在蘇聯時代，這兩個中亞國家都是加盟國，蘇聯憲法規定，各個加盟國享有主權國家地位，可以獨立行使國家權力。
但是，隨著后來蘇聯國內和國際形勢變化，各加盟國共和國主權地位從未得到真正實現。
所以，蘇聯時期，不管是在理論上還是實際上，吉爾吉斯斯坦和烏茲別克斯坦都不是主權民族國家，而是蘇聯的兩個行政區。
這樣一來，兩國的邊界，實際上也是一般意義上國內行政區之間的劃界限，并不具備國界的功能。
兩國之間的邊界誕生于1924年10月，在此之前，兩國都屬于沙俄時期在中亞建立的突厥斯坦總督區，后來蘇聯在經濟發展計劃中將中亞視為一個整體來設計電力、天然氣、灌溉、交通等網絡。這樣一來邊界的劃定同樣也沒有對人員的往來和已經形成的社會關系往來造成影響。
雖然沒有造成太大的沖擊，但還是帶來了一系列的問題。
首先，民族觀念開始產生和發展。
1920年，列寧指示突厥斯坦政府繪制當地民族地圖，標明烏茲別克人、吉爾吉斯人（后來的哈薩克人）和土庫曼人的分布情況時，由于沒有提及卡拉-吉爾吉斯人（后來的吉爾吉斯人）、塔吉克人和突厥人，從而引起了這些沒有提及民族的不滿。
在劃界之前，吉烏兩族之間差異更多體現在生活方式上，吉爾吉斯人主要在山區以游牧為生，而烏茲別克人主要在費爾干納盆地和其他綠洲過著定居生活。
由于當時交通條件和通訊方式落后，人們主要與生活在周圍的人產生社會關系，所以人們更多的是對自己所屬部族的認同，而民族觀念淡漠。
但是1924年劃界后，當地的部族領導開始用“民族”這個詞來描述人們之間語言、經濟和族群上的差異，再加上官員、學者、作家和當地精英的宣傳，“民族”一詞知名度越來越高，民族意識也隨之增強。
其次，邊界的人為劃分造成了邊界的爭議和“飛地”的產生、邊界的劃分本來是一項非常細致的工作，但劃界前沒沒有認真細致的準備，且在短時間內就匆匆完成了。
這使得兩國之間的邊界與傳統居住區并不一致，烏茲別克人的費爾干納盆地邊緣地區劃歸給了吉爾吉斯人管轄，形成了跨界民族。
劃界的另一個結果就是產生了“飛地”。烏茲別克在吉爾吉斯境內有4塊飛地，索赫、沙溪馬爾丹、塔什捷帕以及喬卡拉加恰。而吉爾吉斯在烏茲別克也有一塊飛地：巴拉特。
在蘇聯時期，由于邊界屬于內部行政區之間的分界線，所以“飛地”的存在并未對吉烏關系造成多大影響，但是吉烏獨立后，邊界和“飛地”成了兩國爭議的焦點之一。
當然不止這個問題，更嚴重的是水資源的爭端。
吉爾吉斯斯坦93%的領土是山地，海拔也比較高，所以導致約有8100平方公里的山區別冰川和終年不化的積雪覆蓋，占總面積的30%，這些冰川蘊水量大約為5800億立方米。
大量高山積雪和冰川孕育了很多河流，所以吉爾吉斯斯坦的水資源相當豐富！
烏茲別克斯坦嚴重缺乏水資源，領土內有大約60%的區域為沙漠或者嚴重沙化，典型的大陸性氣候和主要山脈和丘陵的地貌決定了它是一個嚴重缺乏水資源的國家。
吉爾吉斯斯坦有豐富的水，但又缺乏石油、煤炭和天然氣，沒水的烏茲別克斯坦，卻又擁有豐富的油氣資源。蘇聯時期，兩國之間共享水資源，經濟發展統一規劃沒有問題，但分家之后，各自之間的短板就凸顯了出來，嚴重制約了雙方之間的經濟發展。
2007年1月，烏茲貝克斯坦將供應吉爾吉斯斯坦的天然氣價格從每千立方米55美元漲到100美元。天然氣價格的大幅上漲迫使吉爾吉斯斯坦政府不得不加大托克托古爾等電站的發電量來盡量滿足冬天居民的用電需求。
而2007年夏天干旱，造成烏茲別克斯坦兩國間就水資源分配上的爭端，兩國關系瞬間惡化。到了2009年，烏茲別克斯坦把天然氣價格從100美元漲到了220美元，為此吉方決心在納倫河上修建更多的水電站。
這意味著烏茲別克斯坦的水更少了，于是烏方以停止天然氣供應威脅吉方，烏方停止天然氣供應后，吉國內天然氣上漲到了240美元，自此之后雙邊關系不斷惡化，陷入惡性循環。
因為資源、邊界的問題，雙方之間經常發生武裝人員滲入的情況，邊界沖突不斷。
總而言之，本來大家百年前屬于同一區域——突厥斯坦，但蘇聯劃分行政區域，以及強化民族概念的原因，使得最終獨立成兩個在資源上相互依存，卻又無法因利益走到一起而沖突的國家。
