大家都知道，慈禧太后一開始對光緒皇帝的變法，是支持的，至少是不反對的。光緒皇帝操辦維新運動，歷時103天，三個多月之久，新政頻出，沒有慈禧太后的支持和默許，這完全是不可想象的。之后，康有為、譚嗣同等維新派，向光緒皇帝建議，聘請日本前總理伊藤博文做大清帝國的國策顧問這就讓慈禧不太舒服了。
慈禧若只想打壓維新派官僚，只需將他們統(tǒng)統(tǒng)革職便是，就算是發(fā)配邊疆，已經(jīng)算量刑過重了。而最后動用到肉體毀滅的方式來對付戊戌六君子，是因為康有為和譚嗣同曾謀劃用武力方式奪權(quán)，威脅到了慈禧的人身安全。
康梁師徒逃亡海外后，到處大肆渲染慈禧與光緒帝后間的矛盾，鼓吹自己出逃前曾受光緒遺詔，號令海外仁人志士進京勤王，誅殺慈禧太后助其奪回政權(quán)，讓慈禧太后更加恚怒不已。
光緒二十五年（1899年），慈禧啟用賦閑多年的李鴻章，讓他出任兩廣總督，其主要目的之一，就是搜捕出身廣東的康有為，梁啟超師徒。然而，李鴻章本來對維新黨人抱有同情，因此李鴻章督粵后，民情政務工作做得很好，惟有對搜捕康黨一事睜一只眼閉一只眼，一直沒取得什么進展。
慈禧惱羞成怒，竟下令讓李鴻章鏟平康有為和梁啟超在廣東的祖墳，以示對亂黨的懲戒。對此命令，李鴻章無法抗拒，只好命人掘去了康梁師徒二人先人的陵墓。不過，慈禧費盡心機想抹殺康有為，不料起了反效果，反而成就了康。因當年處決戊戌六君子時，清廷沒有走正規(guī)的法定程序，未經(jīng)提審就行誅殺，讓海外人士普遍同情成功逃脫的康梁師徒。激起海外華人華僑對康有為的同情心，還令各國政要以為康有為真的是一個受到迫害的重要人物，對其愈加重視。因此慈禧對康有為越是痛恨，他就越能在海外混得風生水起。很大程度上，便是拜慈禧所賜。
康有為等力圖依靠光緒帝的權(quán)威,聯(lián)絡袁世凱武裝而有所作為,但最后他們失敗了。在這過程中,康有為究竟有沒有圖謀圍頤和園、劫制甚至殺死慈禧太后的計劃,至今未有定議。但 慈禧是相信了的，畢竟即使錯殺也比放過強，奈何最后還是讓康有為逃脫了。
