在浩渺的太空之中，和平號正在例行運轉。在和平號的遠處，隱藏著一艘巨大的不明物體，虎視眈眈地監視著人類的一舉一動。這是來自外層空間的宇宙飛船，也在執行一項絕密的任務...
時值2012年，地球上的災難層出不窮，舉凡地震、風災、火災、空難蔓延世界各地。窮盡科學家的智慧也不能作出正確的判斷與預測，世界上的各個宗教界已經聯合起來共同懺悔祈福。人心思變、燒殺搶掠、痛苦哀號，遍及四方。
外星日志：地球第四紀的時候，還沒有任何生物，這時來自伊索（光音）星的外星人來到地球。開始科學研究，嘗試在地球實驗新型生物人種，于是用伊索星的基因分裂組合，創造出原始人類。這種人類被認為是實驗失敗的產物，因為不具有特異功能，不具有奴隸性，并且具備自我意識，脆弱、不堪負荷。本來實驗產物被列為銷毀程序，但是被一個科學家隱藏下來。因為這項實驗是一種突破，科學家認為這種生物可以超越伊索星生物的純潔性，具有無限開發的潛能。所有秘密被記錄在墨西哥大金字塔的最底層，實驗期限為十年（地球時間為200萬年）。
期限已到，外星人來到地球。結果發現當初美麗的星球已經千瘡百孔，人類被自私欲望掩蓋了純潔本性。戰爭、分歧、仇殺、占有使得實驗徹底失敗，外星科學家流下了眼淚。不得不親手摧毀整個星球的人類。
一位瑪雅人類學家已經研究墨西哥金字塔多年，并且發現了外星人的科學秘密。最終清楚2012年并非是世界末日，只是外星人重返地球的期限。
一位佛教僧人通過研究分析，佛經是記錄宇宙科學文化的百科全書，其中隱藏著人類起源的秘密，這些經典全部出自墨西哥大金字塔。他來到金字塔，發現大批消失的瑪雅人，正在金字塔祈禱。原來瑪雅人擔負起人類傳承科學文化的重任，是他們在外星遺跡上搭建了金字塔。將外星人的科學技術傳播到世界各地，諸如佛經、圣經等等。并且秘密派出文化使者，領導世界各地的宗教文化，這就是2500年前的佛陀、耶穌、孔子的由來。所有文化意圖挽救世人的貪婪欲望，使愛與慈悲傳播四方。但是宗教不能挽回人心！
人類本來可以超脫于萬物之上，不被自身的動物屬性所左右，但是人類錯過了自我超越的機遇，選擇了自我毀滅。
外星人科學家來到金字塔與人類科學家與宗教家進行對話，外星人任務日志中記錄摧毀人類后繼續創造新型物種，并且透露這已經是第五次創造類人生物實驗，前四次均告失敗并予以摧毀。但是外星人也發現了一個可喜的現象：在隨機的變異中，有些生物會產生諸如公平感、正義感等道德天性，有些則沒有。具有這些道德天性的生物個體，更易于與其他個體合作，更易于避免兩敗俱傷的沖突，在進化的競爭中處于有利的地位，所以它得到了保留并在種群基因庫中擴大比率，漸漸地具有這些道德天性的生物個體在種群中占有壓倒性優勢，使得整個種群都表現出這些道德天性。進而，具有這樣的道德天性的生物種群，在進化的競爭中處于有利的地位，不會被其他族群的競爭對手淘汰，從而形成了這樣的群體道德天性。即人類潛意識中有群體意識，就是說具有為他人犧牲的勇氣。這是前幾次實驗都沒有過的現象。這說明宗教開始發揮作用，其實宗教意在喚起萬物之靈的本性。這種萬物之靈正是宇宙生生不息的根源。因為外層空間也有戰爭隔閡，自私欲望，外星人想要證明萬物之靈存在的可能性和永恒性！這也是外星人想要創造完美生物種群的唯一目的。
外星人猶疑不決，因為它們不能保證摧毀這次生物實驗品后，還能產生比人類更進化、更純潔的產物。在科學家與宗教家的勸說之下，于是外星人采取有必要的選擇程序，即選擇更為高尚的人類群體，清洗低略的種群。這就是選擇那些具有無條件為了他人敢于犧牲自己的人類。因為比人類生命價值更高的層次就是萬物之靈。萬物之靈沒有分別、執著、煩惱、自私，萬物之靈是宇宙的本性，即是眾生一體不二，不生不滅的本體！
于是外星人任務日志記錄開始選擇實驗，實驗模擬災難，清除那些在災難中只顧自己逃生的種群，選擇一心拯救別人，無條件為他人獻身犧牲的人類。
實驗結束，全球近60億人類只剩下三萬兩千人，其中領袖與智者共500人。恰好吻合了佛陀的常隨眾和500阿羅漢的數目。這些剩余的人類將面臨新的考驗：怎樣在一個千瘡百孔的星球上繼續生存，并將萬物之靈的精神與價值永遠的繼承發揚下去，不斷創造生機勃勃的地球文明，讓美麗的地球變得更加美好......
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