一溫一寒，一升一降，有祛風除濕、宣絡通痹的作用，如防已地黃湯。
