益生菌是對人體腸道有益的細菌，益生元是促進益生菌生長的功能性低聚糖。
1.益生菌，例如雙歧桿菌，具有促進人體對食物的消化吸收、增強人體免疫力、預防便秘和腹瀉、抑制腸道有害細菌的生長，分解致癌物質等作用，并且對人體無明顯的副作用。
2.益生元是一種不能被人體消化吸收但對益生菌生長具有刺激作用的功能性低聚糖，益生元對機體無直接的作用，但可以作為益生菌生長的原料來刺激益生菌的生長，間接促進腸道健康。
另外，益生菌的保存條件較為苛刻生產成本較高，而益生元就沒有上述缺點。
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