卓尼縣歷史悠久，早在新石器時(shí)期就有人類(lèi)居住。
夏、商、周時(shí)期，卓尼屬雍州之域。
春秋戰(zhàn)國(guó)時(shí)期，卓尼為秦地。
秦始皇統(tǒng)一全國(guó)后，分天下為36郡，縣境歸隴西郡所轄，屬臨洮縣地。
西漢武帝時(shí)，劃全國(guó)為13部、103郡、1314縣，縣境歸涼州刺史部屬下隴西郡所轄，仍屬臨洮縣地。
東漢時(shí)仍屬?zèng)鲋荽淌凡侩]西郡臨洮縣所轄。章帝建初二年（77年），居于松茂諸地的燒當(dāng)羌由望曲谷、洮源漒川出兵兩路，包圍南部都尉于臨洮。章帝遣車(chē)騎將軍馬防（馬援之子）率兵出擊，因臨洮地險(xiǎn)，車(chē)騎不便通行，加之羌兵占據(jù)洮水之險(xiǎn)，馬防無(wú)奈，退兵至今岷縣梅川筑索西城，遷南部都尉及臨洮縣居此。安帝永初二年（108年），當(dāng)煎、勒姐羌攻破羌縣（今青海省碾伯縣），鐘羌復(fù)出望曲谷，沿洮水長(zhǎng)驅(qū)直入，攻沒(méi)臨洮縣。順帝永建元年（126年），馬賢（馬防之子）與鐘羌戰(zhàn)于臨洮，鐘羌降，洮西盡復(fù)。陽(yáng)嘉二年（133年）仍于秦臨洮故縣址置臨洮郡臨洮縣及隴西南部都尉。
三國(guó)分鼎，縣境初屬魏雍州之地，仍設(shè)隴西郡及洮陽(yáng)縣，旋改為秦州隴右郡臨洮縣。魏雍、秦州為了鞏固邊防，又于洮水北岸設(shè)洮陽(yáng)（疑今牛頭城）、候和二戍。縣境洮水南岸迭山，即為魏國(guó)秦州與蜀國(guó)益州銀平郡之界山。兩國(guó)間的許多拉鋸戰(zhàn)爭(zhēng)就是在此地展開(kāi)的。蜀漢景耀末年，姜維越今扎尕那出卡車(chē)溝占領(lǐng)魏臨洮郡治，攻洮陽(yáng)，與魏將鄧艾戰(zhàn)于候和。姜維不勝，由原路退屯沓中（今舟曲縣境內(nèi)）。
晉一統(tǒng)三國(guó)，分全國(guó)為19州、173郡、1190縣，縣境大部分為秦州隴西郡臨洮縣轄地。晉惠帝時(shí)，改易郡縣，縣境大部屬狄道郡洮陽(yáng)縣轄。東晉時(shí)，吐谷渾占據(jù)了整個(gè)洮西地區(qū)，在洮水兩岸修筑了很多土城堡戍守。有泥和戍、洮陽(yáng)城、候和城（即《水經(jīng)注》中說(shuō)的洪和城），與之同時(shí)，原晉置臨洮郡縣相繼淪陷，縣境大部被吐谷渾政權(quán)控制。
十六國(guó)時(shí)期，地方軍閥割據(jù)紛爭(zhēng)，縣境朝秦暮楚，置廢無(wú)常。縣境東北部歸前趙隴西郡臨洮縣轄領(lǐng)，西北部仍由吐谷渾占據(jù)。
前秦時(shí)，縣境屬河州隴西郡臨洮縣轄領(lǐng)，西南大部仍屬吐谷渾政權(quán)領(lǐng)地。后秦未收復(fù)洮西諸地，仍于原秦故城設(shè)臨洮縣，收洮陽(yáng)、洪和諸地。
前涼時(shí)，縣境屬秦州隴西郡統(tǒng)屬。后涼時(shí)，縣境部分地域?qū)匐]西郡臨洮縣轄。
南涼時(shí)，縣境仍歸隴西郡臨洮縣屬。
南北朝北魏太平真君時(shí)期，縣境歸河州轄領(lǐng)，于原臨洮縣治設(shè)臨洮郡，領(lǐng)縣汎潭，郡縣同治，統(tǒng)領(lǐng)縣境洮水流域。太和中（477—499），吐谷渾于境內(nèi)又重修洮陽(yáng)、泥和諸城戍守，于原臨洮郡城設(shè)洮州。
