建立科學合理的農業土地用途分類與管制制度，有效的流轉中介服務機構和信息平臺，統一的土地權利登記機構和登記制度
我國農村土地流轉是一項基礎性的制度，其制度創新的難點，并不在于設計一套流轉規則，而是難以逾越現行法律的制約。創造更多的土地權利類型，是創新農村土地流轉制度的關鍵。
現行的以農民生存保障為基礎建立的農村承包土地經營權，以農民的生存保障為基礎，以社會公平的價值理念為目標，這本來就不是以市場交易為目標而設計的。因此，現行的農村土地承包經營權的流轉，很難逾越法律上的四個障礙：
一是與公司法中有限責任公司股東人數最高限制相沖突。我國公司法規定的有限責任公司股東最多不超過50人，但許多集體經濟組織以承包土地使用權為核心的股份制改造，其土地承包經營權的集體成員，遠遠不止50人。
二是與公司法中不得撤回投資的原則相沖突。土地承包經營權人將土地使用權作價入股，僅限于30年承包期的土地承包經營權扣除已經使用的年限后的剩余年限的權利。本輪土地承包期屆滿，另一輪土地承包重新配置土地權利時，承包土地必須依法在重新配置權利時的集體成員中重新進行分配。因此，依據公司法運行的權利與依據土地承包法運行的權利始終無法對接。
三是與公司法的出資規定相沖突。按照《公司法》的規定，公司注冊資本的實物出資應有一定的比例限制，現金資本一般不低于30%，而現行多數農村集體經濟組織的股份制改革，幾乎全部以土地承包經營權實物形態出資。
四是與土地管理法耕地的特殊保護原則相沖突。我國土地管理法嚴格的農業土地用途管制法律規定，使農村以土地承包經營權為核心的股份制企業無法像一般企業依法承擔民事責任，一旦企業破產或者其他原因產生清算，農業土地會按規定無條件還給農民耕種。即使是采取抵押的流轉方式，也由于對土地承包經營權的諸多限制而導致實際上難以將承包土地用于抵償債務。上述種種問題表明，土地使用權的可交易性及其可交易程度較低。因此，建立農村土地使用權流轉制度的關鍵，在于設計一些能夠真正自由流動的、符合交易法律特征的、能夠促進交易繁榮的農村土地使用權的權利類型，以替代目前并非以自由流轉為目的而設立的承包土地經營權。我國三農問題的解決，最終需要設計一種有效率的農業土地利用制度，所以我們才不遺余力地通過建立土地流轉法律制度，以實現土地利用的效率目標。但是，我們務必清醒地認識到：一個以“效率”為目標的農村土地流轉法律制度，必須以土地的農業種植用途為前提。這是一個涉及國家糧食安全甚至政治安全的大是大非問題。一些地方政府所推崇的承包土地經營權流轉的成功范例，大多都以舍棄土地的農業種植用途為代價，這是極其令人擔憂的。創新農村土地使用權的權利類型，需要做好一些基礎工作。首先要建立一套科學合理的農業土地用途分類與管制制度。
在人們越來越重視土地經濟價值的社會背景下，土地的用途與經濟效益直接相關。因此，各國的土地法都將用途管制作為促進土地流轉的一項基礎性制度。我們的立法與決策之所以不敢徹底放開我國農村土地使用權的流轉，其根本原因就在于缺乏一個完善與發達的用途管制制度。用途分類愈科學窮盡，用途變更規則愈完備細致，我們也就越不至于擔心靈活的農村土地流轉會產生不良的社會問題，也就不必再采用設置過多的流轉程序與繁瑣手續再反過來限制流轉。同時，也只有在完善的用途管制法律制度下，才能真正地避免農村土地流轉改革成為“圈地運動”，才能使農村土地流轉制度的改革實踐真正成為惠及農民的“惠民工程”。其次要建立一個有效的流轉中介服務機構和信息平臺。
一個真正繁榮的農村土地流轉市場，必然有與之相適應的市場中介服務體系和信息平臺。一個完善、發達的農村土地流轉信息平臺，可以將城市的資金、技術、人才、項目等市場要素和資源與農村的農業土地使用權迅速、有效地連接起來，實現各種資源要素在城鄉之間的優化配置與整合。因此，這個信息平臺應當是一個：開放性的，范圍不僅限于一個地方的，各種信息盡可能豐富系統的，傳遞速度準確快捷的信息平臺。第三，還應確立一個統一的土地權利登記機構和登記制度。
農村土地權利登記，是承包土地使用權流轉的基本要求，一個完善的土地權利登記制度，反過來又能促進土地使用權的流轉。土地作為典型的不動產，已經十分依賴權利登記制度的完善，而我們試圖建立城鄉一體化的農村土地流轉市場，就更加需要一個完備的土地權利登記制度。目前，重慶等地城鎮房地產登記制度已經建立并完善，但農村土地及房地產權利登記尚屬空白。因此，建立一個完備的農村土地及房地產權利登記制度勢在必行。
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