工程審計是一項專業性的審計活動，工程審計不好，容易出現造價和工程竣工方面的損失。工程審計常見的六個問題主要有：合同管理方面、概算執行方面、設計管理方面、甲供材料和設備管理方面、工程管理方面和結算管理方面。
一、合同管理方面
合同是項目當事雙方的契約，所有的項目行為都應該在合同框架內做出明確，沒有合同容易產生法律糾紛；合同約定不清楚，容易給項目實施和結算帶來矛盾隱患。
有的項目做完工程后再簽合同；有得項目合同對關鍵性條款控制不嚴，例如：合同對工程的范圍、內容、標準規定不明確；合同對結算條款規定不細致；合同規定的付款比例與有關規定不符，未預留質保金；合同對違約責任規定不足，缺乏對違約方的制約等等。
二、概算執行方面
概算是項目執行的依據，項目要做什么，按照什么標準做，花多少錢，都在概算中做了規定。項目實施的所有內容后和投資控制都應與概算對應，個別不在概算內的內容，應當向概算審批單位申報批準。
有的項目實施過程不按照概算批復執行，例如：擅自提高建設標準；擴大建設范圍；將不屬于概算范圍內的工程納入項目建設；項目出現重大設計變更不報批等等。
三、設計管理方面
設計圖紙和設計變更是工程實施過程中重要的管理文件，也是項目結算的重要依據，很多施工單位希望通過設計圖紙和設計變更增加工程結算。所以設計文件管理的審計是一項重要的工作，在某些項目中甚至成為最關鍵的審計環節。
有的項目設計深度不夠，重要數據提示不清，造成結算時候無據可依；有的項目只有部分設計圖紙就開始招標，造成招標后造價失控；設計圖紙的編制單位不具備出圖資格，出具假的設計變更等等。
四、甲供材料和設備管理方面
甲供材料和設備是工程項目中建設單位采購的工程物資，應按照工程的設計需要進行采購和發放。在有的工程項目中，甲供材料和設備的投資占比很大，如果管理不好，很容易成為某些人弄虛作假或滋生腐敗的手段，所以在審計工作中必須重視這一部分。
五、工程管理方面
工程管理是項目實施的執行部分，是所有管理工作中最具體最直接的部分，涉及工程內容是否按照合同完成、簽證的記錄、工期能否滿足合同條件、工程質量是否達到約定標準等等，所有的投資完成最后都要反映在工程的成果中，是工程結算最重要的參考。工程實施的過程也是工程成本形成的過程，其過程的記錄對工程的結算具有重要意義。
六、結算管理方面
結算管理可以說是審計工作的核心工作，直接涉及大額工程費用的支出，而結算的成功必須與結算依據對應，同時還要認真核對計算的過程。這里需要具備對整個項目各個環節的系統性思考，也需要扎實的造價專業知識。
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