各種我們常見的有益微生物的種類主要有如下：
芽孢桿菌
芽孢桿菌，主要由枯草芽孢桿菌和地衣芽孢桿菌成分。芽孢桿菌能夠分泌胞外酶系，降解淀粉、葡萄糖、脂肪、蛋白質、纖維素、核酸、磷脂等大分子有機物和小分子有機物及無機物，適應性強，咸淡水環境、PH3~10、溫度5℃~45℃均能繁殖，兼好氣和厭氣雙重代謝機制，產物無毒害。
1）放苗前使用芽孢桿菌放苗前施用芽孢桿菌，通過芽孢桿菌降解轉化池塘中的有機物，提供營養元素培養浮游微藻，優化水環境和培養活餌料，促使有益菌繁殖為優勢菌群，并且有效抑制有害菌繁殖。
2）養殖過程定期施用芽孢桿菌養殖過程所產生的代謝產物，尤其大分子有機質，如對蝦的糞便、殘餌、浮游生物尸體等要依靠化能異養有益菌進行降解轉化，所以要保持有益菌的優勢地位，需要定期施加芽孢桿菌。
光合細菌
光合細菌是一類有光合色素，能進行光合作用但不放氧的原核生物，能利用硫化氫、有機酸做受氫體和碳源，利用銨鹽、氨基酸、氮氣、硝酸鹽、尿素做氮源，但不能利用淀粉、葡萄糖、脂肪、蛋白質等大分子有機物。在養殖池塘中使用光合菌能夠吸收養殖水體的氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫等有害因子，減少水體富營養化程度，平衡單胞藻類藻相，調節PH。
1）養殖過程中有效使用光合細菌
養殖過程中出現浮游微藻繁殖過度、氨氮過高、陰雨天氣等情況時，使用光合細菌，光合細菌能通過光合作用可以吸收利用水體營養，在浮游藻類過度繁殖時能與浮游藻類爭奪營養來防控微藻過度繁殖，減少水體富營養化，在陰雨天氣時，可以替代浮游藻類進行光合作用來凈化水質，并且光合細菌可以快速利用氨氮，水體氨氮過高時使用光合細菌能夠起到緩解作用。、
乳酸菌
以乳酸菌為主導菌群，乳酸菌可以降解、轉化大分子有機物，也可以吸收小分子有機物和無機物，在養殖池塘使用，可以分解有機物，平衡浮游藻類繁殖，吸收水體氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫等，起凈化水質作用。
1）養殖過程中使用乳酸菌作用
養殖過程中，水質老化，有機物多，亞硝酸鹽高、PH過高等，養殖過程水體泡沫偏多使用乳酸菌可以有效降低水體泡沫。使用乳酸菌可以利用溶解態有機物，如有機酸、糖、肽等，而且可以降解亞硝酸鹽，使水質清新，乳酸菌代謝過程產酸，可以降低水體PH的作用。
硝化細菌
硝化細菌在養殖過程中可以吸收、利用池塘中的氨氮、亞硝酸鹽，針對性的解決因有機物過多引起的氨氮、亞硝酸鹽超標的問題。
1）養殖過程中硝化細菌的作用
養殖到中后期，含氮的有機物積累，在溶氧不足的情況下，水體氨氮、亞硝酸鹽升高，使用硝化菌可以降解有機物，使硝化、反硝化過程順利進行，能夠從源頭控制氨氮、亞硝酸鹽的含量。
