保和殿后，是一個小型廣場（也稱橫街），它是外朝與內廷的分界地。小廣場東端是景運門，西端是隆宗門，此二門是進入內廷的第一道禁門，在清朝，除去值班大臣或皇帝召見的人以外，即使是王公大臣也不許私自出入。
允許進入的王公大臣的侍從人員，只能在這兩個門外臺階下二十步以外站立，不許靠近。戒備雖如此嚴緊，但在嘉慶十八年(1813年)9月15日竟有一支天理教農民起義隊伍，由陳塽、陳文魁帶領，在內應太監的帶領下，分別由東、西華門進至景運門、隆宗門外，隆宗門的一支，有的人甚至達到養心殿外，后因寡不敵眾，受到火槍隊等鎮壓，宣告失敗，但對清王朝，是一次沉重打擊。當時嘉慶皇帝不在京，皇城內一片混亂，一些官兵、貴族張惶失措，鎮國公永玉、護軍統領石瑞齡甚至要準備車輛送后妃出逃；有的官員則藏在柜中，很長時間不敢出來。嘉慶皇帝在外得知后，未及還宮，于第三天即下了“罪己詔”。
這年十月初六日嘉慶皇帝生日，竟破例地不許王公大臣進遞如意，因為他認為遇上了“大不如意之事”。后來人們在隆宗門匾額上看到的箭頭，傳說是這次戰斗的遺跡。
隆宗門內，北面一排矮小的連房，西頭是內務府大臣辦事處，東頭是侍衛值宿房，中間是軍機處。軍機處是雍正年間，由于西北用兵的需要而設立的。由親王、大學士、尚書、侍郎等級的人員任軍機大臣，其僚屬稱軍機章京。直到清末，一直是輔佐皇帝處理軍國要事的機構。
乾清門，是內廷的正門，清朝，這里是御門聽政的地方。御門聽政，一般從上午八、九點鐘開始。聽政時，皇帝坐在臨時安設在中間的寶座上，起居注官立于西側，面向東，翰林、科道官（類似負責監察的官）立于階下西側，內閣事先傳知的各部、院等奏事的官員跪在東側，面向西。一般例行之事，由一名尚書跪奉奏疏放于黃案上，退回原位，跪奏某事，奏畢，由東階下，以下各官再依次進奏。機要之事，翰林、科道官及侍衛皆退場，大學士、學士升階跪，由滿族內閣學士奉折本跪奏，每奏一事，皇帝即降旨，大學士、學士承旨。御門聽政最勤的康熙皇帝，有很多大事都是在御門聽政時決定的。咸豐以后就很少再舉行了。
乾清門內，是乾清宮、交泰殿、坤寧宮，稱后三宮，是帝、后居住的地方。按古代說法：乾清宮的“乾”代表天，坤寧宮的“坤”代表地，乾清、坤寧，表達了歷代皇帝的美好愿望。所以這兩個宮的名稱從南京到北京，從明初到清末，一直沒有改動。
乾清宮，明朝是皇帝的寢宮?；实?、皇后在此居住，其他妃嬪，可以按照皇帝的召喚進御。后來，皇帝也有時在此召見臣工。
明朝中后期，皇室日趨腐朽，在后宮發生了多起不平常的事件。嘉靖二十一年(1542年)曾發生過一起震撼宮廷的案件。10月21日凌晨，朱厚熜還在熟睡的時候，宮女楊金英等10多個人一齊下手，準備把朱厚熜勒死，可惜楊金英在忙亂中誤把繩套拴成死結，沒有成功。宮女張金蓮見事不成，報告了皇后，皇后趕來解救，楊金英等10幾個人才被抓了起來。事后不分首從全部在街頭凌遲（即剮刑，先把四肢的肉割碎，再斷咽喉)處死，梟首示眾，連張金蓮也沒有放過，并株連到了端妃曹氏、寧嬪王氏，和她們的族屬十人全被殺掉?？梢韵胂?，如果不是這些宮女面臨絕境，是不會共同拚死動手的。
這一事件發生后，朱厚熜被嚇破了膽，再也不敢回到乾清宮，此后20多年，一直躲在太液池西岸燕王的舊宮“修道”，以求長生不老。直到嘉靖四十五年十二月十四日病已垂危，才從西苑回到乾清宮，當天就死了。
事隔54年，萬歷皇帝朱翊鈞病死在乾清宮西側的弘德殿，長子朱常洛即皇帝位，他因病，吃了鴻臚寺官李可灼進的兩顆“紅丸”，第二天這位僅僅做了一個月皇帝的朱常洛就死在乾清宮了，這就是史籍上記載的“紅丸案”。
朱常洛垂危之際，曾說：李選侍（比妃嬪地位還低的人)撫養皇長子有功，應封為皇貴妃。但當時尚住在乾清宮的李選侍想當皇后，要與將即位的皇長子朱由校同住乾清宮。大臣們堅決反對，經過一場斗爭，李選侍才移居到仁壽殿。這一起歷史上稱為“移宮案”。
這兩案加上以前發生的張差持杖闖人太子（朱常洛）宮的“梃擊案”，并稱“三案”。“三案”的案情并不太復雜，但是它一連串發生在朱翊鈞、朱常洛、朱由校祖孫三朝，群臣追究案情，人心十分動蕩。老皇帝和新皇帝各有親信，形成派系，事后圍繞這三個案件，展開了統治階層內部兩股勢力的斗爭，一直繼續到下一代皇帝的崇禎年間。
崇禎十七年(1644年)3月18日，李自成農民起義軍長驅直入廣安門。崇禎皇帝朱由檢趕緊召集閣臣到乾清宮，問他們怎么辦。大家只是空談地說，托陛下之福，該不會有何憂慮。如果打進來，我們和他們巷戰！絕不能對不起國家！實際上都拿不出什么轉危為安的良策。朱由檢只好讓他們退去。夜間朱由檢沒有睡覺，后來一個太監來報：內城也失守了。朱由檢和提督內外京城的太監王承恩登萬歲山（景山）一看，全城烽火連天，徘徊躊躇多時，又回到乾清宮，用朱筆給內閣寫了詔書：“命成國公朱純臣提督內外諸軍事，夾輔東宮”。接著連飲數杯，命把太子和另外兩個兒子送到外戚周家、田家，告訴其他的人各自去想辦法?；屎蠡氐嚼帉m自縊身死。朱由檢又親自砍傷了十五歲的公主、自縊未死的袁貴妃，還砍了其他妃嬪多人。然后，摻雜在內監數十人中，騎馬出了東華門，先到成國公朱純臣家，看門的沒讓進去，到安定門，因堵得很堅固打不開，又返回宮內，鳴鐘集合百官，竟沒有一個到的。崇禎皇帝走投無路，于是到萬歲山的壽皇亭自縊而死。明朝“乾清”、“坤寧”的愿望，就這樣以徹底破滅而告終了。
李自成的農民軍，雖然順利地摧毀了明王朝，但由于農民的局限性，被勝利沖昏了頭腦，內部又不團結，并缺乏正確的政策，終于抵不住以清兵為后盾的吳三桂軍的攻擊，在宮內只停留了一個多月，4月29日即撤離了北京。勝利的果實落到了滿洲貴族手中。
