巴拿馬最早的原住民是奇布查、加勒比等印第安部落。1513年哥倫布的助手到達了今天巴拿馬境內的一個小漁村并將其命名為巴拿馬（意為漁鄉、漁港）。1519年這個漁村被正式成為巴拿馬城，現已發展成為巴拿馬的首都。率先發現巴拿馬的西班牙人在這里建立起了殖民統治，當時巴拿馬在行政上隸屬于西班牙在美洲的新格拉納達總督轄區（包括今天的巴拿馬、哥倫比亞、厄瓜多爾、委內瑞拉以及巴西和秘魯的部分地區）。1806年新格拉納達總督區爆發了獨立運動：當時弗朗西斯科·德米蘭達在紐約糾集200多人的隊伍返回委內瑞拉發動革命，革命失敗后米蘭達逃亡國外。1810年已占領西班牙的拿破侖將自己的弟弟加冕為西班牙國王，加拉加斯的獨立派人士趁機廢黜了委內瑞拉總督并召開市議會宣布委內瑞拉獨立，米拉達回國成為革命領袖。與此同時波哥大也爆發了大規模反對西班牙殖民統治的暴動并逮捕了新格拉納達總督。1815年卷土重來的西班牙殖民者開始鎮壓新格拉納達的獨立運動，新格拉納達重新成為西班牙殖民地。1819年8月7日有著“南美解放者”稱號的西蒙·玻利瓦爾在博亞卡戰役大敗西班牙殖民軍，3天后西蒙·玻利瓦爾攻克波哥大，哥倫比亞宣布獨立。1821年6月西蒙·玻利瓦爾又解放了委內瑞拉。同年巴拿馬也在西蒙·玻利瓦爾的領導下獲得解放。1822年西蒙·玻利瓦爾攻入厄瓜多爾境內，至此昔日的新格拉納達總督轄區已完全被西蒙·玻利瓦爾解放。由于作為解放者的玻利瓦爾始終秉承南美統一的理念，于是哥倫比亞、委內瑞拉、厄瓜多爾和巴拿馬組成了大哥倫比亞共和國。
大哥倫比亞共和國自成立之日起就潛伏著解體的隱患：組成大哥倫比亞共和國的哥倫比亞、委內瑞拉、厄瓜多爾和巴拿馬都具有相當的自主性。1826年4月以派斯為首的委內瑞拉地方執政者要求單獨成立國家，在西蒙·玻利瓦爾的調解下分裂活動暫時被制止，但大哥倫比亞共和國的內部矛盾依然存在并相當尖銳。1828年5月8日哥倫比亞國民代表會議在奧卡尼亞召開，在這次會議上以玻利瓦爾為首的中央集權派同以桑坦德爾為代表的聯邦派在會議上發生了尖銳沖突，此后大哥倫比亞共和國內部各地方的分裂傾向日益明顯。1829年11月委內瑞拉退出大哥倫比亞共和國。1830年5月31日厄瓜多爾退出大哥倫比亞共和國。哥倫比亞及巴拿馬地區隨即于次年更名為新格拉納達共和國。1856年新格拉納達共和國更名為格拉納達邦聯，1863年又改稱哥倫比亞合眾國，此后直到1903年巴拿馬一直處于哥倫比亞合眾國治下。然而巴拿馬獨特的戰略地位很快就引起了外部勢力的覬覦：巴拿馬盡管只有7.55萬平方公里，但這里卻地處國際貿易的關鍵節點——早在大航海時代西班牙殖民者就利用巴拿馬地峽作為聯接大西洋和太平洋的交通中轉站，然而這樣做存在的問題在于：大西洋上的船隊無法直接進入太平洋，而只能將貨物經由地峽中轉后再在太平洋起航，反之太平洋上的船只自然也無法通過巴拿馬地峽進入大西洋，在那個年代國際海運還不得不從南方的麥哲倫海峽繞一個大圈，而在那個交通條件落后的年代里經過巴拿馬地峽的陸路交通基本完全依賴于人力，其運力遠遠無法和海運相比，因此很早就有人構思在巴拿馬地峽開鑿一條聯接大西洋和太平洋的運河。
進入19世紀后隨著技術手段的提升就使這一構思日漸清晰成熟起來：1879年曾在埃及主持開鑿蘇伊士運河的法國外交官斐迪南·德·雷賽布出任巴拿馬運河公司董事長，兩年后巴拿馬運河工程正式開工。然而這一工程從一開始就困難重重：巴拿馬地區潮濕的氣候帶來的瘧疾、黃熱病肆虐造成大量工人死亡，與此同時巴拿馬運河公司內部還存在著資金賬目不清的問題。1889年公司高層挪用工程款的丑聞被揭露出來，此時法國人已在巴拿馬運河工程中投入20億法郎，卻不得不眼睜睜看著巴拿馬運河公司因缺乏資金周轉而破產。巴拿馬運河工程就這樣在法國人手里成了一項爛尾工程，然而另一個國家正躍躍欲試想要取代法國人在巴拿馬運河區的地位——這個國家就是美國。長期以來美國就推行將美洲各國納入自己勢力范圍之內的門羅主義政策。所謂門羅主義是因1823年美國第5任總統詹姆斯·門羅在國會的演說而得名——在這次演說中門羅提出“我們對歐洲國家將其制度擴張到西半球任何地區的所以企圖都視為對我們的和平與安全的危害。我們不曾也不會干涉任何歐洲國家的現存殖民地或屬地，但對那些已宣布獨立并在維護其獨立，而我們基于偉大動機和公正原則承認其獨立的國家，任何歐洲國家為壓迫它們或以任何其它形式控制它們命運而進行的任何干涉，我們不能不視為對美國不友好的表現”。門羅主義承諾美國不干涉歐洲各國的現存殖民地事務（包括歐洲國家在美洲的殖民地），但與此同時要求歐洲各國不得再在美洲進行殖民擴張活動或干涉已獨立的美洲國家事務，這其實是美國將美洲視為自家后院的宣言。巴拿馬運河一旦建成可以大大縮短美國東西海岸之間的航運距離，這不僅將帶來可觀的經濟效益，也將扮演美國控制美洲各國的中樞角色，具有無比重要的戰略意義。正因為如此，所以美國極力想要將巴拿馬運河區控制在自己手中。然而哥倫比亞方面對美國試圖控制整個美洲的野心有所忌憚，為實現制衡美國的意圖竭力引入英、法等國勢力介入這一地區。于是美國決定踢開哥倫比亞，轉而支持巴拿馬獨立——顯然在美國眼中作為小國的巴拿馬比哥倫比亞更好控制。1903年11月3日美軍在巴拿馬登陸，只用了幾小時就迫使當地的哥倫比亞軍隊放下武器，巴拿馬的獨立派人士隨即在美國的策動下宣布成立巴拿馬共和國。
