鴉片戰爭之后，英法等西方強國從東南沿海上侵略中國沿海城市，而當時來自北方的俄國從陸地上鯨吞侵占中國西北土地。當時的清政府，在陸地上和海上同時面臨西方列強的侵略，這是中國歷史上最危險的時期之一。在列強環伺的險惡環境下，然而禍不單行，滿清時期又爆發了太平天國運動、捻軍起義、西北回亂、西南苗亂、阿古柏入侵新疆等事件，當時真可謂“內憂外患”。
直到上世紀70年代初，這些內亂基本被平定了，然而邊疆危機卻變得更加嚴重。當時，沙皇俄國利用西北回亂之機割占了西北44萬平方公里的土地，并強占了新疆伊犁等地，并對我國蒙古等地虎視眈眈。在西藏方面，英國不斷在此滲透，甚至挑起戰爭。在西南方面，英法從中南半島向西南腹地滲透，逼迫清朝給予開放更多特權。在東海方面，日本逐漸崛起，正式吞并了清延的附屬琉球國，并開始武力侵略我們的寶島臺灣。可以說，當時的清朝真的是“四面楚歌”，中國仿佛就成了列強碗中的一塊肥肉任人宰割。
鴉片戰爭后主權和領土的喪失與邊邊疆危機
1864年，清政府終于將太平天國運動撲滅，但這場持續13年之久的農民戰爭占據了半個中國，熊熊大火燃燒了晚清政權太多精力。就在同年，新疆多個地方發生動蕩，先后出現了5個封建割據政權，他們不但自立為王，而且相互攻伐，新疆各族人民生活在水深火熱之中。
阿古柏
1865年，一個占據了南疆喀什噶爾（今喀什）的割據政權，向新疆以西的浩罕汗國（今烏茲別克斯坦境內）求援。浩罕汗國大喜過望，立即派來軍事首領阿古柏帶兵入侵我國新疆。阿古柏先后攻下天山以南的喀什噶爾、葉爾羌（今莎車縣）、和闐（今和田縣）等地。不久，阿古柏在喀什噶爾建立了所謂的“哲德沙爾汗國”，自立為汗，占據了南疆。1870年，阿古柏又向天山以北擴張，在北疆擊敗了另一個割據政權，占領了烏魯木齊等地。至此，阿古柏染指天山南北，新疆幾乎淪為異域。
眼看阿古柏在新疆占地為王，沙俄捶胸頓足，后悔來遲一步。此前，俄國就利用第二次鴉片戰爭的機會，趁火打劫，侵吞了中國100多萬平方公里的領土，其中包括中國西北巴爾喀什湖以東以南44萬平方公里的領土。俄國的野心不止于此，在吞并了中亞地區的三個汗國之后，沙俄急不可待地想一口氣吞下伊犁和烏魯木齊，占領整個新疆。于是，1871年，俄國出兵侵占伊犁。第二年，俄國派使團到喀什噶爾，和阿古柏簽訂條約，承認阿古柏政權，換取了在南疆通商的權益。
而英國統治印度后，也對我國新疆也早就垂涎三尺，不斷的指派人員進入新疆。阿古柏入侵南疆后不久，英國使節就面見阿古柏。為了獲得英國的庇護，阿古柏曾經表示：“（英國）女王就像太陽……從倫敦到這里，任何人都可以自由往來。”隨后，阿古柏也同英國簽訂條約，從英國人手中得到了武器支援。英國則承認了“哲德沙爾汗國”，取得了在新疆的各種特權。
新疆被肢解的危機到了千鈞一發的邊緣，面對列強的覬覦和入侵，而清政府內部卻發生了分裂，以李鴻章為首的海防派和左宗棠為首的塞防派爭執不休。
左宗棠
滿族作為一個馬背上的民族，在入關統一中原建立清朝政權后，他們的海防思想和意識顯得更加淡漠，甚至退縮到了閉關鎖國的落后程度。隨著1840年鴉片戰爭的爆發，西方列強利用堅船利炮從海上攻破了中國的國門，使得海防的重要性也與日俱增。受此影響，滿清統治者不得不開始正視海防，關注海防對于國家安全的重要作用。
