登上中古史研究高峰
就在這個時候，陳寅恪把目光投向了魏晉南北朝和隋唐，也就是學界通稱的“中古史”。這是陳寅恪第一次學術轉向，其中當然有很多原因，而最大的因素就是與抗戰有關。
盧溝橋事變爆發后的22天，日軍逼近清華園車站，北平即將不保。父親陳三立這時已85歲了，這位在上海“一·二八”十九路軍抗戰時，夢里狂呼“殺日本人”的老人開始絕食了。五天后，陳三立死了。
為父親守靈的那些晚上，陳寅恪久久地斜臥在走廊的藤躺椅上，一言不發。這時，陳寅恪由于高度近視，又用眼過度，右眼視網膜剝離，已經看不清東西了。醫生告訴他需要手術，但做了手術就需要相當時間的休養。陳寅恪最終選擇了不做手術，就是說，為了離開淪陷區，他放棄了復明的希望。
在為父親守孝49天后，右眼失明的陳寅恪攜妻將雛，離開了已經淪陷的北平，踏上了流亡之路。在離開北平之前，陳寅恪把他的藏書寄往將要去的長沙，但趕到長沙，還沒等到這些藏書，便又匆匆隨清華大學南遷云南。可是當書到長沙，竟悉數被焚毀在戰爭的大火中。
陳寅恪做學問的方式不是做卡片，而是在書上隨讀隨記，也就是古人說的“眉批”，眉批上寫滿了他的思考、見解和引證，這是他學術研究的基礎。書燒毀了，而他隨身帶著的常用的、備用的書，在繞道去昆明的路上，大部分竟也被盜走了。這意味著，他以后的學術研究，將主要依靠他積攢的記憶了。
“家亡國破此身留，客館春寒卻似秋。”就在幾乎沒有參考書籍的情況下，陳寅恪撰述了兩部不朽的中古史名著——《隋唐制度淵源略論稿》和《唐代政治史述論稿》。
他把從魏晉南北朝到隋唐的書基本上都看過，然后回過頭來，好像是一段段的史料，然后是一個“寅恪按”，實際上是以論帶史，而絕對不是一個考據家。跟早年做的那種，從語文學到歷史學精細的對照，完全不一樣。
在中古研究里面，他注意到的若干解釋中古中國的架構和因素，至今仍是很多研究者繞不過去的課題。比如對于文化種族的關注，對于家族的關注等。說陳寅恪是一個了不起的學者，是因為他并不是在具體的領域里奉獻了什么具體的結果，而是說他開創了一個研究的范式。
這是兩本藏之名山、傳之后世的著作。陳寅恪寫書的種種細節，至今仍被后世記憶著。在四川李莊的時候，鄧廣銘先生住在陳寅恪的樓底下，傅斯年對他說，陳先生如果有什么事一跺地板，你就馬上跑上去。有一次鄧廣銘跑上去，看見陳先生躺在床上呻吟，說我要快死了，我這個身體快不行了，我堅持不住了。但是他又說，我不寫完這兩稿，我不死。
在國際漢學界具有廣泛影響的《劍橋中國史》在提到陳寅恪時，給予了異乎尋常的褒獎：“解釋這一時期政治和制度史的第二個大貢獻是偉大的中國史學家陳寅恪作出的。他提出的關于唐代政治和制度的觀點，遠比以往發表的任何觀點扎實、嚴謹和令人信服。”
牛津大學1939年曾正式聘請陳寅恪擔任該校漢學教授，并于此后數年一直虛席以待。因為他們認為，陳先生是當時“最優秀的中國學者”。
“國可以亡，史不可斷”
就是這樣一位“最優秀的中國學者”，“一個天生的導師”，此時卻身處戰火之中，他的工作條件驚人地惡劣。陳寅恪之女陳美延回憶說：“父親工作的時候汗流浹背，在一個茅草房里，風雨一來，把房子都能刮塌的那種房子里頭，也沒有桌子，就是一個箱子，搬一個小凳寫文章。”“他寫完，需要休息，就帶我出去散步，我那時候很小，就穿個木板鞋，在山上跑，滿山的映山紅啊……父親只能在休息的間隙，感受到一種遠離戰亂的歡愉。”
“那時我還放羊，為什么放羊呢，因為實在沒有營養，只好買一只母羊，生了小羊，可以給父親擠一點奶。那時候父親還能看得見，帶著我出去散步，在路上他還問我，羊喜歡吃什么，羊的脾氣是怎么樣的，一只鄰居的狗在前面引路，他問為什么狗要在那兒撒尿做記號啊？說這些的時候他都挺開心的。”
由于長期用高度近視的左眼工作，陳寅恪的視力急速下降。當他輾轉來到成都燕京大學，到學期期末考試評卷時，他已經難以把學生的成績，及時無誤地填入欄格細小的成績單里了。為避免出錯，他只能無奈地讓大女兒代他把批好的分數抄到表格上。
1944年12月12日，陳寅恪的唐代三稿中的最后一種《元白詩箋證稿》基本完成了。但就在這天早上，陳寅恪起床后痛苦地發現，他的左眼也看不清了。他只得叫女兒去通知學生：今天不能上課了。
他在成都的醫院做了眼科手術，但手術沒有成功。半年后，二戰結束，依然記得他的牛津大學，請他赴倫敦治療眼疾。然而數月奔波，他的雙目還是沒能看見光明。
在抗戰如此嚴酷的境遇里，陳寅恪頑強地為后世留下了他對中國唐代歷史的系統研究。他在大災難面前，恪守著一個民族的史學傳統：“國可以亡，史不可斷，只要還有人在書寫她的歷史，這個民族的文化就綿延不絕。”
