前面說過，自從公元前17世紀以后，特洛伊就已經是赫梯帝國的屬國或盟國。當希臘飛地米利都被赫梯帝國占領后，特洛伊地區則變成了希臘人侵略和洗劫的目標。
根據荷馬史詩記載，特洛伊戰爭的起因是海倫被特洛伊王子帕里斯劫走，恐怕這只是個傳說，應不會是戰爭的真正起因。首先，“海倫”是否存在就很難說。而古代以被劫婦女為借口的戰爭一點不少。烏加里特就有這種相似的傳說。荷馬史詩是否山寨了烏加里特的傳說也未為可知。事實上，亞該亞希臘人反倒是從公元前13世紀開始，就瘋狂地在小亞細亞沿岸地區擄掠婦女、搶奪財寶。古希臘希臘人倒是不知到從近東搶走了多少“海倫”帶回希臘本土。
亞該亞人掠奪地中海東部沿岸
另外，特洛伊也有自己的艦隊，他們是否也曾做過海盜，也搶了希臘人的女人，也很難說。我認為，“海倫”如果存在，估計海倫也就是個希臘人搶來的奴隸。特洛伊人倒是有可能從希臘人那里把“海倫”重搶回來。“海倫”顯然不是戰爭的真正起因，但的確是個很好的開戰借口。而荷馬史詩中的確有不少真實的歷史成分，其中有多處內容與赫梯人記錄的歷史相吻合。真實的情況，很可能只不過荷馬在《伊利亞特》中將邁錫尼人和赫梯帝國及其附屬國之間的上百年的多次戰爭濃縮為10年的特洛伊戰爭。
特洛伊戰爭的傳說
荷馬史詩中說希臘人曾兩次攻占小亞細亞的特洛伊。一次是神話中赫拉克勒斯，另一次是阿伽門農帥軍攻克特洛伊。根據卡爾.布萊根的考古發現，特洛伊在青銅時代晚期，也的確至少兩次被攻陷。一次是公元前13世紀早期的特洛伊四期；另一次是公元前13世紀中期到公元前12世紀早期這段時間內。從特洛伊出土文物看特洛伊從公元前16世紀開始到公元前13世紀早期一直和邁錫尼有貿易往來。直到公元前1250年，特洛伊最終陷落。種種證據的確顯示，特洛伊的在這段時間的確被戰爭所蹂躪。
特洛伊考古遺址
真正毀滅特洛伊的人很可能是古埃及文獻所記載的“來自海上的人”（sea people）。這些入侵者有的來自地中海各個島國，有的來自巴爾干半島，尤其色雷斯地區。他們不只是毀滅了特洛伊，他們還毀滅了赫梯帝國等諸多國家。就是邁錫尼帝國本身的衰亡也和這些向潮水一樣蜂擁而來的移民入侵者有一定的關系。只不過邁錫尼人也參與了一系列的入侵戰爭而已。
“來自海上的人”（古埃及文字)
荷馬史詩說：亞該亞人是因為采納了奧德修斯的特洛伊木馬的計策才攻城成功的。很難相信特洛伊人真傻到被木馬騙了，這個真的有點不靠譜。對此，學者一般有兩種解釋：
（1）一是木馬可能是中東地區古代一種類似馬的形狀的攻城工具。攻城人藏在木馬形的防護罩內去沖撞城門。不過還沒有關于這種說法的考古證據，去證明這個時期小亞細亞有此類攻城木馬；
（2）另一種說法是，特洛伊的陷落是因為地震造成部分城垣被毀壞，古希臘人才得以攻城成功。這個和考古吻合。特洛伊四期（公元前1375-公元前1250年）的確經受過嚴重的地震，造成了一些城墻坍塌。而地震之神在古希臘神話里恰好就是波塞冬，而波塞冬在古希臘神話中同時也是牧馬之神，他的形象有時候就是一匹馬。后人有可能為了表示對波塞冬的敬意，以木馬作為獻祭禮物，久而久之，就傳成了古希臘人利用木馬之計攻克了特洛伊。這個假說很說有真實的可能。