1874年，日本為了吞并清朝的海外屬國琉球而悍然出兵臺灣島，發動了自明治維新以來的第一次海外侵略戰爭，史稱“牡丹社事件”，此役造成了滿清帝國東南沿海的防務危機。由于自身的海防力量空虛和海防體系薄弱，清政府只得被迫妥協，接受了日本的欺凌，以進行賠款的方式而無奈收場。遭受西方列強的欺壓也就罷了，如今就連身邊的“倭國”都敢來耀武揚威，使得滿清政府備受屈辱。受此直接刺激，清廷內部爆發了一場關于海防和陸防（塞防）的大討論，也稱“海防塞防之爭”。
北洋海軍
當時，滿清正處于洋務運動時期，恭親王奕訢在朝中的影響力甚大，他大力主導大幅提升海防在國家的戰略地位。恭親王和慈禧太后為了限制恭親王的專權，慈禧太后聯同慈安太后，下旨擴大了這次討論的參與規模，不僅限于軍機大臣和朝中重臣，還要求各地的督撫都上疏表態，參與這次事關國家命運的海防和陸防大討論。直隸總督李鴻章、陜甘總督左宗棠、兩廣總督英翰、湖廣總督李瀚章、兩江總督李宗羲、閩浙總督李鶴年、湖南巡撫王文韶、浙江巡撫楊昌濬、安徽巡撫裕祿、福建巡撫王凱泰、山東巡撫丁寶楨、江西巡撫劉坤一等地方大員都紛紛上疏，發表自己對于海防和陸防的看法。
會議討論的結果是顯而易見的，所有人都認識到了海防對于國家安全的重要性，都希望政府能夠增加海防的投入，順應“師夷長技以制夷”的潮流。不過，在提升海防力量的同時，必然會降低塞防的投入和規模。
說直白點，大清朝早已不再是往昔地“天朝上國”，國庫就這么點錢，海防花費大了，塞防必然就得縮減。那么，海防和塞防，兩者之間孰重孰輕，各自的比例應占多少，卻并沒有形成統一的意見。以李鴻章為首的海防派和以左宗棠、王文韶為首的塞防派，都覺得自己非常有理，誰也沒有真正說服誰。就在雙方激烈爭辯之時，沙俄一步步趁機侵占了伊犁地區；而英國為了防止沙俄獨霸新疆，暗中支持阿古柏發動叛亂，希望脫離清朝的統轄；同時，奧斯曼帝國也在蠢蠢欲動，陰謀插手新疆事務。于是，滿清的西北地區很快就陰云密布，危機重重。
李鴻章
作為海防派的代表人物，李鴻章曾任兩江總督多年，對東南沿海之防御，不僅負有責任，而且深有感觸。如果海疆不防，外敵可以隨時侵擾東南的稅賦重地，也可以自天津登陸直插京師，是大清的心腹之患。他認為新疆處于邊荒地帶，可有可無，如果新疆不收復的話，只是損害了肢體，不會損傷元氣。他在《籌議海防折》中提到:蓋京畿為天下根本，長江為財賦奧區，但能守此最要次要地方，其余各省海口邊境略為布置，即有挫失，于大局尚無甚礙。所以，李鴻章力主海防，重金打造北洋艦隊就是他“海防思想”的表現。李鴻章認為，新疆本乃化外之地，茫茫沙漠，千里瘠薄，荒無人煙。現今國家海防和塞防兩難兼顧，不如暫罷西征之議，放棄新疆后“停撤之餉，即勻作海防之餉”。
雖然其本意絕非為了賣國求榮，也是在國力貧弱之下的無奈之舉，但顯得太過于大膽。輕易就敢舍棄上百萬平方公里的領土，無論是慈禧太后，還是恭親王奕訢，誰都不敢冒天下之大不韙，成為中國歷史的罪人。于是，對此奏折遲遲未見表態，清延顯得左右為難，十分遲疑，不敢決斷。
