十六世紀，遼東女真部落在努爾哈赤的率領下逐步崛起，于萬歷四十四年，即公元1616年建立后金政權。為了能夠南下逐鹿中原，努爾哈赤及其子皇太極不斷以武力蠶食漠南蒙古，在征服蒙古末代大汗林丹汗，獲得大元玉璽后，改國號為“大清”。
清軍咄咄逼人的態勢讓漠北（喀爾喀）和漠西（衛拉特）蒙古摒棄前嫌，組成喀爾喀—衛拉特聯盟。然而征服了漠南蒙古，已無后顧之憂的清軍卻急于入關，覆滅南明政權，無意繼續擴大對蒙古的征服。
清朝的無暇北顧讓喀爾喀和衛拉特諸部壓力驟減，這種情況下，蒙古部族之間的矛盾與仇恨卻又沉渣泛起。喀爾喀的土謝圖汗與衛拉特的噶爾丹因為黃教派別問題勢如水火，不過喀爾喀三部內訌嚴重，而準噶爾部的噶爾丹卻在父親和兄長的基礎上，統一了衛拉特蒙古，建立了準噶爾汗國。
噶爾丹始終幻想著恢復成吉思汗的榮光，重新統一蒙古草原，于是趁喀爾喀內斗之時出兵東進。準噶爾汗國的擴張顯然已經威脅到了清朝的統治，雖然清朝初期政權極不穩定，而彼時康熙已經平定三藩之亂、收復臺灣，噶爾丹的出兵反倒是給了康熙收復喀爾喀的天賜良機。
康熙三次御駕親征，烏蘭布統之戰后，喀爾喀三部宣誓效忠大清。昭莫多之戰中清軍全殲噶爾丹主力。此后康熙又乘勝追擊，親自指揮對準噶爾殘部的追殲，迫使噶爾丹自盡，至此，清朝“全收北邊喀爾喀”。
清朝雖起于遼東游牧民族，清軍又以騎兵著稱，但入關后為了更好地統治中原，清軍中步兵、火器部隊的比例越來越高，戰爭成本因此不斷飆升。康熙親征準噶爾取得的功績是彪炳史冊的，付出的代價也是空前巨大的。
雍正繼位后，一方面與準噶爾的繼承者，噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦和談，加緊恢復國力；另一方面又在西北大舉屯田，等待準噶爾再次內訌。果不其然雍正四年，策妄阿拉布坦去世，準噶爾王公再次爆發內斗。
雍正認為準噶爾政局不穩，是統一蒙古的大好時機，“乃于次年六月密籌進取方略”。雍正七年，清朝以準噶爾藏匿青海叛亂頭子羅卜藏丹津為由，“授內大臣傅爾丹為靖邊大將軍由北路入，總督岳鐘琪為寧遠大將由西路入”。
準噶爾在肅州貿易的使者特磊發現了清軍西路軍出邊，噶爾丹策零于是先發制人，偷襲了西路多個牧場和卡倫，致使雍正不得不暫緩用兵一年，命令兩路大軍以筑城的方式步步緊逼：
“朕思：于西路巴爾庫爾，北路卡倫之外各筑一城，駐扎大兵，不時派討伐之兵襲擊，驚亂其眾，賊必撤彼游牧，遠退匿藏。我軍再進數百里，更筑一城。照此一年后，復進數百里，再筑一城……不出三、四年，賊必不能逃過天綱矣。”
按照原計劃，清軍在三年內筑六座大城，在準噶爾腹地會師。然而由于誤判準噶爾會主攻西路，雍正命令北路傅爾丹在第一城尚未竣工之時，立刻挑選精兵深入，占領額爾齊斯。
因為沒有援軍配合，又加之傅爾丹中了噶爾丹策零的詐降、詐敗之計，領萬余八旗精銳貿然進軍，最終被準噶爾軍隊包圍在山谷中，這就是著名的“和通泊之戰”。
傅爾丹挑選的一萬名八旗兵，主要以京師八旗、車騎營，右衛、盛京駐防的精銳，以及由2000黑龍江打牲人丁組成的火槍兵，堪稱清軍武力菁華。遺憾的是在雍正錯誤的戰略部署和傅爾丹不當的臨陣指揮之下，最終僅有2000多傷兵逃回科布多城，其余7000多人或戰死、或失蹤。
在將領方面，自傅爾丹以下，戰死或自盡的副將多達18人之眾，其中包括鄭親王濟爾哈朗之后，輔國公巴賽，兵部尚書査納弼、參贊大臣馬爾薩（清朝開國五功臣費英東之后）、蘇圖、覺羅海蘭，散軼大臣，超武公達福（鰲拜之孫），所以才有了和通泊之戰后，京城旗人家家披麻戴孝之說。
軍事上的損失固然慘重，但7000多人的傷亡并不能讓和通泊之戰成為清軍十九世紀之前最大的敗仗。清軍慘敗后士氣大損，不敢與準噶爾接戰，而噶爾丹策零卻乘勝追擊，導致喀爾喀部分王公、僧侶倒向準噶爾。
在喀爾喀各部的積極防御下，準噶爾最終還是退兵，但清軍因主力盡失，不得不放棄科布多城，退至烏里雅蘇臺附近。這標志著康熙三十年心血毀于一旦，清軍轉入前所未有的守勢，大清帝國開拓西北的進程至少推遲二十年。