北周改西魏汎潭縣為臨潭縣，并于縣治置洮陽(yáng)郡，兼置洮州，并在吐谷渾迷和城附近設(shè)旭州。
隋代，域內(nèi)一統(tǒng)，州、縣廢置頻繁。初廢洮、旭二州，改洮陽(yáng)郡為臨洮郡，郡治美相縣，領(lǐng)11縣，在今縣境周?chē)陀忻老唷⑴R潭（本名汎潭，廢址在今卓尼縣喀爾欽鄉(xiāng)羊巴村）、博陵（今羊永）、寧人（今卓尼縣城附近）等縣。后又將博陵、寧人二縣合并為當(dāng)夷縣（今臨潭新城）。
唐代，分天下為十道，以道統(tǒng)州，以州轄縣。卓尼縣境屬隴右道所轄。高祖武德元年（618年）廢隋臨潭故縣，復(fù)置博陵郡。二年于美相置洮州。太宗貞觀(guān)二年（628年）徙洮州及美相治于洪和城；貞觀(guān)五年仍改原美相縣為臨潭，洮州仍治于洪和城；八年徙洮州治于洮陽(yáng)川（疑今牛頭城），置洮陽(yáng)城。仍于舊洪和城置美相縣，隸洮州。開(kāi)元十七年（729年）廢洮州并入岷州，于原州西磨禪川置神策軍鎮(zhèn)守（今迭當(dāng)什村有遺址）。玄宗開(kāi)元二十年以臨潭置臨州，二十七年復(fù)改為洮州。天寶元年（742年）又改為臨洮郡，領(lǐng)臨潭（郡縣同治）、密恭、美相諸縣及安西府。肅宗乾元元年（758年）又改臨洮郡為洮州，仍治臨潭。這一年整個(gè)洮西地域均陷于吐蕃。州縣俱廢，縣境均屬吐蕃統(tǒng)領(lǐng)。
五代時(shí)期共歷53年，縣境仍屬吐蕃。后來(lái)吐蕃因內(nèi)亂而分裂，大小部落互不統(tǒng)屬，形成割據(jù)局面。后唐明宗長(zhǎng)興四年（933年），朝廷利用洮州地區(qū)蕃漢民眾思慕華夏統(tǒng)一的有利時(shí)機(jī)，派重兵收復(fù)洮西，升洮州為保順軍，并以保大軍節(jié)度，旋即又失。
宋代初期仍襲唐制，至宋太宗至道三年（997年）始分全國(guó)為15路，分領(lǐng)府、州、軍、監(jiān)。神宗熙寧六年（1073年）收復(fù)洮西，于今臨潭縣治舊城設(shè)洮州，縣境屬之，隸熙河路。旋即棄之不守。熙寧九年，又于今縣境東部設(shè)滔山監(jiān)，轄今岷縣以西及縣境東部地區(qū)。徽宗大觀(guān)二年（1108年）又收復(fù)洮西，仍設(shè)洮州。三年升洮州為團(tuán)練州，縣境屬之。北宋時(shí)縣境除數(shù)年歸宋轄領(lǐng)外，均屬吐蕃角廝啰政權(quán)統(tǒng)治。
金代，分天下置19路，縣境屬其臨洮路洮州所轄。
元代在全國(guó)設(shè)行中書(shū)省，行省下設(shè)路、府、州、縣。元初縣境為總制院轄地，隸屬于吐蕃等處宣慰司脫思麻路洮州所領(lǐng)。至元二十五年（1288年）改總制院為宣政院，縣境大部改屬河州路洮州可當(dāng)縣轄地。縣境東南邊緣的西尼溝等處屬岷州；東部的洮硯等處歸鐵州；藏巴哇一溝則屬于陜西行省鞏昌路臨洮府狄道縣趙土司所轄，趙曾于此設(shè)上、中、下三砦分土兵。