作為塞防派的代表人物，左宗棠立場鮮明堅決的反對。他認為新疆雖然暫時尚未完全開發，但是卻極具潛力，未來必能成為一片富饒之地。現在，域內就棉糧產量巨大，瓜果特產眾多，牛羊馬匹成群，礦產資源豐富，絕非是李鴻章口中的“千里瘠薄”。西域歷來就是中國的領土，長期分裂了一千多年后，歷經康熙、雍正、乾隆三代帝王的不斷派兵征伐，在花費了無數的精力、財力和人力后，才終于收回到大清的版圖之內，再次成為了中國的領土。乾隆帝認為西域地區屬于是“故土新歸”，欣喜萬分，還特意親自賜名為“新疆”。這片由祖宗歷經萬難才取回的領土，怎可輕易棄之于人。
左宗棠指出，西北“自撤藩籬，則我退寸而寇進尺”。英國、沙俄和奧斯曼等國都貪得無厭，尤其是沙俄，更是對我國的領土索取無度。一旦新疆丟失，那么屆時陜甘一帶就將成為邊陲之地，四川、山西乃至整個滿清腹地都將受到波及。而且，隨著西段邊境的擴張，沙俄必將從中段邊境和東段邊境對我國持續施壓，整個滿清帝國都將岌岌可危。左宗棠在強調海防重要的同時，認為我國陸地廣闊，接壤國家甚多，兩防不能出現明顯的偏頗，應該并舉并重。現今新疆已經丟失，而且國家目前處于“同治中興”期間，海上暫時沒有巨大的隱患。本著“兩害相權取其輕，兩利相權取其重”的原則，此時必須優先解決新疆的危機。
清廷本著“東側海防和西側塞防”的原則，一面命左宗棠擔任欽差大臣，具體督辦新疆軍務，負責收復失地；一面又命李鴻章和沈葆楨分別督辦北洋事務和南洋事務，發展自己的海軍。至此，海防和塞防之爭才逐漸消停，各方暫時告一段落。
實際上，關于兩派的爭執看似是國防政策的爭執，實際上是當時國防資源的爭奪。因為清政府內憂外患，國力和財力有限，海防和塞防牽扯到國家資源的分配。誰能在角逐中獲勝，誰就能掌握更多的國家資源。最終，難得明白一次的慈禧太后最后一錘定音，最終站在了塞防派的一邊，支持左宗棠收復了新疆，使得清王朝保住了一百多萬平方公里的土地。
左宗棠
左宗棠，1812年出生在湖南省湘陰縣一個貧寒家庭。父親是個默默無聞的秀才，以教書為生，左宗棠是他最小的兒子。幼時的左宗棠身體孱弱，在兩三歲時險些夭折。成年后，他的仕途也很不順利，在中了湖南省的舉人之后，他三次赴京會試，均未考中。心高氣傲的左宗棠打算再不踏進官場，終生做個農夫。但不知為何，左宗棠的祖父總是堅信，“此子異日必能昌大吾門”。后來，左宗棠的才華引起了一些大人物的注意，著名學者賀長齡、兩江總督陶澍及其女婿胡林翼都與左宗棠交情很深。
1849年，林則徐途經長沙，指名要見在家耕讀的年輕舉人左宗棠。那時左宗棠已經不打算考科舉了，正在研究邊疆地理。有人說他不務正業，他卻不為所動，認為成大事的人不僅要讀經典，更要有真本事。知道這個情況后，林則徐把自己擔任陜甘總督時在新疆整理的資料和地圖全送給了左宗棠，并說：“將來東南洋夷，能御之者或有人；西定新疆，舍君莫屬。”一年后，林則徐病重時，他讓兒子代寫遺書，向咸豐皇帝推薦“絕世奇才”左宗棠。左宗棠就此進入皇帝的視線。
太平天國運動
1852年，太平軍攻入湖南，長沙告急。左宗棠在朋友的勸勉下，進入湖南巡撫衙門，擔任軍事幕僚。根據左宗棠提出的各種建議，長沙在太平軍的包圍下，足足撐了3個月，最后太平軍無奈撤圍而去。左宗棠的將才令人刮目相看。奉命剿滅太平軍、正在家鄉組建湘軍的曾國藩，請他參與督辦軍務。但是左宗棠孤傲的性格在官場上很容易得罪人。有一次彈劾他的奏折送到了咸豐皇帝那兒，幸好給皇帝當教讀的潘祖蔭說了一句話，“天下不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠”，把他保了下來。可以說，左宗棠是在剿滅太平天國運動中成長起來的一名高級將領。