特洛伊木馬
希臘人攻克特洛伊后，希臘本土的經濟危機更加嚴重。壓力是來自多方面的。首先，邁錫尼人面臨著來自巴爾干半島的多利安人南下入侵的壓力；另外由于長期對地中海沿岸國家國家的劫掠，導致當地文明的衰落，古希臘不可能再象從前輝煌時期那樣依靠海上貿易來增加自己的財富；各地都在饑寒交迫中，可作為戰爭搶劫的目標越來越少。沒有經濟的支柱的支撐，邁錫尼帝國就像特洛伊城墻一樣坍塌了。
邁錫尼遺址
根據荷馬史詩記載，阿伽門農歸國后被刺殺，緊接著出現家族內部的殺戮和清洗。俄底修斯回國后，也進行了內部的殺戮和清洗。因為，經濟蕭條時期，資源也極其緊張，希臘人內部自然就爆發了這些內訌，相互傾軋。這這一切都加速了邁錫尼青銅文明的滅亡。到了公元前1200年左右，幾乎所有的希臘邁錫尼國家都遭到毀滅。貌似只有雅典幸免于難，但輝煌不再。那些曾經輝煌的城市，有些甚至被徹底放棄。希臘本土的青銅文明之光黯淡下來。那些依然有船，有一定武士擁戴的個別國王或貴族則可能會流浪到各地，比如加入到“自海上的人”的移民大軍，在近東中東大肆搶劫，維持生計。
“海上民族”大入侵
古埃及文獻詳細描述了這些人。說他們毀滅了赫梯帝國，烏加里特等小亞細亞城邦（當然包括特洛伊在內）。烏加里特出土的文獻，也證實他們遇到了來自海上來的人的襲擊。但他們和赫梯帝國一樣，都滅亡了。荷馬史詩《奧德賽》中，也提到過這次進攻古埃及的戰斗。這些所謂的來自海上的人中就有邁錫尼人。拉姆西斯三世是從全國調集了龐大的軍隊，才得以阻擋住這個入侵狂流。使得古埃及成為地中海青銅時代唯一幸免于難的國家。
拉姆西斯三世擊潰來自海上的人的雕刻畫
埃及武士擊殺邁錫尼武士
根據古埃及人的描述，這些進攻古埃及的狂流不只是軍隊，還有坐在牛車上的婦女和兒童。說明這些移民也是難民。他們不只是來搶劫的，更來逃難者，是來尋找新家園的。
包括邁錫尼人在內的“海上移民”數量很多（有學者估計有幾萬人）在古迦南地區后來定居下來。在舊約中，這些“海上移民”被稱作腓力斯丁人，他們先是零散地以村社形式、零散的聚居點的形式分布在古迦南地區。直到前11世紀，這些殖民者才開始建立城市。從公元前12世紀到公元前11世紀，（邁錫尼人）腓力斯丁人在古迦南地區增加到2-3萬人，數量相當可觀。
“海上民族”的遷徙
英雄時代結束，黑暗時代到來，青銅文明消逝，黑鐵時代進入歷史。巍峨的特洛伊城化作古人記憶中青銅世界的最后一縷文明之光。特洛伊城這次被希臘人陷落后，一些來自北部的、有可能是來自中歐匈牙利一帶的移民（弗里幾亞人）跨越達達尼爾海峽定居在特洛伊地區，他們并沒有修復特洛伊。歲月流逝，曾經繁榮、富裕、熠熠生輝的特洛伊城，又慢慢被遺忘。后來人們已經不知道它在哪里，甚至都懷疑它是否真的存在過。直到有一天施里曼和在他的朋友幫助下，把它挖掘出來，特洛伊才重見天日。
