大腸的主要生理功能是貯存食物殘渣，大量水分的再吸收及排泄作用。灌腸是逆行將液體灌人腸腔，故可擴張腸壁，刺激腸蠕動，促進排便；同時由于溶液與糞便混合而被稀釋和軟化，易使糞便排出，解除便秘。此外，借助腸黏膜較強的吸收作用，利用藥物或營養劑進行保留灌腸，既可以治療腸道本身的疾病，又可治療許多全身性疾病。
大腸內有許多細菌，細菌來自口腔，口腔內的細菌又來自空氣和食物。由于大腸中的內容物為中性或弱堿性，對一般細菌的繁殖極為適宜，所以細菌得以大量繁殖。據統計病原性和非病原性細菌約50多種，如大腸桿菌、葡萄球菌、八疊球菌、酵母菌或寄生蟲等。其中約3／4是大腸桿菌；糞便中的細菌占20％～30％，故排出的糞便中存在大量的活著的細菌或寄生蟲卵等。因此，通過灌腸司減少或殺滅腸道某些致病菌或寄生蟲；如應用黃連素溶液、大蒜溶液等腸道殺菌劑灌腸，可直接殺滅腸道痢疾桿菌，用于治療急性或慢性痢疾，已證明是行之有效的療法。應用中藥結腸灌洗法．除清除大量的含菌糞便外，還可稀釋毒素，減少毒素的吸收。已確報道，用大黃液結腸灌洗治療慢性腎衰者，能使血肌酐(Ser)迅速降1氐，總有效率達63．64％。近些年來，許多醫院采用中藥灌腸治療尿毒癥，顯著提高了療效，有效率達到80％，并降低了死亡率。此外，細菌在腸內與糖類作用可產生大量氣體，臨床上用驅氣灌腸法，能協助氣體由結腸排出，減輕腹脹。
歸納起來，灌腸療法還有以下兩大作用：
第一，整體藥物效應和全身調節作用。大腸作為六腑之一，與五臟六腑在生理、病理上都是相互聯系、相互影響的，而與表里之臟—肺的關系最為密切。一般認為，藥物進入直腸后，可通過大腸與肺的經脈絡屬關系而上輸于肺。“肺朝百脈”，又可將藥液布散全身以發揮整體治療作用。現代醫學研究證實，直腸黏膜具有很強的吸收能力(每天吸收液體4～6升)。吸收后的藥液50％～70％通過直腸中靜脈、下靜脈及肛管靜脈繞過肝臟直接進入大循環，部分藥物通過直腸上靜脈和直腸淋巴系統進人大循環，到達全身組織器官發揮治療作用。此外，灌腸通腑可去除毒濁、調整陰陽、補虛扶正，故可使全身疾病隨之而解。
第二，灌腸療法的局部治療作用尤為顯著。對于病變部位在直腸、結腸和腹部病癥如痢疾、結腸炎、盆腔炎等，藥物灌腸可使局部組織內的藥物濃度顯著提高，從而發揮療效。