1860年，左宗棠在曾國藩的支持下，拉起一支軍隊，自稱“楚軍”，在江西、安徽與太平軍交戰。隨著對太平軍的節節勝利，昔日的書生變成了聲震朝野的名將，1861年他出任浙江巡撫，第二年已經升任閩浙總督，在剿滅太平天國后又率軍北上陜甘，與活躍在北方的農民起義軍捻軍作戰。1871年，左宗棠進駐甘肅，從而開始經營大西北。至此，阿古柏已入侵新疆達6年之久，左宗棠成了離侵略者最近的一名清軍將領。
駐扎在肅州（今酒泉）的兵站
既然有左宗棠在甘肅坐鎮，清廷高層就覺得，可以商議討伐阿古柏收復新疆的問題了。可是，就在左宗棠緊鑼密鼓準備西征收復新疆時，可謂是一波三折，北京城又傳來了反對進軍新疆的聲音，原因是東南沿海日本又鬧出事了。
1874年5月，日本借口所謂的“琉球漂民”事件，出兵臺灣。10月，清政府做出讓步，與日本簽訂了《北京專約》，承認日本入侵臺灣是“保民義舉”，賠償白銀50萬兩。盡管此前清政府不乏割更多地、賠更多款的經歷，但是向一個自己從未放在眼里的小小鄰國服軟，再懦弱的大臣貴戚也會受到刺激。一時間，各階層對加強海防的呼聲高漲，都想建立一個強大的海軍。《北京專約》簽訂后的第五天，清延總理衙門上奏朝廷，提出加強海防的6條措施。清政府希望在更大范圍內聽取意見，就將總理衙門的奏章，連同前江蘇巡撫丁日昌草擬的《海洋水師六條》，發往各省督撫大臣。
接到朝廷的咨詢信后，直隸總督李鴻章、辦理臺灣海防的沈葆楨等17人先后發表意見，支持加強海防。左宗棠也在這17人中。左宗棠此前曾創立福州船政局，深知海防的重要。但此時李鴻章卻節外生枝，打起了個人小算盤。
李鴻章認為，加強海防急需用錢，現在用兵西北花費巨大，新疆不過是一塊貧瘠無用的土地，當年乾隆皇帝傾全國之力，只是得到“千里曠地”，得不償失。而且，新疆靠近俄國和英屬印度，兩國對新疆覬覦已久，阿古柏又得到了奧斯曼土耳其帝國的冊封，即使勉強收復，將來也無法長久固守。因此，最好停撥西北塞防的經費，投入東南海防，同時撤回西征部隊，放棄新疆。李鴻章的小算盤激起了一場海防與塞防的大爭論。支持李鴻章的大有人在，有為自己利益考慮的沿海地區督撫，有不愿給西征部隊供應軍餉的中央大員，還有很多李鴻章的門生故吏。在這種情況下，左宗棠能不能力爭收復新疆，就顯得十分重要。
左宗棠此時也深感壓力，他多少有點力不從心。以前，有曾國藩在的時候，湘軍出身的人腰桿都硬。可兩年前，曾國藩去世了，湘軍集團的勢力日漸衰落，李鴻章的話語權越來越大，兩人爭端越來越多。幸好，以軍機大臣文祥為首的一批有識之人認為新疆不能丟，力挺左宗棠發兵西征。朝廷便發了一封密諭給左宗棠，咨詢他的意見。他知道，這是一次可能決定新疆能否留在中國的奏對。經過一番深思熟慮，他寫下了《復陳海防塞防及關外剿撫糧運情形折》，也就是著名的萬言書。左宗棠在奏折中指出，對于國家的安危，“東則海防，西則塞防，二者并重”。
