該條例還有一個不足，但很難說是違憲，就是沒有規定城市房屋之下的土地使用權的問題。征收房屋時，房屋之下的土地使用權也是被收回的，這顯然不是征用，因為征用是要求返還被征用的財產的。按照《物權法》的規定，土地使用權被提前收回是應當得到補償的，那么，有償提前收回只能屬于征收，因為政府在公共利益的前提下只能有征收或征用這兩種方式，二者必居其一。如果城市土地使用權的有償收回屬于征收，那就推翻了征收只是針對所有權的判斷，征收也可以是針對使用權的，是對使用權的收回。這樣，我們就找到了“有償提前收回土地”的定性，即屬于征收的情形。
房屋與房屋之下的土地之間的關系還有另外一個問題，就是到底是“房跟地走”，還是“地跟房走”。本文認為“房跟地走”，因為建房子的時候都是先要拿到地才能蓋房子，征收房屋也是因為要征收這塊地而不得不征收土地上所附著的房屋。房屋畢竟是土地上的附著物，土地與房屋之間有主次之分，土地是主，房屋是次，沒有土地何來房屋？難道存在沒有土地的空中樓閣嗎？另外，從憲法有關土地和私有財產的征收征用的條文的順序來看，規定土地征收征用的條文是第10條，而規定私有財產征收征用的條文是第13條，可見，土地征收征用的地位要比私有財產征收征用的地位要高，土地征收征用的重要性也比私有財產征收征用的重要性更加突出?！秶型恋厣戏课菡魇张c補償條例》只談房屋，不談土地，是避重就輕，本末倒置。該條例還存在其他不足，例如，該條例沒有包括農村集體土地的相關問題，盡管有單獨制定農村集體土地征收補償的考慮。
當然，該條例比原來條例（《城市房屋拆遷管理條例》）還是進步了許多，比如，在名稱上取消“拆遷”而使用“征收”，使用了“國有土地”的概念，這些概念的使用體現了更明顯的憲法意識，在“征收”、“國有土地”等關鍵詞語上與憲法保持了一致。此外，該條例還取消了行政強拆的規定，列舉了公共利益的表現形式等，這些都是值得肯定的。
