這座牌坊建于明代萬歷十四年（1586），一舉成為南京歷史上含金量最高的文化地標。在華夏漫漫五千年歷史上，能夠以“天下文樞”之名立坊書額的，獨有南京一地。
在我國偌大的版圖上，南京不僅是一座自然山水名城，而且是一座歷史文化名城。而十里秦淮便是這座城市中的文化核心區域。在這里，儒家文化的繁榮，多元文化的激蕩，二者相互交融，各呈精彩。
南京是中華的文教福地。久遠的漢代已在此置學。東晉咸康三年（337），成帝在秦淮水南建立太學，即當時最高學府。南唐又在秦淮水北建立國子監。北宋景佑元年（1034），江寧知府陳執中將夫子廟遷到今址。元至元十二年（1275）改名集慶路學。元至正二十五年（1365），朱元璋剛打下南京，下令將原集慶路學改為國子學，即明初最高學府。后國子學移至城北，夫子廟改應天府學。此后，上元、江寧兩縣縣學坐落于此。概而言之，秦淮河北岸先后建有太學、國子監、國子學、府學、縣學、書院等官學，南岸則建有星羅棋布的社學、義塾和蒙館。千載之下，兩岸書香縷縷不絕，儒風浩蕩。
六朝以來豐富燦爛的多元文化薈萃于此；明太祖定都南京，乃為全國文化中心，即使遷都仍為政治上的“陪都”，但文化上繼續處于“中心”地位；作為第二京都的南京，許多文人名士、失意官員聚集于此，他們會合秦淮鄉賢世家大興結社之風，團伙結盟，一時詩社、詩派百花爭艷。可見在封建皇權極其森嚴的社會，南京夫子廟出現“天下文樞”現象應是歷史的必然。