后來，左宗棠又在《遵旨統籌全局折》中駁斥了放棄新疆的言論，指出“是故重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以衛京師。西北臂指相聯，形勢完整，自無隙可乘。若新疆不固，則蒙部不安，非特陜甘、山西各邊時虞侵軼，防不勝防，即直北關山亦將無晏眠之日。”一句話，新疆不穩固，北方安全就無著落，整個國家安全也將隨之崩塌。左宗棠還駁斥了李鴻章的論調，指出新疆土地肥沃、物產豐富，絕非“千里曠地”。另外，當時海防的艦船、炮臺都已經有了規模，后面的主要任務是軍事操練，“停兵節餉，于海防未必有益，于邊塞則大有所妨”。
清廷收到左宗棠的回奏之后，立即召開會議，決定任命左宗棠為欽差大臣，全權負責新疆軍務，準備西征收復新疆。面對如日中天的李鴻章，左宗棠之所以能頂住壓力，一方面是由于新疆對國家的重要性，另一方面是因為他倔強的性格。左宗棠對面臨的困難心知肚明。兩江總督劉坤一在給左宗棠的信中直言，收復新疆是“任天下之至重，處天下之至難”。別的不說，光是朝廷那幫大臣，每當左宗棠遇到實際困難，進軍稍慢，就會出現各種非議，“按兵不動”“擁兵自重”的帽子紛紛飛來，可真是不容易啊。
左宗棠帶兵收復新疆
左宗棠承受著巨大的壓力，打仗實際打的就是糧餉，西北邊塞作戰更是如此，左宗棠曾在海防、塞防的大辯論中明確提出，充足的軍餉是收復新疆的基本保證，并要求其他省份努力保證西征軍餉。西征軍的軍費開支巨大，預計每年要支出800萬兩白銀，但實際到賬的各省協餉只有500萬兩。后來，許多省份又拿出海防重于塞防、要協助海防的借口，拖延供給西征軍的餉銀，西征軍陷入每年只能完整發下一個月餉銀的窘境。左宗棠在多次上奏催促餉銀未果的情況下，提出了向洋商借一部分款的建議。他在給友人的信中嘆息說：“借餉而議及洋款，仰鼻息于外人，其不兢也，其無恥也，臣之罪也。”
好在朝廷同情左宗棠的處境，下令沈葆楨籌款。可是沈葆楨本來就反對西征，便上奏朝廷說，新疆土地廣闊，短期無法收復，即使收復，守衛新疆的花費也是無底洞。左宗棠據理力爭，給朝延算了一筆細賬，表明錢花在新疆絕不會是虧本的。他最終說服了朝廷，東拼西湊籌到了足夠的軍餉。據統計，從1876年到1880年，收復新疆共耗費大約5000萬兩白銀，年均1250萬兩，占清政府年財政總收入的15.6%。清政府能下定決心如此大手筆地投入，很大程度上來自左宗棠的堅持。
在籌餉的同時，左宗棠還專門在西安設立西征糧臺，積極統籌軍糧火器。此外，他還在歸化（今呼和浩特）和肅州（今酒泉）設立糧臺，保證南北兩路的軍糧供給。后來，西征軍陸續進入新疆，左宗棠又命令各軍在哈密等地采購糧食，實行就地屯墾屯田，為西征軍隊提供了充足的糧食，確保了戰事的順利進行。
運輸糧草的驛站
武器更是打仗的關鍵，左宗棠費盡心思，給西征軍裝備了最新式的武器。僅僅是1875年10月18日，神機營和工部火藥局就向駐扎在哈密的文麟撥發了帶刺刀洋槍200桿，洋帽10萬個，七響后膛洋炮200尊，隨帶炮子10萬發，各種火藥3.2萬斤，火繩4000根。此外，還有架劈山炮、德國造后膛來福線大炮、來福前膛馬洋炮、開花后膛炮、七響后膛洋馬槍……應有盡有。英國歷史學家包羅杰說，“這支中國軍隊完全不同于所有以前在中亞的中國軍隊，它基本上近似一個歐洲強國的軍隊。”
洋務運動