明代改行省為布政使司，下領(lǐng)府、州、縣。洪武四年（1371年）置洮州軍民千戶(hù)所，縣境地域均屬之，后于洪武十二年升所建衛(wèi)，隸陜西都司。又于岷州設(shè)洮岷兵備道，兼分巡道，統(tǒng)洮、岷二衛(wèi)及西固、階、文三千戶(hù)所，漳、成二縣軍務(wù)。時(shí)縣境分屬卓尼、舊洮堡二寨。明永樂(lè)十六年（1418年），朝廷授卓尼吐蕃后裔頭人些地為土官指揮僉事，管理部分番族部落。正德四年（1509年）些地玄孫旺秀入朝，皇帝賜姓名為楊洪，仍襲職土官指揮僉事，準(zhǔn)卓尼建置軍民千戶(hù)所，實(shí)授土千戶(hù)（《明實(shí)錄》），準(zhǔn)其世襲，隸屬洮州衛(wèi)，由陜西都司鞏昌府所轄。
清代，乾隆時(shí)改衛(wèi)為廳，土司仍沿明制。至道光二十年（1840年）時(shí)，卓尼土司轄境除今縣境外，還有今迭部全境，舟曲、臨潭、岷縣部分轄地。東至岷州歸安里，南至階、文、西固及四川松潘，西至洮州作蓋，北至河州邊墻關(guān)隘。有16掌尕，48旗，520族，15000戶(hù)，近10萬(wàn)人。
中華民國(guó)于1912年建立，1913年廢府、州、廳建置，代之以省、道、縣制。甘肅省政府作出了取締土司制度的決定，縣境歸臨潭縣統(tǒng)領(lǐng)。但此時(shí)的卓尼土司，至清道光朝以來(lái)，已擁有大半個(gè)甘南的轄地，不僅使當(dāng)時(shí)的臨潭縣無(wú)法統(tǒng)馭，即就是民國(guó)政府改土歸流的政策也未動(dòng)搖土司的統(tǒng)治地位。1932年，改土司衙門(mén)機(jī)構(gòu)為洮岷路保安司令部（軍政合一機(jī)構(gòu)）。1937年，“博峪事變”爆發(fā)，卓尼設(shè)治局成立，縣境進(jìn)入“流”（設(shè)治局）“土”（保安司令部）并存的過(guò)渡性政權(quán)形式。1944年北山事件中，洮岷路保安司令部接受整編，設(shè)治局力量得以加強(qiáng)。第一個(gè)非土司制的國(guó)家行政建置始在卓尼立足，與兼理軍政之洮岷路保安司令部并駕齊驅(qū)，隸屬于甘肅省第一行政督察區(qū)，專(zhuān)員公署設(shè)于岷縣。
中華人民共和國(guó)于1949年10月1日成立。成立前夕的9月11日，國(guó)民黨洮岷路保安司令楊復(fù)興率卓尼黨、政、軍、警起義，實(shí)現(xiàn)了和平解放。于9月14日成立軍事管制委員會(huì)，接管卓尼設(shè)治局、國(guó)民黨卓尼黨部、三青團(tuán)區(qū)隊(duì)部和參議會(huì)等機(jī)構(gòu)。1950年10月1日，中國(guó)共產(chǎn)黨卓尼自治區(qū)工作委員會(huì)和卓尼自治區(qū)行政委員會(huì)成立，隸屬甘肅省岷縣專(zhuān)區(qū)。同時(shí)，楊復(fù)興宣布在卓尼廢除土司制度。1953年10月1日，成立卓尼縣，隸屬甘肅省甘南藏族自治州。1958年12月31日，卓尼與臨潭合并，撤銷(xiāo)卓尼縣建置，稱(chēng)臨潭縣，治所設(shè)舊城。1961年12月25日，國(guó)務(wù)院決定恢復(fù)卓尼縣建置。
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