公元前91年，漢武帝下達輪臺召，公元前88年，漢武帝病逝，漢匈戰爭暫時緩解。
漢昭帝劉弗陵和漢宣帝劉詢在位置期間，西漢和匈奴的戰爭主要是圍繞西域三十六國的爭奪，這期間出現了博介子在公元前78年斬殺樓蘭王降伏樓蘭國，?；菰诠?1年擊敗龜茲王降伏龜茲國，鄭吉在公元前67年擊敗車師王降伏車師國，馮奉世在公元前65年擊敗莎車王降伏莎車國的著名事跡，公元前60年，隨著西域三十六國全部臣服于漢朝，漢宣帝在西域三十六國設置西域都護府來管轄這些地方小國，而鄭吉擔任為西域都護府的第一屆西域都護長官。
漢朝在西域和匈奴人作戰的情景
公元前58年，匈奴帝國爆發內亂，呼韓邪單于用箭頭射殺單于之后，又被其他的勢力擊敗。
第二年，匈奴帝國又出現了三個單于，于是五個單于并列，五個單于之間混戰不斷，最終呼韓邪單于獲得了勝利。
公元前56年，匈奴帝國再度爆發內亂，又有兩個單于出現，這其中有一個單于還是呼韓邪單于的哥哥，兩年后，他的哥哥就擊敗了他，占據匈奴王廷取得了最終的勝利。
匈奴人作戰
呼韓邪單于無奈，只能像西漢稱臣，借助西漢的力量擊敗了他的哥哥，他的哥哥自然知道自己不是漢朝的對手，便在公元前40九年放棄了匈奴單于王庭，率領部落不斷地向西遷徙，在西域三十六國與漢朝展開周旋。
公元前36年，陳湯率領大軍遠征呼韓邪單于的哥哥，斬殺呼韓邪單于的哥哥，在西域戰場斬草除根，并且留下了“犯我強漢者，雖遠必誅”的千古名言為世人傳唱。
呼韓邪單于向漢朝稱臣之后，在公元前33年贏取王昭君為嫣氏，書寫了一段英雄和美人的千古佳話，此后，匈奴帝國與漢朝一直保持的五十年的友好關系，匈奴單于也積極地吸取了儒家文化，他們在自己的稱號上兩個字，以表示自己像西漢的皇帝一樣，實行以孝治國的理念。
公元八年，王莽建立新朝，取代西漢，實行新的政策，將“匈奴單于溪”改為“莘匈奴單于章”，企圖以此讓匈奴臣服于新朝代，卻激怒了匈奴人，匈奴帝國又與中原重開戰端，并且上中原大亂之機扶持一些比較親近自己的割據勢力，重新奪取了西域三十六國的控制權，對新起的東漢王朝構成了很大的威脅。
公元48年，匈奴又一次爆發了內亂，并且永久的分裂為南，北匈奴，南匈奴選擇了歸順東漢朝廷，北匈奴則選擇長期與漢朝為敵。
漢明帝劉莊和漢章帝劉達在位期間，東漢國力達到恢復，史稱“明章之治”，對北匈奴開始發起了反攻，公元74年，漢朝將軍竇固等率領漢朝大軍擊敗北匈奴的軍隊，平定車師國，漢明帝于是恢復了西域都護府。
然而東漢的首都在洛陽，并不是在長安，所以對Siri三十六國的控制并不像西漢那樣穩固，漢明帝在公元75年去世后，西域三十六國再度聯合匈奴反叛漢朝的統治，致使漢朝再次失去了對西域的控制權，公元76年漢明帝派出軍隊救出了西域都護長官之后，又廢除了西域都護府制度，并且召回了漢朝在西域三十六國的所有官吏。
受命出使西域的班超行事果斷，他懂得要維護西域各國的利益，當其撤離時，受到了西域百姓和部分小國國王的阻攔，班超只好違抗詔令，繼續留在西域三十六國，依靠著少量的官吏和士兵繼續經營西域三十六國，班超應用特殊戰略，逐漸降服西域三十六國，為漢朝再次取得了對西域三十六國的統治優勢。