根據新疆的地理特點和敵我態勢，左宗棠制定出收復新疆的戰略方針——“先北后南”、“緩進急戰”。鑒于新疆遠離內陸，人煙稀少，產糧不多，左宗棠特別重視西征大軍的后勤保障，親自部署糧餉的籌集、采辦和轉運，購置槍炮、彈藥，以確保西征計劃的順利實施。西征軍主要由道員劉錦棠部、烏魯木齊都統金順部和廣東陸路提督張曜部組成，總兵力六七萬人，由劉錦棠總理行營營務，防敵北竄東逃。
左宗棠收復新疆
1876年4月7日，左宗棠抵達肅州設立大本營，開始指揮各軍入疆。西征軍先到哈密，隨后翻過天山，穿過戈壁，逼近烏魯木齊。
天山北路被阿古柏侵占后，原來陜西回軍的首領白彥虎逃至新疆，投靠阿古柏，背叛了國家和民族。此時，他正代阿古柏占據烏魯木齊。1876年8月，劉錦棠部從阜康出發，進逼烏魯木齊東北的古牧地。阜康到古牧地的路程一百余里，有兩條道路可選：大道平坦，卻要經過50里荒無人煙的戈壁；小路途徑黃田，水源充足。白彥虎故意放出黃田有重兵把守的消息，希望西征軍走大道進戈壁，自己好偷襲。劉錦棠將計就計，派人佯裝走大道，實際上悄然走黃田。白彥虎正準備偷襲，卻被突然殺來的西征軍反偷襲。黃田叛軍一觸即潰，西征軍乘勢追擊，1876年8月17日，歷時5晝夜的狂攻，西征軍用德制的后膛炮攻破古牧地城池，以傷亡600人的代價殲敵6000余人。
第二天，劉錦棠率兵長驅直入，直搗烏魯木齊。阿古柏聽到烏魯木齊危急，急忙派兵增援，但還沒到烏魯木齊，就聽說城池失守，白彥虎倉惶逃往南疆。西征軍3個月就收復了北疆。
清軍作戰
丟失北疆之后，阿古柏企圖借天山天險，靠著英國的支持死守南疆。1877年4月，休整了一冬天的西征軍主力悄然從烏魯木齊出發，直奔達坂城。南下之前，左宗棠再次申明紀律，嚴禁殺掠，對于依附敵人的各族同胞，只要真心反正，一律寬待。
達坂城是通往南疆必經之路，其得失關乎全局。4月17日，西征軍包圍達坂城，卻苦攻不下。就在這時，城內的維吾爾族群眾冒死送出情報，說城內守軍準備棄城而逃。西征軍得到情報，堅定了攻城決心。19日夜，西征軍攻下達坂城，阿古柏心腹愛伊德爾胡里等1200余人被活捉。劉錦棠把俘獲的敵人押赴肅州大營，但對被脅迫附敵的各族同胞一律發放衣物糧食，送回原籍。幾天后，劉錦棠進抵托克遜。托克遜城中的維吾爾族同胞冒險出城報信：“敵人聽到達坂城失守，惶恐至極，正在各處燒殺劫掠，準備逃跑。希望官軍速進，解救百姓。”劉錦棠當即下令西征軍進攻托克遜，敵人望風而逃。
托克遜之戰后，南疆整個門戶大開，阿古柏精銳部隊折損大半，他感到十分驚恐。維吾爾族同胞對阿古柏的殘暴統治早已深惡痛絕，聽說西征軍要來了，相互轉告，準備配合。阿古柏知道大勢已去，日夜哭泣，最終服毒自殺。
1877年10月，劉錦棠大軍進攻庫爾勒，白彥虎掘開開都河，妄圖阻止大軍前行。當地蒙古族老百姓主動給西征軍當向導，找到開都河的淺灘處，西征軍順利渡河。劉錦棠大軍進入庫爾勒城后，發現已是一座空城，糧草供給斷絕，又是當地維吾爾老百姓帶西征軍找到了白彥虎藏糧的地點。白彥虎向阿克蘇逃亡，結果城內百姓緊閉城門，不許其入城。但等到劉錦棠大軍一到，百姓立即夾道歡迎。
1878年1月，西征軍收復和闐，盤踞新疆12年之久的阿古柏匪幫終于被全殲，新疆回到了祖國懷抱。阿古柏絕望自殺，其子海古拉率殘部西遁，并企圖在英俄兩國庇護下作最后的負隅頑抗。
