一到冀中，王奇才立即展開工作。那時到冀中工作的既有老紅軍，又有剛投身革命不久的學生，如何把這些同志分配到適當崗位工作，是他反復要考慮的事。每次有人來報到，他都熱情地接待，與之促膝談心、了解他們的近況、想法，對于他們提出的問題總是耐心地解釋，使得這些同志都能滿意而去。
有一次，一個學生對分配他去當政治委員有想法，王奇才就跟他擺事實、講道理，把那位學生說得口服心服而去。王奇才的記憶力相當好，一次有位新同志來報到，當得知他的姓名后，就關心地問：“聽說你不久前病了，現在可好了些嗎？”那同志很驚訝，同時也感到心里暖洋洋的。
就這樣，冀中軍區的組織工作、干部工作做得有聲有色。許多人把組織部當作“干部之家”。
1941年，冀中抗日進入最艱苦嚴峻的階段。上半年，日軍對冀中區展開全面的“蠶食”進攻，把占領點、線擴展為面，以“蠶食”結合“掃蕩”，步步壓縮抗日根據地。這一年，日軍華北派遣軍總司令易人，上任的岡村寧次提出“治安強化”的戰略方針，開展所謂“三分軍事，七分政治”，集軍事、政治、經濟、交通、特務為一體的“總力戰”。另一方面，國民黨頑固派經常攻打冀中根據地。冀中平原抗日根據地處于日軍和國民黨頑軍的包圍和夾擊之中，形勢嚴峻。冀中平原抗日軍民奮起反擊，廣泛開展游擊戰爭，與敵人寸土必爭，擴大根據地，縮小敵占區。
1941年5月和6月兩個月的反“掃蕩”中，冀中部隊共作戰272次，擊斃日偽軍3891名，擊傷日偽軍7521名。在反“掃蕩”中，王奇才有時一天之內打好幾仗，常常一馬當先，身先士卒，參加指揮了冀中軍區組織的任（丘）河（間）大(城)肅（寧）戰役，利用破擊戰，拔掉敵人20多個據點，擊斃日偽軍1500多人，有力地配合了“浹靈戰役”的作戰行動。
太平洋戰爭爆發后，日本侵略軍急欲變華北為其所謂“大東亞戰爭”的兵站基地，企圖首先確保冀中，于是派岡村寧次糾集5萬多兵力，從1942年5月1日起，對冀中地區進行了空前殘酷的大“掃蕩”，實行“燒光、殺光、搶光”的“三光”政策，使冀中部隊遭到極大損失。為保存有生力量，冀中主力部隊和黨政軍機關不得不準備突圍。王奇才隨部出發，轉戰冀中，時西時東，忽南忽北，后被日軍團團圍住，情況萬分危急。由于日軍在人數及火力上占有絕對優勢，冀中八路軍主力只得化整為零，包括軍區機關在內的所有部隊均分散成連、排級單位行動，開始突圍作戰。在呂正操將軍的指揮下，王奇才率部奮力沖殺，終于突出日軍的鐵壁合圍轉向外線，冀中區暫時變成了敵占區和游擊區。
1943年，王奇才任第九分區副政治委員兼中共第九分區地委代書記。敵人為了達到其總的戰略目的，進一步強化其所謂“軍事、政治、經濟、文化四位一體的總力戰”，極力采取點、線、溝、墻相結合的堡壘政策，然后逐區、逐塊進行“清剿”“剔塊”，致使我方上下級聯絡極為不方便，各分區只能依靠自己指揮抗擊日偽。一身兼兩職的他既要管軍分區的工作，又要做地方工作，工作極為繁忙。
為了抗擊日偽的“清剿”，王奇才下大力氣建設地區隊(小團)和縣小隊、武工隊，領導部隊利用地道戰、地雷戰、麻雀戰等許多戰法，襲擊敵人的據點、清除漢奸賣國賊；同時，還在第九分區大打人民戰爭，高舉黨的“抗日救亡”的旗幟，團結一切可以團結的人，包括一些中小地主在內；對偽組織進行攻心戰，把這些偽組織變成“白皮紅心”兩面組織，為抗日斗爭服務，應付敵人，把敵人“蒙在鼓里”，使其變成聾子、瞎子，到處瞎撞；帶領群眾挖地道備戰，對鬼子實行堅壁清野。在他的帶領下，第九分區的游擊抗戰搞得有聲有色。
由于敵強我弱，王奇才經常帶領部隊穿著便衣，平時分散活動于群眾之中，游擊于敵人的堡壘之間。人民群眾是部隊的真正靠山，沒有人民群眾的大力支持，部隊就無法生存，為此，他嚴格要求部隊，要他們時時處處遵守“三大紀律、八項注意”，保護群眾利益。農忙時他就帶領部隊幫助耕種；麥收時幫助收成、打曬，武裝保護麥收，將糧食“堅壁”起來，防止敵人搶掠；當群眾的房屋被敵人燒毀時，又主動幫助群眾搶修房屋。因而部隊在群眾眼中是自己的子弟兵，關懷備至，一有敵情就會馬上報告，令敵人找不到、追不上。
