裘氏早年曾從事針灸、經絡學的教學研究工作，于針灸經絡深有研究，曾發表了不少有價值的學術論文和著作。
“經絡學說是祖國醫學的機體聯系學說，是闡述人體內各部分之間的相互關系及其密切影響，說明這些聯系是人體生命活動、疾病機轉和診斷治療的重要依據，它體現了祖國醫學理論中的整體觀點”，這是他對經絡學說理論和實踐價值的高度概括。
裘氏認為，經絡應包括“線、點、面”三個部分。
經絡是人體中具有特殊聯系的路線，這種特殊的聯系表現在三個方面：一是周身體表，從左右、上下以及前后、正中、偏側各部之間的聯系；二是某些臟器和另一些臟器之間的聯系；三是周身體表和體內臟腑的聯系。把經絡稱為“線”，包括正脈、支脈、經別、絡脈、孫脈、奇脈及經隧等各種縱橫交叉和深淺密布的循行徑路。
所謂“點”，是指腧穴。“腧”原寫作“輸”，有“內外相輸應”的意思。說明它通過經絡與臟腑和其他部位相輸通。腧穴與經絡是“點”和“線”的關系。這些“點”的有直接與經脈相通，有的與其“支而橫者”的絡脈相聯，位置有深有淺，區域有大有小。人身除了三百六十幾個經穴之外，還有很多奇穴，另有天應穴、不定穴等，所謂“人身寸寸皆是穴”，其多不可勝數。腧穴為“脈氣所發”和“神氣之游行出入”處。
至于“面”，除了經絡分布于體表的“皮部”學說之外，還包括肢體的骨肉筋骨和臟腑組織，都有一般的分布和特殊的聯系。近代醫學家所發現的壓痛點及皮膚活動點，過敏帶等，也是經絡反映的印證和充實。有人認為某些壓痛點與皮膚活動點同經絡腧穴不盡符合，這是因為經穴僅僅是經絡學說的一部分，它還包括經別、奇經、經筋、皮部以及標本、根結之類。經絡系統在人體的分布，不僅僅是“線”和“點”的聯系，還應當從它分部隸屬范圍較大的“面”來理解，這樣才比較全面。
經絡學說是以十二經脈為主體，十二經病候是十二經脈的重要內容，具有“癥候分類學”的意義。十二經病候的內容是在臨床所見的一系列病癥中根據其各種癥狀特征，以分辨不同經絡臟腑的疾患，在臨床上有很大指導意義和價值。
但是，自《靈樞·經脈》提出十二經病候中的“是動則病”(以下簡稱“是動”)和“是主某所生病者”(以下簡稱“所生病”)的概念后，歷代醫家對其涵義頗有分歧，以致影響了在實踐中的正確運用。
后世醫家的解釋，概括起來主要有以下幾種：是動為氣病，所生病為血病(《難經》)；是動在氣、在陽、在衛，病在于外，所生病在血、在陰、在營，病在于內(楊康候注)；是動是經絡的病，所生病的臟腑的病(《靈樞集注》)；是動是本經病，所生病是他經病(《難經經釋》)；是動為絡病，所生病為經病(《診絡篇補證》)；是動是氣化的病，所生病是臟腑經絡的病(滑伯仁注)……
裘氏認為，歷代諸說雖似言之近理，但仔細分析，仍與經義有悖。他說，是動的“動”字，示經氣之動亂；是主某所生病的“主”字，含有主管、主治的意義。“是動”的原意是從經氣發生病理變化方面而言，“所生病”是從經絡和俞穴所主治的病證方面來說，兩者相互補充和印證。由病理變化而產生的癥狀，即是動病，也就是該經俞穴的主治范圍；而十二經脈所主治的病癥(即主某所生病)也正由于該經經氣的異常所導致。文獻所述本是前后貫串的，它之所以分成二個部分敘述，僅僅是古代醫家從臨床癥狀觀察和治療體驗兩個方面所獲得的材料之匯合，所以我們應當聯系起來，綜合兩方面的癥狀以掌握病候的全貌，不可分割。