清軍收復新疆
收復天山南北兩路后，只剩下伊犁仍被俄國占據。俄國原本聲稱“代清朝占領伊犁”，一旦清軍收復北疆就立即歸還。但在西征軍平定南疆后，俄國仍拒絕交還伊犁。1878年10月，清政府派吏部侍郎崇厚為全權大使，赴俄國交涉，索還伊犁。
盡管左宗棠對清政府靠外交談判索還伊犁有些看法，但也無力改變朝廷的主意。崇厚是個膽小平庸的人，在俄國的恐嚇下，他竟然擅自和俄國簽訂了《里瓦幾亞條約》。按照條約，俄國雖然交還伊犁，但割去霍爾果斯河以西、特克斯河流域等戰略要地，使得伊犁以西、以南險要盡失。
消息傳來，全國嘩然，紛紛要求處斬崇厚，廢除條約。西北前線的將士們群情激奮，劉錦棠認為：“非決戰陣，別無善策。”左宗棠在奏章中憤怒地說：“武事不竟之秋，有割地求和者矣！”由于左宗棠和前線將士的決心，也因為全國上下的堅決反對，朝廷在崇厚回國后，將他交刑部治罪，定為“斬監候”。1880年2月，清廷派曾國藩的兒子、駐英法大使曾紀澤前往俄國重新訂約，同時命左宗棠統籌新疆南北的戰守事宜。左宗棠調兵遣將，定下了兵分三路，武力收復伊犁的策略。
此時，左宗棠已是68歲高齡的老人，經略西北已經十來年。雖然他精力旺盛，但多年戎馬，身體畢竟不堪重負。，左宗棠本來就有咳血的毛病，加之水土不服，在西北越來越重，有時候早上起床時，吐血不止。他甚至一度擔心自己的身體出不了玉門關。但他很明白，要向沙俄索回伊犁，自己必須出關遠征。一旦談判破裂進行戰爭，和沙俄國的戰事恐怕一兩年之內難以結束，自己即便出了玉門關，能否活著回來就不好說了。
左宗棠抬棺出征
1880年5月26日，左宗棠率領親兵1000余人離開了肅州大本營，向新疆哈密進軍。抱病出征的左宗棠命人抬了一口空棺材，跟在自己身后，表明戰死疆場的決心。這位年近古稀的老將為收復國土抬棺出征的壯舉，不但極大地激勵了將士們的士氣，更令無數后人感動落淚。
3天后，左宗棠到達玉門關。他不僅不覺得寒苦，反而興致很高地說，自己雖然比不了年輕人，但這次為國效命，“孤憤填膺，誠不知老之將至！”
與此同時，曾紀澤也抵達圣彼得堡，開始與俄國談判。俄國在談判中雖然蠻橫無理，幾次恐嚇曾紀澤要開戰。但是得知清軍在前線調動頻繁，左宗棠又抬著棺材到了新疆，俄國也不敢貿然動武，伊犁前線一時處于相持狀態，大家都在互探底線。
然而讓左宗棠沒有想到的是，正當自己決意一戰時，朝廷卻動搖了。俄國在中國西北和東北增兵，使得清政府慌了手腳。加上李鴻章請來英國人游說，清政府連忙召開緊急會議，商討伊犁問題。當時，力主收復新疆的文祥去世，李鴻章的意見占了上風，同時英、法、美等西方國家又對清政府嚴懲崇厚一事提出抗議，清政府收復伊犁的決心又動搖了。
1880年8月，朝廷的書信送到了左宗棠手中，調他赴京任職。而當時，據左宗棠掌握的情報顯示，俄國前一年遇到災荒，又剛剛結束與奧斯曼土耳其帝國的戰爭，俄國內很困難，不可能全力對付中國，增兵只是虛張聲勢，給談判增加籌碼。左宗棠氣憤至極，因為收復伊犁的理想可謂功虧一簣！但他又無可奈何，在給兒子的信里，他感嘆說，朝廷里的人不了解情況，卻混淆國事，“為之奈何”。
