第一次叛亂
隆安元年（397年），王國寶被司馬道子升為尚書左仆射，更將東宮兵皆交給王國寶統領。而王國寶厭惡王恭和殷仲堪，于是勸司馬道子削其兵權。此舉卻令全國擾動不安，而王恭當時更整兵上表北伐，被司馬道子所阻。王恭亦于此時決心起兵誅除王國寶，于是派使者聯結荊州刺史殷仲堪。而當時桓玄知王恭不滿朝政，而他亦圖借殷仲堪之力量建功立業，于是力勸殷仲堪推王恭為盟主，起兵討伐王國寶。殷仲堪當時謀結郗恢及任南蠻校尉的堂兄殷融，但二人皆不同意，于是殷仲堪猶豫不決，但王恭使者的到來令殷仲堪決定響應王恭。王恭知殷仲堪支持自己后大喜，于當年四月甲戌日正式上奏王國寶罪狀，起兵討伐。當時王恭亦引北府軍將領劉牢之為司馬。
次日，建康收到王恭的上表，內外戒嚴，王國寶十分惶恐，不知可作什么。而王緒則勸王國寶假傳司馬道子命令召王珣和車胤到來并誅殺，以除時望，并挾晉安帝和司馬道子出兵討伐王恭和殷仲堪。不過，王國寶召來二人后卻向二人問計，王珣于是以王國寶與王恭本無私怨，如此僅是權勢利益的問題的結果，要王國寶解兵投降；而車胤亦稱若王國寶派軍對抗王恭，王恭堅守京口而殷仲堪東下，二人夾擊，王國寶將難以對抗。王國寶聽后更恐懼，于是上請解職并赴朝堂待罪。但王國寶很快就后悔，又假稱詔名官復原職。而在此時，司馬道子為求平息亂事，于是將罪責都推諉給王國寶，并遣譙王司馬尚之收捕王國寶，于甲申日賜死王國寶并處決王緒，又遣使向王恭致歉。王恭于是罷兵回鎮京口。
而在荊州的殷仲堪卻以荊州道遠、形勢不接而一直沒有任何行動，直至得悉王國寶死后才開始軍事行動，但司馬道子寫信阻止后，殷仲堪也就罷軍了。第一次叛亂至此完結。
第二次叛亂
王恭第一次舉兵逼得司馬道子犧牲王國寶以了事，亦令司馬道子對王恭和殷仲堪的勢力十分忌憚，于是引用了有才略的司馬尚之和司馬休之兄弟為心腹。而司馬尚之勸司馬道子多樹藩鎮以對抗王、殷勢力，司馬道子于是在隆安二年（398年）以其司馬王愉為江州刺史。當時司馬道子將原本由庾楷都督的豫州四郡劃了給王愉都督，令庾楷十分不滿，于是上表稱豫州與北方外族政權接壤，不宜分由二人都督。但司馬道子拒絕收回命令，由是令庾楷憤怒。
憤怒的庾楷派了兒子庾鴻勸王恭起兵討伐司馬尚之兄弟，以防他們假借朝權削弱藩鎮的圖謀得逞。王恭同意，于是通告殷仲堪和新任廣州刺史的桓玄，二人亦推桓玄為盟主，刻期同取建康。司馬道子得悉庾楷與王恭共謀起兵，試圖勸服對方，但庾楷堅持，更指當日司馬道子因不能抵抗王恭而犧牲王國寶以求了事，令他不敢為其盡心效命。朝廷知庾楷不能被勸服，于是內相憂懼，內外戒嚴。
當時殷仲堪以斜絹寫書并藏于箭干之中，借庾楷手交給王恭以避過江津要地巡邏兵卒的檢查。不過王恭收到時因絹布歪斜而令字跡難以辨認由誰所寫，王恭自疑是庾楷假造的，更以第一次叛亂時殷仲堪沒有行動，于是首先行動，于七月上表討伐王愉和司馬尚之兄弟，又派何澹之和孫無終率兵至句容。不過殷仲堪其實見王恭第一次叛亂后聲望大增，認為王恭必勝；而且自己在當時也沒有什么行動，于是積極參與，先遣楊佺期率五千水軍與桓玄作前鋒，自己則領二萬兵在后，一直沿江東下。
桓玄與楊佺期一直東下，至八月到達湓口，新到州的王愉因沒作準備而出逃臨川但被桓玄偏師所俘。九月辛卯日，朝廷加司馬道子黃鉞，以會稽世子司馬元顯為征討都督，以王珣、謝琰討王恭、司馬尚之討庾楷。至己亥日，庾楷于牛渚大敗給司馬尚之，被逼投奔桓玄。但至乙巳日，桓玄在白石大敗朝廷軍隊，并與楊佺期進兵橫江，司馬尚之退走而司馬恢之的水軍全軍覆沒。朝廷軍于是分守石頭城和建康附近以作防備。
而王恭當時亦因逼司馬道子誅王國寶的事而感到十分威風，亦因他自負其才能和門閥地位，對倚靠作爪牙的劉牢之待遇不厚，僅當他是普通將領看待。不過劉牢之對此其實十分憤恨，司馬元顯于是派了同為北府軍將領出身的高素去游說劉牢之，并許事成后以他接任王恭的本職，劉牢之于是答應。當時王恭從何澹之口中得知劉牢之意圖叛變，但王恭以他們二人之間有私怨而不信，但及后就與他結為兄弟，并將手下精兵交給他，命其為前鋒進攻建康。然而，劉牢之至竹里就叛降朝廷，派劉敬宣和高雅之倒戈攻伐王恭。
當時王恭正在出城打算閱兵，就被劉敬宣截擊，部眾潰敗。王恭打算返回城內時又發現城門已被高雅之關上，唯有騎馬逃奔曲阿，但又因不習慣騎馬而令大腿內側長了瘡，碰巧遇著故吏殷確，以船打算送王恭到桓玄那里。到長塘湖時，因被人告發而被捕。王恭被捉殺頭。
王恭死后，楊佺期等沒有離去，反已進兵石頭城，司馬元顯命丹楊尹王愷至石頭城抵抗。不過此時劉牢之率兵入赴建康，嚇得楊佺期和桓玄退還蔡州。雖然二人后撤但仍接近建康，而殷仲堪大軍亦在蕪湖，因朝廷對荊州軍隊的虛實并不清楚，故此內部十分憂慮。而左衛將軍桓脩當時就向司馬道子建議利誘桓玄和楊佺期二人，令其倒戈背叛殷仲堪。司馬道子聽從并以桓、楊二人分別任江州和雍州刺史，而由桓脩代殷仲堪為荊州刺史，貶殷仲堪為廣州刺史。殷仲堪知道后大怒，下令桓玄等進攻，只是桓玄心中卻想接受，猶豫未決；而殷仲堪亦聽聞楊佺期也想接受朝命，于是因畏懼而后撤。桓玄等亦狼狽西退，至尋陽與殷仲堪相遇，并結成聯盟，以桓玄為盟主，皆不受朝命，并為王恭申冤和求誅劉牢之和司馬尚之。朝廷對此十分忌憚，唯有罷去桓脩官職并讓殷仲堪復職，更下詔慰問，尋求和解。最終楊佺期、桓玄和殷仲堪皆接受朝命，各還所鎮。第二次叛亂平息。
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