兩年過去了，冀中抗日根據地有了很大的發展。1944年9月，黨中央鑒于根據地擴大和斗爭形勢的需要，指示中共晉察冀分局和晉察冀軍區建立冀晉、冀察、冀中、冀熱遼4個區黨委、行署和二級軍區，冀中區仍包括晉察冀軍區的第六、七、八、九、十專區和軍分區，任命楊成武任司令員，王奇才被任命為冀中軍區政治部副主任。上級要求冀中軍區鞏固和發展冀中平原抗日根據地，積極準備戰略大反攻。
怎樣重建冀中軍區呢？情況雖比1943年前有很大改變，但是垂死的敵人仍很瘋狂，敵人的據點、碉堡仍遍布各條交通線，封鎖交通、分割根據地。為了摸情況，王奇才與軍區司令員楊成武及其他領導經常穿著便衣，騎著自行車，從一個分區到另一個分區，從一個村到另一村，在敵人的封鎖線和堡壘群中穿來穿去；夜晚，就住在“堡壘戶”家，常常跟日本鬼子的指揮機關、日本鬼子的部隊住在同一個村子里。
那時軍區機關相當精干，軍區政治部只有二三十人，下設組織部、宣傳部、保衛部和敵工部（與地方黨委敵工部門合在一起辦公)，各部只有一個部員（以后改稱部長）和幾個干事，此外，直屬隊還有前線報社和劇團。由于敵人“掃蕩”規模大、持續時間長，原先冀中軍區的很多干部被沖散或被俘，甚至被抓到東北當勞工。而恢復軍區需要大量的干部，因此，正確對待干部，大膽使用干部，發揮干部的作用是個關鍵。當時黨中央和晉察冀軍區定了一條原則：即在冀中這種特殊情況下，分散回家的干部，除個別投敵叛變者外，應盡量爭取他們回到革命隊伍中來。這樣，甄別干部、審查干部就成了政治部的首要工作。王奇才堅決執行中央定的原則，認真審查歸隊的干部，及時弄清情況，盡量多團結一些同志。
由于能夠大膽使用干部，爭取到很多革命同志，動員起千千萬萬群眾，冀中軍區的革命隊伍發展很快，根據地也迅速發展起來。
為了迅速提高部隊軍政素質，形成戰略反攻中的拳頭力量，冀中軍區決定對部隊進行整訓。經過軍事、文化等整訓后，部隊的戰斗力有了顯著提高，士氣也更加高昂。
1945年春天，王奇才率部參加了冀中春季攻勢。這次攻勢，戰斗規模比以往大多了，經常是幾個團甚至十幾個團配合行動，戰果也赫然可觀。從4月到5月末的春季攻勢，連續解放了任丘、河間、新鎮、文安、饒陽、安平、深縣等8 座縣城。使大清河以南、滄石路以北、子牙河以西、潴龍河以東的原冀中腹心地區完全光復，連成一片。春季戰役結束后，僅僅休息了一周，6月4日他又帶領部隊參加了夏季攻勢。首戰子牙河，次戰觀流，將支持河東敵偽的精銳——淮鎮日軍三四百名擊潰，斃敵青木大隊長。后又相繼發動北辛莊戰斗、獻縣攻擊戰，打開了進攻天津和北平的通路。8月，正當夏季攻勢如火如荼地開展的時候，全國各抗日根據地的捷報如雪片似地飛來。此時，國際局勢也發生了急劇的變化：8月8日，蘇聯宣布對日宣戰，百萬蘇軍進人我國東北；8月10日，傳來“日本政府發出乞降照會”的消息。喜訊傳來，冀中軍區都沸騰起來，口號聲、鑼鼓聲、歡呼聲響徹各個營地。
不久，朱總司令下達了大反攻的命令，冀中軍區立即在肅寧縣的大官廳召開團以上干部會議。楊成武司令員下達了執行毛澤東主席“對日寇的最后一戰”的命令。8月，楊成武司令員在河北省霸州市勝芳鎮萬人誓師大會上宣讀了《向天津進軍的命令》，開始總反攻。王奇才與軍區領導經過數日激戰，最終將日偽據點掃除得干干凈凈，收復了冀中各縣城，使冀中解放區達到了鼎盛時期，冀中人民沉浸在抗戰勝利的喜悅之中。
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王奇才，福建省上杭縣人，1955年被授予中國人民解放軍少將軍銜。（來源：紅色文化周刊）
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