康熙皇帝對索額圖與明珠之爭一直洞若觀火。當時，索額圖對明珠一黨毫不客氣，凡是明珠有所建言，索額圖必然反對，凡是明珠提拔的人，索額圖都會小心提防。索額圖還派人監視明珠的一舉一動，想逮住明珠的過錯，然后組織官員進行彈劾。
在平定三藩的激烈斗爭中，索額圖一黨與明珠一黨更加是斗得不可開交。索額圖堅決反對撤藩，認為吳三桂一定不會任由朝廷擺布，一不小心就會激起事變，一旦帶動連鎖反應后果將會不堪設想。索額圖還建議對所有支持撤藩的官員進行嚴懲，以平復和安撫吳三桂。明珠則表態必須撤藩，越早動手越好，不要等到吳三桂羽翼豐滿，尾大不掉，到時候再想對付就難了。于是，一件原本屬于政見不同的爭論，演變為不可調和的黨爭。
康熙皇帝對索額圖和明珠的斗爭冷眼旁觀，他自己已經拿定了主意，不會因為明珠的支持而加快，也不會因為索額圖的反對就放棄。對于索額圖權傾朝野，甚至大肆收受賄賂的情況，康熙自然也有所了解，但是他并沒有急于查辦，這里面自然有已故皇后赫舍里氏的情分，另一方面也是從太子的角度考慮，一旦對索額圖動手，必然會影響到太子的威信。
但康熙沒有想到的是，索額圖越來越囂張，并且幫助太子在身邊聚集起一股強大的勢力，這股勢力最終影響到了康熙皇帝的皇權。有一次，康熙到奉先殿祭祖，發現有人講太子的坐墊和自己的坐墊一起放到了殿內，按規矩，皇太子要跪到殿外，康熙有一點點不快，于是責令禮部尚書沙穆哈將太子坐墊拿出殿外，放在王公百官之前，誰知道沙穆哈居然頂了康熙一句，要求康熙將口諭記檔，康熙一看，就知道有人利用沙穆哈試探自己，為太子立威。沙穆哈不敢得罪太子，就要用皇帝的旨意復命。康熙決不允許在自己之外又出現一個擁戴太子的權力集團，這是對皇權的最嚴重威脅，于是借機嚴懲沙穆哈，實際上是敲山震虎。
康熙能夠容忍索額圖與明珠黨爭，但是卻無法接受索額圖幫助太子集聚力量，儲君一旦提前染指權力，都會是對皇帝的致命威脅，這也是為什么歷史上許多太子都無法順利接班，中途被廢的根本原因。索額圖作為太子胤礽的外叔祖，康熙希望他能夠多多教導太子，安心讀書，循規蹈矩，但是，索額圖卻在許多方面試圖抬升胤礽的地位，以拉開太子與諸皇子之間的距離，在太子的衣食住行上都提高了規格，這也就養成了太子驕縱不法的壞毛病。
康熙果斷打掉了索額圖，本以為太子會因此受到警示，收斂自己的行為，卻沒有想到太子變本加厲，父子之間的裂痕進一步擴大。康熙四十七年，太子被廢，引發了劇烈的政治動蕩，這又是康熙始料未及的。