關于奇經八脈問題，歷來未能引起學術界的足夠重視，明代李時珍獨對此作過整理闡發。50年代裘氏曾發表《奇經八脈循行經路考正》一文，在李氏基礎上進一步對奇經的循行路線詳加厘訂，勘謬正誤，為后來的教科書所征引。1960年又發表了《奇經八脈研究》，展示了他對該領域的研究成果。裘氏肯定奇經八脈具有“經脈”的性質，起著主導作用；同時兼有“絡脈”的特點，發揮著聯絡、灌溉的效能；加之其走向經路與臟腑聯系等方面有別于一般經脈，故以“奇”命名。奇經八脈不是一種作用很簡單的脈，而是十二經脈中的某些性質相近的幾條經脈的聯合組織系統。在這些組織系統中的經脈，通過奇經的聯絡，統而組成了一個具有共同作用而又密切關聯的別道奇行組織，奇經八脈就是這個聯合組織系統中核心，它擔負著聯系、調整和主宰這個集體的經脈的功能。
裘氏還對奇經八脈的病候及治療作了研究。他說，奇經的疾病應包括它所屬的若干經脈病候的綜合，范圍甚廣。例如：陰維脈聯系肝脾腎三經，且與任脈、足陽明經脈相合，故陰維脈的病候賅括了以上諸經的疾病，可見“胸滿、心胸痞脹，腸鳴泄瀉，脫肛，食難下膈，積塊堅橫搶脅，婦女脅疼心痛，結胸里急，傷寒，瘧疾”等癥候。治療奇經疾病的方法，不離于該奇經所統屬的經脈或臟腑的范圍，故采用能主治原來經脈的方藥或俞穴，一般即可取效。例如內科常用方劑中的龜鹿二仙膠能補任督二脈的虧損，主治淋瀝漏下，陽痿遺精早泄，帶多小產等癥。以上各證多由肝脾腎及胞宮虧損所致。這些經脈為任督所統率，故本方就有滋任補督之功。后世醫家常感臨床治療奇經病的方藥過少，實乃因為對于奇經的性質缺少深入認識的緣故。
針灸包括針刺和艾灸兩種方法，針刺是機械性刺激，艾灸雖是溫熱的刺激，但更具有奧妙，兩者都是通過經絡穴位傳遞治療的效應。《靈樞·官針》說：“針所不為，灸之所宜”。說明針刺和艾灸在治療上是相輔相成，相互補充的。因此，裘氏特別強調“用針莫忘灸”。
灸法有溫經散寒之功。《靈樞·刺節真邪》說：“脈中之血，凝而留止，弗之火調，弗能取之。”《靈樞·禁服》也說：“陷下者，脈血結于中，中有著血，血寒，宜灸之。”灸法是借灸火的熱力透入肌膚，以溫經散寒，通行血脈。故一般用治于外感表證、咳喘痰嗽、風寒濕痹以及婦人氣虛血崩、男子虛羸少氣、老年腎虧多尿、小兒疳積等，有較好的療效。
灸法能起沉疴危證。《傷寒論》中早有少陰病吐利，手中逆冷，無脈，用灸法治療的記載，其有扶陽固脫的功效。裘氏早年曾治一重癥痢疾患者，歷經數醫治療，湯藥并進，癥情加劇，已經出現神識昏糊，脈象微細等危象，邀裘氏往診，初投湯藥無效。后轉用太乙神針灸法，持續熨灸天樞、關元數小時，次日病人神志頓見清爽，痢止而脈轉和，不三日而痊愈。象這樣用藥物、針刺等治療無效而最后以灸奏功的例子，在裘氏的追憶中并不是少見的。臨床中對于中風脫證、大汗亡陽、氣虛暴脫等危癥，均可應用灸法救治。
灸法還有防病保健作用。《千金要方》曾載：“凡入吳蜀地游宦，身上常須三兩處灸之，勿令瘡暫瘥，則瘴癘毒氣不能入也。”說明艾灸對于預防感染性疾患有一定的作用。近時對腦溢血、高血壓一類疾病，幾乎畏灸如虎，而在《神灸經綸》中則載列了預防中風的九個施灸穴位。可見這一寶貴經驗，我們尚未很好繼承。此外，文獻中還有常灸足三里、氣海等穴位有健康長壽的記載。過去有莊周曾譏笑孔丘“無病而自灸”之說，實踐證明灸之得當，可達“自灸而無病”的目的。
一般認為，灸法只適用于沉寒痼冷，無脈亡陽之證。裘氏認為灸法適用的范圍很廣，不僅可用于陰證、寒證，也可應用于陽證、熱證。過去丹溪治熱證用灸，乃取“從治”之意，陰虛證用灸取法“陽生陰長”的道理。近代也有很多用灸法治療熱證的臨床報導，如用艾卷灸法治療急性乳腺炎、急性結膜炎、急性化膿性中耳炎，用燈火灸治療急性扁桃腺炎和流行性腮腺炎等，均取得了較好的療效。問題的關鍵在于如何正確運用“辨證施灸”。
裘氏認為，灸法的臨床應用固然十分重要，而灸法的作用機制，也亟需研究，灸法是否僅僅是一個溫熱刺激問題，恐怕其中還有許多科學的奧秘，尚待我們去認識和探索。