公元88年，漢章帝去世，年僅10多歲的漢和帝劉肇繼位，竇太后臨朝稱制，竇憲以國舅的身份把持朝政，多次率領漢朝軍隊打敗北匈奴軍隊，以增加個人的絕對權威。
公元89年，竇憲第一次率領漢朝軍隊討伐北匈奴，在稽洛山大破北匈奴單于的軍隊，并且追擊倒是嫣然山，他命令班固(班超的弟弟)刻石記功，紀漢威德而還。
公元90年，竇憲第二次率領漢朝軍隊討伐北匈奴，大破北匈奴單于的軍隊而還。
公元91年，竇憲第三次率領漢朝軍隊討伐北匈奴，在金威山又一次打敗北匈奴單于的軍隊，被匈奴單于因為漢朝的這三次行動開始向西遷徙到西域三十六國，對漢朝在西域都護府的軍隊造成了嚴重的威脅，直到60年后又一位漢朝的將軍打敗北匈奴在那里的最后勢力，北匈奴的殘余勢力于是開始的向西遷徙到烏孫國，至此北匈奴從中國的歷史上徹底消失了。
竇憲三次討伐北匈奴作戰畫面
公元91年，班超憑藉卓越的戰功和個人的威望完全降伏Siri三十六國，東漢于是恢復了西域都護府，并且任命班超為西域都護長官，至此，東漢的疆域達到了歷史上的最高峰。
在北匈奴西遷后，南匈奴并沒有回到蒙古高原，而是留在東漢邊疆。鮮卑人逐漸地占領了蒙古高原，成為新一屆的草原霸主。
那些西遷的北匈奴人后來在中亞，西亞，歐洲都留下了自己的蹤跡，據考證：
那個讓羅馬帝國崩潰和羅馬人恐懼的“上帝之鞭”匈人帝國的首領阿提拉并有可能是北匈奴人的后代。
匈人的首領阿提拉
還有公元5至6世紀在中亞建立的韃靼(白匈奴)帝國也有可能是北匈奴人的后代所建立的。
北匈奴人西遷進入中亞
南匈奴在東漢時叛時降，總體上是屬于君臣關系。公元216年，曹操命令軍隊將位于河套地區的南匈奴全部解散，將其肢解為5個部落，南匈奴人后來全部改為姓劉，融入到中原百姓中來。
西晉八王之亂之后，南匈奴人劉淵起兵反抗晉朝，建立漢朝，史稱“漢趙”，加入到中原爭霸當中。
公元316年，劉淵的兒子劉聰攻破長安，俘虜西晉王朝的最后一位皇帝，完全實現了匈奴人的復興，三年后，“漢趙”內部發生動亂，劉耀平定叛亂，建立前趙，而石勒不服劉耀的統治，也自立為趙王，建立后趙，兩趙之間時不時地發生一些戰爭，公元329年，后趙皇帝石勒攻破長安，滅亡前趙，成為新一代中原霸主。
本以為南匈奴人的結局就在這里啦，可是就在幾十年后，也就是前秦滅亡，淝水之戰過去十幾年后，一個名叫劉勃勃(赫連勃勃)在河套地區起兵建立南匈奴人的最后一個政權胡夏，建都統萬城。
胡夏政權的統治者赫連昌
并且在幾年的時間那迅速控制了包括河套地區在內的整個河套地區以及陜西省的大部分地區，就在他的征服這么大一塊地方的時候，真興七年(即公元425年)赫連勃勃去世，兒子赫連昌，次年(即公元426年)北魏皇帝拓跋燾攻陷統萬城，428年又攻陷安定城，俘虜赫連昌，赫連昌的弟弟赫連定在平涼自稱為皇帝。
勝光四年(即公元431年)赫連定滅亡西秦，試圖渡過黃河攻打北涼卻遭到吐谷渾(鮮卑人創建的吐谷渾政權)襲擊，被送往北魏(鮮卑人建立起來的北魏政權)，次年，據所在河套地區的南匈奴人和胡夏政權南匈奴人的貴族以及皇帝全部被斬殺，至此匈奴人和他們建立的匈奴人的政權徹底的消失在中國歷史舞臺上。