雖然不能不走，但左宗棠極力推薦劉錦棠督辦新疆軍務，堅持以武力作為談判的后盾，“先之以議論，決之以戰陣”。左宗棠即使回京，也把不明就里的俄國人嚇出了一身冷汗。在得知清政府召左宗棠回京后，俄國代理外交大臣格爾斯急忙找到曾紀澤，問道：“聽說左宗棠現已進京，可能會挑起全面戰爭，是不是這樣？”曾紀澤模棱兩可地表示，自己還不知道這個消息。格爾斯趕緊說：“中俄兩國要是為小事打起來，實在不合情理。”
1881年2月24日，以左宗棠在新疆的武力布防為后盾，經過曾紀澤據理力爭，清政府與俄國簽訂《中俄伊犁條約》。這一條約雖然依舊是不平等條約，但相比崇厚所簽的條約，中國爭取回部分主權和領土。曾紀澤與俄國簽約的當天，左宗棠正好抵達北京。雖然左宗棠全復疆土的愿望沒有實現，但他確實為收回伊犁起到了至關重要的作用。
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收復新疆后，然而左宗棠的腳步并沒有就此停止，他的心思轉到了如何保證新疆的長治久安上面。在收復失地過程中，左宗棠就設立善后局，重建地方秩序，醫治戰爭創傷，發展生產，恢復經濟。各地善后局在安置難民、招民墾荒時，一方面招撫當地流散人員，給予土地耕種，另一方面招募內陸人民，收留清軍中老弱士卒，鼓勵地方軍隊中有妻室者解甲歸田。務農人員的增加和內陸先進農業技術的傳播，給新疆各地恢復和發展生產帶來了活力。
大規模發展生產，必須全面整治水利。左宗棠始終大興水利，新疆各地全面整修舊有渠道灌溉系統，清理淤毀河道，同時還興建了不少新的水利工程。荒地開墾為良田，戈壁變成了綠洲，讓新疆各族人民過上了安居樂業的太平生活。這些舉措為穩定局勢、恢復經濟發揮了作用。但這畢竟是臨時性和局部性的成果。要在各地實施行政管理職能，建立有效的統治，就必須對新疆前景做出通盤籌劃。正因為此，左宗棠才一再提出要在新疆建立行省制度的主張。他說：“為劃久安長治之策，紓朝廷西顧之憂，則設行省、改郡縣，事有不容己者。
收復新疆的中興名臣左宗棠
歷史的可貴，在于它總是打破常規的邏輯，告訴你曲折的現實；人性的可貴，在于它總是突破歲月的沉淀，留給人們無盡的思考。左宗棠是一個偉大的實踐者，無論是收復新疆，還是治理新疆，其心胸之寬闊，見識之卓遠，意志之堅定，舉措之周密，愛國之熱忱，無不令后人敬仰推崇。很難想象，占中國版圖達六分之一的新疆，之所以現在還在我們國家的版圖之內，有一個人不能忘記，他就是中興清朝的名臣---左宗棠！這是一段每個中國人都不能忘記的歷史。如果沒有左宗棠，當年的新疆將會遭遇怎樣坎坷的命運。
然而，更值得一提的是左宗棠具有國際視野和戰略眼光，非常重視中國的邊防建設。眾議棄新疆，他力持不可，輿櫬出關，親自率兵收復新疆。之后，又多次奏請建省，終于得到清廷允準，確保西北臂指相聯，形勢完整，穩固了中國的西北邊防。對臺灣，他認為是海防重地，為七省門戶，關系全局，早在同治年間他任閩浙總督時，即派要員前往治理；到光緒十一年（1885年），他臨死前不到一個月，仍念念不忘，奏請將福建巡撫移駐臺灣。四個月后，清廷準其所請，臺灣建省，但左宗棠已去世了，沒能親眼目睹。一般認為左宗棠是所謂的塞防派，但其實他塞防、海防并重，保住了中國東南和西北的戰略要地。
因此，后來有歷史學家評價他是自唐太宗以后，對中國國家主權領土功勞最大的第一人。
