貴由死后，他的妻子海迷失攝政，蒙古帝國又經歷了兩年女人當權的時期。但這個女人沒有任何治國才能，比起她的婆婆脫列哥那還要差，只知道收稅揮霍，帝國長期處于無政府狀態。
在這兩年里，蒙古高層各方又圍繞大汗的位子明爭暗斗，海迷失想推出窩闊臺系的一位王子出來，她知道自己和貴由的兒子忽察還年幼機會不大，所以她想讓失烈門重新出來參選。
失烈門本來是窩闊臺生前指定的繼承人，但上次忽里勒臺大會脫列哥那違背了窩闊臺的意愿操作貴由上了臺，這次再推出失烈門，大家不免有所顧慮。
拔都決定將窩闊臺系排除在外，他以成吉思汗長孫的名義，號召大家在伊塞克湖以北，拔都的阿拉喀馬克營地召開了忽里勒臺大會，在這次大會上，拔都強行推舉蒙哥出任大汗。術赤家族和拖雷家族的代表將贊成票投給了蒙哥，然而，窩闊臺家族和察合臺家族的人沒有參加，或者在選舉前他們離開了阿拉喀馬克營地，他們拒絕承認這次選出大汗的結果，因為這次大會是在遠離成吉思汗圣地的其它地方召開的，而且他們沒有出席，到會的人也很少。
為了坐實這一次大會的成果，拔都決定在克魯倫河畔的闊帖兀阿蘭再一次召開忽里勒臺大會，這里是傳統的蒙古圣地，他要讓窩闊臺系和察合臺系的人閉嘴，于是又向他們發出了誠摯的邀請來參會，但遭到拒絕。
拔都沒有理會他們的拒絕，他派自己的弟弟別爾哥主持，1251年7月1日，別爾哥不顧窩闊臺家族和察合臺家族的反對，宣布蒙哥正式當選蒙古帝國第四位大汗，就此，蒙哥完成了蒙古汗位繼承程序上的合法性，正式稱汗，而蒙古帝國的統治權從窩闊臺家族轉移到了拖雷家族。
失意的窩闊臺王親們，在大會快結束時才趕過來，表面上他們是來向新當選的大汗宣誓效忠，實際上是準備發動突襲，人們在他們的馬隊里發現了大量兵器，大家推測他們是想等人們喝得醉醺醺時發動攻擊，帶領這支馬隊的是失烈門和貴由另外一個兒子腦忽，他們當然不承認，但他們部下很快認罪。蒙哥很惱火，但現在還不是殺王親貴族的時候，只將窩闊臺系的一些主要將領代表人物全處死了。
1252年，蒙哥在皇城和林站穩了腳跟，清算開始了。第一個就是海迷失，因為這個女人和失烈門的母親曾密謀殺害蒙哥，也曾罵蒙哥背叛了窩闊臺稱汗時永遠效忠的誓言，蒙哥異常厭惡她，稱她比一條母狗還下賤，他讓人將海迷失的雙手縫在革囊里，大法官讓人扒光了她的衣服來受審，海迷失非常憤怒，說：“竟敢讓這個只有一個君王見過的身體袒露于眾人面前”。但她的抗議沒用，她和失烈門的母親被氈子包裹著，一同扔進河里溺死了。
貴由的兩個兒子，忽察被放逐于和林以西，腦忽被發配從軍；窩闊臺的另一個孫子海都，被安放在巴爾哈什東南的海押立，位于伊犁和葉密之間，這是一只真正的雄鷹，他后來建立了窩闊臺汗國，一直高舉窩闊臺的正統性旗幟，給后來蒙哥的繼承者造了很多麻煩。
至于失烈門，他和忽必烈的關系很好，忽必烈將他帶到了漠南，蒙哥看在弟弟的份上暫時放過他，但是蒙哥很忌諱他，因為他是窩闊臺生前認定的繼承人，最后他還是被蒙哥派人把他給溺死了。
窩闊臺家族沒有被害的，就只剩下合丹和闊端，合丹和忽必烈關系也很好，所以幸免于難，至于闊端，他對蒙哥一直很尊敬，因此沒動他。
察哈臺家族方面，察合臺的孫子不里要為當年對拔都的不敬埋單，被處死；察合臺領地的首領也速蒙哥被處死，扶持察合臺家族的另一個王子哈喇旭烈兀成為新的首領。
